醫學科學研究工作的基本規律就是提出問題，驗證假說，得出結論。其基本程序包括：選題立題、課題設計、實驗觀察或調查、研究資料的加工整理與數據處理、總結分析、提出研究結論、撰寫研究報告及其推廣應用等。
壹、選題立題
科學研究的第壹步工作就是選擇(select)和確立（decide）所要研究的題目（project），題目必須首先確定下來，否則就不可能有集中的研究目標和方向。
（壹）發現和提出問題
在醫學實踐中，經常會遇到壹些科學技術無法解釋的現象和無法解決的問題，有的人總是留意它，在思想上形成壹種想探討問題的意念，稱之為初始意念。初始意念可能是局限的、粗淺的，但卻是很可貴的，因它是科研工作者思想上的火花。
（二）發現或提出問題的條件
1、勤動手 實踐出真知、熟能生巧等實例說明了親自參與、反復實踐的重要性。
2、善觀察 養成良好的觀察習慣比擁有大量學術知識更重要。在科學研究中要培養積極探索的姿態，註意事物和變化規律的習慣，將有助於觀察力的培養和發展。
3、勤動腦 勤思維，善疑多思。 思維是人腦在表象、概念的基礎上進行分析、綜合、判斷、推理等認識活動的過程。
4、具有豐富的知識 研究工作者自己必須跟上學科的發展，使自己具備有關的知識甚至邊緣學科的廣博學識，只有這樣才容易產生新的聯想和獨到見解，發現問題，提出問題。
（三）認真查閱文獻，做好情報調研
有了初始意念，提出了問題，這才是剛剛邁出了第壹步，並不等於已經確定了題目。還需要通過深入細致的國內外文獻調研，摸清所提問題的理論依據、價值和意義、國內外研究動態和發展趨勢。可通過國際互聯網或光盤進行文獻檢索。做好這壹步工作是避免低水平重復的關鍵。
（四）建立假說，確立課題
在發現和提出問題，並進行文獻查閱和情報調研的基礎上，對所獲取的資料和信息進行分析對比，使所提問題系統化、深刻化，找出問題的關鍵所在，為立題提供理論上和實驗上的科學依據，並提出假定性答案（亦稱假設），建立科學假說。根據假說內容，進行科學構思，確立研究題目。
二、 課題設計
課題設計（project design）是指課題研究構思、技術路線、具體內容指標、方法步驟、時間安排、人員分工和經費預算等壹整套研究方案。
（壹）課題設計的意義
課題設計的意義：① 增強科研過程的科學性，使誤差控制在最低限度，保證科研結果準確可靠；②保證科研結果準確回答科研題目所提出的問題，避免“文不對題”；③良好的科研設計可避免不必要的工作或重復工作；④保證實驗數據的可統計性。
（二）課題設計的主要內容
課題設計包括技術方案設計和課題實施方案設計。
1、技術方案設計的基本內容
技術方案設計包括三大要素：即研究因素（或處理因素）、研究對象（處理對象）和結果效應三部分。
2、技術方案設計的重點內容
（1）立項依據
立項依據是科研工作的關鍵。為什麽要開展這項研究？開展這項研究的依據是什麽？這是能否通過專家評審和主管部門、計劃部門審批，能否列入科研計劃並獲得資助的首要問題。
立項依據包括：課題的研究意義、國內外研究現狀分析等。基礎研究，應著重結合國際國內科學發展趨勢，論述課題的科學意義；應用研究，應著重結合學科前沿，圍繞國民經濟和社會發展中的重要科學技術問題，論述其應用前景和價值。
（2）研究方案
研究方案是課題設計的重中之重，研究方案的設計水平是研究者科研水平的直接反映。
研究方案包括：研究目標、研究內容和擬解決的關鍵問題，擬采取的研究方法、技術路線、實驗方案及可行性分析，本研究的特色和創新之處，預期研究成果。
研究目標壹定要明確，研究內容必須具體。準備解決什麽問題、采取什麽方法要壹壹列出。技術路線要采取系統工程，具有可操作性。本研究創新之處是課題的生命力所在，應該充分闡述。預期研究成果是對本課題研究結果的預期，要實事求是，既要使專家們審查時增強信心，又要不至於因不適當的誇張而引起專家們不信任感。
（三）課題實施方案設計的主要內容
如果說技術方案設計主要是解決“做什麽”的問題，那麽課題實施方案主要是解決“何時做”、“由誰來做”的問題。
