1588年2月9日聖克魯斯在裏斯本猝然死去，終年62年，聖克魯斯是勒班陀海戰的英雄，從葡萄牙人手中奪回大西洋要沖亞速爾群島的特塞拉海戰的勝利者，赫赫有名的無敵艦隊總司令，西班牙國民驚悉他的噩耗，無不表示深深地悼念和悲嘆。
聖克魯斯壹死，腓力二世立即任命安達盧西亞地方總督，比聖克魯斯年輕24歲、年僅38歲的西多尼亞接任無敵艦隊總司令的要職，西多尼亞出身於名門貴族，是壹個德高望重的優秀行政長官，曾屢次出色地完成了為無敵艦隊補充物資和征兵的任務。
西多尼亞長途跋涉來到裏斯本。他所面臨俄現實是令人難以置信的、壹片驚人的混亂，聖克魯斯暴卒以來，裏斯本港內艦隊的管理完全陷入了無政府狀態，缺乏具備權威和自信、能解決這種混亂狀態的領導者。
因此，扭轉這種混亂，使準備工作步入正軌，乃是西多尼亞必須解決的緊急課題。然後他啟用了幾位私人幕僚，其中壹位是為東印度航路護航的卡斯蒂利亞加裏昂艦隊司令迪戈·弗洛雷斯·德·瓦爾德斯，他還是潮汐和海流方面的專家，曾參與加裏昂船設計工作，是很有才幹的人物。
另外還任命船員出身、經驗豐富而且德高望重的迪戈·德·馬爾多納多和馬羅林·德胡安兩人為參謀，又從重炮兵指揮官中借用意大利炮術專家任炮術參謀，西多尼亞同三位可靠面得力的助手壹起，踏踏實實地克服了重重困難，使艦隊的起航準備工作順利地進行著。?
過去以地中海為舞臺的西班牙艦隊的戰艦，均以加裏船之間接舷肉搏戰為主，所以，西班牙艦隊艦載大炮的配備要比英格蘭艦隊落後的多，為此，聖克魯斯曾寫信給國王，強調準備大型火炮的必要性，加之軍事會議也要求國王提供籌措大炮的資金，終於這個要求得到腓力二世的批準。
鑄造大炮在當時是壹門十分困難復雜的技術，而大多數優秀的鑄炮工匠都在英格蘭國內，同時，大炮的價格非常高昂，特別是作為炮身材料比鑄鐵優異地多的青銅，更為貴重，能制造長炮身的卡巴林炮的設備甚少。?
因此，雖說由西多尼亞的努力，無敵艦隊艦載大炮的質和量兩方面都得到大大加強和提高，但是遠射程大炮不足仍然是無敵艦隊的最大弱點，為了加強主力艦加裏昂船的備用炮，只得采取權宜之計，忍痛犧牲其他艦船上的備用炮。
鑄造大炮在當時是壹門十分困難復雜的技術，而大多數優秀的鑄炮工匠都在英格蘭國內，同時，大炮的價格非常高昂，特別是作為炮身材料比鑄鐵優異地多的青銅，更為貴重，能制造長炮身的卡巴林炮的設備甚少。
因此，雖說由西多尼亞的努力，無敵艦隊艦載大炮的質和量兩方面都得到大大加強和提高，但是遠射程大炮不足仍然是無敵艦隊的最大弱點，為了加強主力艦加裏昂船的備用炮，只得采取權宜之計，忍痛犧牲其他艦船上的備用炮。
西多尼亞成功地說服了腓力二世推遲出發日期，為艦隊的加強和保養 時間，因此得到艦隊內部日益加深的信賴。
但是，無論他如何努力，仍然解決不了食糧和船員不足十分嚴重的問題，這個問題得不到改善，而且越來越惡化了，盡管存在著種種缺陷和重重困難，但再也不能無視腓力二世再三下達的起航令了。
1588年4月25日西多尼亞陪同腓力二世的代理總督來到裏斯本大教堂，大主教宣讀了祈禱文，祈禱無敵艦隊這次遠征大業壹舉成功。