綠色食品認證程序主要包括認證申請、受理及文審、現場檢查、環境監測。
1、認證申請：
申請人向中國綠色食品發展中心（以下簡稱中心）及其所在省（自治區、直轄市）綠色食品辦公室、綠色食品發展中心（以下簡稱省綠辦）領取《綠色食品標誌使用申請書》、《企業及生產情況調查表》及有關資料，或從中心網站下載。
2、受理及文審：
省綠辦收到上述申請材料後，進行登記、編5個工作日內完成對申請認證材料的審查工作，並向申請人發出《文審意見通知單》，同時抄送中心認證處。申請認證材料不齊全的，要求申請人收到《文審意見通知單》後10個工作日提交補充材料。
3、現場檢查：
檢查員根據《綠色食品檢查員工作手冊》（試行）和《綠色食品產地環境質量現狀調查技術規範》（試行）中規定的有關項目進行逐項檢查。每位檢查員單獨填寫現場檢查表和檢查意見。現場檢查和環境質量現狀調查工作在5個工作日內完成。
現場檢查合格，可以安排產品抽樣。凡申請人提供了近壹年內綠色食品定點產品監測機構出具的產品質量檢測報告，並經檢查員確認，符合綠色食品產品檢測項目和質量要求的，免產品抽樣檢測。
4、環境監測：
綠色食品產地環境質量現狀調查由檢查員在現場檢查時同步完成。經調查確認，產地環境質量符合《綠色食品產地環境質量現狀調查技術規範》規定的免測條件，免做環境監測。
根據《綠色食品產地環境質量現狀調查技術規範》的有關規定，經調查確認，必要進行環境監測的，省綠辦自收到調查報告2個工作日內以書面形式通知綠色食品定點環境監測機構進行環境監測，同時將通知單抄送中心認證處。