因為小分子藥物在細胞培養基中溶解度有限，當藥物濃度超過其飽和溶解度時，藥物會結晶析出。這些藥物晶體大多呈現多角形或針狀結晶，具有較強的刺激性，可能會對細胞造成不良的影響，如細胞質損傷、增加細胞雕亡率等。小分子藥物晶體析出還可能會影響藥物的生物利用度。如果藥物結晶在細胞培養基中，會降低藥物的濃度，導致藥效降低甚至完全失效。
研究人員在進行細胞實驗時，需要對小分子藥物進行晶體析出的風險進行評估和控制，如增加溶媒濃度、調整 pH 值、選用適合的載體等。或者，可以使用化學方法對藥物分子結構進行改良，使其具有較好的溶解性，減少藥物晶體析出的風險，從而更好地保證細胞實驗的準確性和可重復性。