截至2013年9月，該校建有多個省部級重點實驗室（工程研究中心） 以及航海技術研究所、現代物流研究中心、海商海事研究所、船舶助航技術研究所、海上交通安全研究所、船舶工程技術研究所、自動化技術研究所、食品與生物工程研究所、環境工程研究所、經濟研究所、海西經濟運行效率與風險測評研究中心、城市與區域發展研究所、教育科學研究所、現代教育技術研究所、應用心理研究所、通信與信息技術研究所、計算機應用技術研究所、數學與系統科學研究所、復雜系統研究中心、影像信息工程技術研究中心、城市與區域發展研究所、中外文化比較研究所、法學研究所、房地產發展研究所、社區建設與社會發展研究中心、哲學與文化研究所、社會保障研究所、民間文學與藝術遺產研究所、語用學研究所、企業文化研究所、客家文化研究中心等研究機構。
另外還建有福建省船舶行業技術開發基地、科技部壇紫菜科技特派員創業鏈（基地）、福建省水產病害防治技術研發中心。教育部、財政部立項資助300萬元（總投入450萬元）建成了“無線通信系統研發及測試”重點實驗室。
教育部工程研究中心：鰻鱺現代漁業技術教育部工程研究中心
農業部重點實驗室：農業部東海海水健康養殖重點實驗室
福建省重點實驗室：福建省船舶與海洋工程重點實驗室、福建省高校水產科學技術與食品安全重點實驗室、福建省海洋漁業資源與生態環境重點實驗室、福建省高校水產科學技術與食品安全重點實驗室
福建省高校重點實驗室：水產科學技術與食品安全福建省高校重點實驗室
福建省工程研究中心：福建省高校船舶與海洋工程工程技術中心、福建省水產品深加工工程研究中心、福建省高校食品微生物與酶工程研究中心、福建省清潔燃燒與能源高效利用工程技術研究中心
福建省高等學校人文社會科學研究基地：海西經濟運行效率與風險測評研究中心
廈門市工程研究中心：廈門市射頻識別工程技術研究中心、廈門市食品生物工程技術研究中心、廈門市射頻識別（RFID）工程技術研究中心、廈門市機器人應用與仿真架構工程技術中心、廈門現代設計與制造工程技術研究中心、廈門市無人機遙感應用工程技術研究中心
廈門市重點實驗室：廈門市飼料檢測與安全評價重點實驗室、廈門市涉密信息重點實驗室 2000年-2009年，集美大學發表科研論文數量中，收錄於SCI-E數據庫的論文402篇，CPCI-S數據庫的論文188篇和EI數據庫論文584篇。研究性論文為737篇，會議論文430篇，其中2008年在貴陽召開的防偽、安全和識別國際會議上，***發表論文14篇，此外在第壹、二、三屆ASID會議和第壹、二、四屆ICCSE會議中，集美大學發文量較多 。
2014年1月，學校3項成果榮獲福建省第十屆社科優秀成果獎三等獎 。 2013年福建省教育廳科技類項目項目名稱承擔部門負責人項目經費益生菌、腸道菌群與宿主的相互作用水產學院孫雲章5.00基於GPGPU的全波形數據並行處理研究計算機工程學院王宗躍2.00船舶動力定位推力系統關鍵技術研究輪機工程學院吳德烽2.00多點直驅式波浪能發電系統建模仿真與控制策略研究機械與能源工程學院楊紹輝2.00日本鰻鱺Cathelicidin抗菌肽的重組表達和抗菌活性研究水產學院張東玲3.00面向遊艇性能設計應用的數值波浪水池關鍵技術研究輪機工程學院劉建閩3.00新型海參保鮮劑的開發與產業應用生物工程學院翁淩3.00似繁殖習性與馴養技術的研究水產學院黃永春5.00生態系統服務及其價值在城市化中的變化研究水產學院石盛莉1.00復合汙染物誘發藻毒素在食物鏈傳遞機理的研究水產學院謝欽銘1.00鮑內臟多糖的分離純化和免疫活性研究生物工程學院何傳波1.00整體動物功效動力學生物色譜研究紫菜多糖最小功能成分組生物工程學院陳昭華1.00集裝箱貨物裝箱配載研究航海學院劉旺盛1.00基於FDTD研究太赫茲波對船舶防護塗層系統的脈沖檢測輪機工程學院塗婉麗1.00真空絕熱板冷藏集裝箱的絕熱性能優化研究輪機工程學院廖海峰1.00基於GML的空間數據