目前,根據模板分子和聚合物單體之間形成多重作用點方式的不同，分子印跡技術可以分為兩類：
1.***價鍵法（預組裝方式）
聚合前印跡分子與功能單體反應形成硼酸酷、西夫堿、亞胺、縮醛等衍生物，通過交聯劑聚合產生高分子聚合物，用水解等方法除去印跡分子即得到***價結合型分子印跡聚合物。
2.非***價鍵法（自組裝方式）
非***價鍵法是制備分子印跡聚合物最有效且最常用的方法。這些非***價鍵包括靜電引力（離子交換）、氫鍵、金屬鰲合、電荷轉移、疏水作用以及範德華力等。其中最重要的類型是離子作用，其次是氫鍵作用。