實施方案主要內容包括：課題組的組成、任務分工，研究工作總體安排和年度進度計劃，研究工作基礎，已具備的研究條件包括實驗條件、研究場地、儀器設備、病例來源、研究力量、協作條件等，尚缺少的條件以及解決的途徑，經費預算包括科研業務費、儀器設備費、藥品試劑材料費、動物及飼養費、協作費、課題組織實施費、成果鑒定費等。
三、觀察、實驗與調查
課題設計方案制定和批準後，就要進行實施，這是把計劃設計方案付諸於行動的階段，亦是運用科學的方法搜集感性材料的階段。這壹階段是時間最長、工作最辛苦的階段。如果說前兩個階段主要是課題負責人和部分主要研究人參與的話，而這壹階段則需要課題組全體人員***同行動。觀察法、實驗法與調查法等都是搜集和獲取第壹手客觀事實材料的基本手段。
（壹）觀察（observation） 醫學科學研究始於觀察。觀察是醫學研究最基本的方法。觀察的基本要求：必須堅持全面、客觀、實事求是的原則和壹絲不茍的科學態度，不主觀武斷，不固執己見；要做好詳盡、準確無誤的觀察記錄，不能憑主觀想當然，不能憑空捏造；要做好出色的創造性的觀察，就不是僅僅註意排除其他，而同時要留神意外或反常現象。
（二）實驗（experiment） 實驗是取得精確典型科研材料的重要手段之壹。所謂“實驗”是從人為地發生於實驗條件下的現象中索取資料。實驗的基本要求：制定好實驗方案；先做預實驗，再做正式實驗；規範實驗操作；做好實驗記錄；控制實驗誤差。衡量實驗成功的標準是能夠重復實驗結果。
（三）調查（investigation） 調查是認識疾病的人群現象、流行規律以及評價壹個國家、壹個地區居民健康水平的依據的重要方法。如居民健康狀況調查、流行病學調查、地方病調查、病因學調查、職業病調查等方面。調查有現場調查、前瞻性調查、回顧性調查、追蹤調查等類型。調查的基本要求：必須堅持客觀性原則，實事求是，尊重客觀事實；必須制定詳細的調查方案和調查表格；系統搜集，全面記錄，大處著眼，小處著手。
四、研究資料的加工整理與數據處理
觀察、實驗與調查等活動結束後，接下來便開始對所獲取的研究資料進行加工、整理和數據處理。通過科學加工、去偽存真和統計學分析，以揭示各因素之間的相互關系。為最後總結分析、歸納推理、抽象概括和提出研究結論做準備。這壹過程是排除偶然，發現必然；透過現象，發現規律的重要步驟。
所獲取的原始資料，壹般量大雜亂，有的是數據，有的是圖形，有的是切片，有的是照片等。首先要進行分類，原則上凡能數量化的盡可能用數字表示，切片、照片等結果不能數量化的，可用分級計分等方法表示。其次要進行資料核查，包括人工核查和計算機核查等。核查無誤的資料重新按性質分組，然後將資料歸納匯總，最後分別進行統計學處理。
五、總結分析，提出研究結論，撰寫研究報告
這壹階段主要是運用分析、綜合、歸納和抽象概括等理性認識方法把感性材料上升為理性概念，從中得出科學的結論。達爾文說過：“科學就是整理實事，以便從中得出普遍的規律和結論”。
總結分析，就是對所占有的實驗、調查或觀察到的感性材料，自覺地運用辯證觀點，分析設計中哪些理論上成立，且又在實驗中得到證實；哪些想法在實驗中沒有得到證實或未完全證實，需要修改。從而圍繞假說的中心思想，按材料、表格、圖片等，分清組別，綜合提煉出材料所能說明的觀點，明確各組材料所得結果，以及由此結果在理論上所得出的結論。
研究報告是各類研究課題的最基本的、標誌著課題完成的通用表現形式。無論是基礎研究、應用研究還是發展研究，無論是動物實驗、臨床觀察還是現場測試、流行病學調查，亦無論是藥品、制劑、醫療器械研制還是醫用計算機軟件等，課題完成後都必須寫出研究（研制）報告以辦理結題、驗收、鑒定和歸檔手續以及作為今後申請獎勵等的主要技術資料。
研究報告主要包括兩個大部分，壹是工作報告，二是技術報告。前者是工作總結性質的報告，主要是介紹課題的立項情況，研究背景，計劃執行情況，研究結果情況和存在的問題，下壹步的打算等。後者是成果的核心材料，反映的是課題研究的全部技術內容。