轉換與傳輸加密技術研究計算機工程學院鄭翠玲1.00小型化帶阻特性超寬帶天線的研究與設計信息工程學院陳彭1.00復合“鴨式”波浪能采集裝置的仿真研究與試驗開發機械與能源工程學院李暉1.00海底建築表面太陽輻射分布模型研究機械與能源工程學院陶求華1.00基於空間信息技術的廈門市PM2.5時空特征及影響機理研究理學院施益強1.00高溫環境對農業照明用的LED老化失效特性影響的研究理學院王敏帥1.00基於現代時頻分析的長周期結構非平穩地震反應特征研究工程技術學院劉強1.00高強高韌鈦合金熱成形組織-性能演變模擬及預測機械與能源工程學院程俊1.004190系列船用增壓柴油機整機建模與性能優化研究輪機工程學院黃加亮5.00小G蛋白RAN及互作因子參與大黃魚免疫機制研究水產學院韓芳3.00 2013年度省教育廳A類社會科學研究項目立項名單項目名稱承擔部門負責人項目經費項目來源不均質知識產權保護對發展中國家貿易邊際的影響研究：基於實際保護的視角財經學院代中強1.00福建省教育廳（傑青）閩臺合作國際推廣與普及中華體育文化研究體育學院謝軍1.00福建省教育廳（重點）閩臺金融合作研究財經學院王金安1.00福建省教育廳（重點）福建省中小學校園足球活動開展現狀及促進策略研究體育學院林金標0.50福建省教育廳（面上）我省實現基本公***服務均等化的財政改革研究財經學院宋生瑛0.50福建省教育廳（面上）廈漳泉同城化背景下旅遊工藝品產業發展戰略工商管理學院莊貝妮0.50福建省教育廳（面上）會計準則國際趨同模式的經濟後果差異對兩岸資本市場合作發展的影響工商管理學院陳旻0.50福建省教育廳（面上）經典名著在當代大學生中的接受現狀調查研究---以《紅樓夢》、《論語》為中心文學院張克鋒0.50福建省教育廳（面上）林語堂與30年代的現代文學批評文學院余娜0.50福建省教育廳（面上）閩臺“藵歌”音樂文化社會功能的歷史流變及互動關系研究音樂學院吳亞玲0.50福建省教育廳（面上）閩臺同源童謠音樂研究音樂學院陳芳0.50福建省教育廳（面上）著作權保護期限的國際趨勢及我國的立法選擇政法學院羅施福0.50福建省教育廳（面上）轉型視角下農民工的城市社區融入研究政法學院孫文中0.50福建省教育廳（面上）1950年代大陸赴臺女性文學的審美品味及其影響研究教師教育學院周海琳0.50福建省教育廳（面上）我國兒童文學圖書出版現狀及發展對策研究---基於少兒書業數據的分析教師教育學院黃雲姬0.50福建省教育廳（面上）翻譯過程的實證研究及批評模式探索外國語學院劉立香0.50福建省教育廳（面上）基於多元智能理論的國際貿易實務全英文教學輔助教材及教法研究外國語學院陳玉清0.50福建省教育廳（面上）福建宋時期紡織業發展研究美術學院余明涇0.50福建省教育廳（面上）基於低碳理念的閩南濱水景觀設計研究美術學院鄒喆0.50福建省教育廳（面上）高校學生就業中的思想政治教育工作研究成人教育學院鄧紅英0.50福建省教育廳（面上）福建傳統民間工藝在閩臺高校合作教育中的運用與實踐美術學院趙勝利0.50福建省教育廳
（兩岸職業教育專項） 海西戰略背景下，閩高職院校與自學考試、技能培訓的特色辦學改革成人教育學院陳建民0.50福建省教育廳
（兩岸職業教育專項） 2014年省基金項目（自由申報）評審結果名單項目類別項目名稱申報學院申請者面上項目具有臨界指數的奇異橢圓方程及系統的解的存在性和多重性的研究理學院藍永藝面上項目雜色鮑維甲酸X受體的配體篩選及其在性腺發育中作用的研究水產學院王淑紅面上項目淡水魚肌原纖維結合型絲氨酸蛋白酶（MBSP）的結構與功能關系研究生物工程學院杜翠紅面上項目分子印跡型殼聚糖/二氧化鈦光催化劑選擇性殺滅水產病原菌研究水產學院黃利強面上項目大尺寸平面磨削淬硬機理及其耐磨性研究機械學院劉菊東面上項目流固耦合作用下帆結構動力特性的數值方法研究輪機工程學院劉建閩面上項目DCT基於多矩特征的圖像檢索研究計算機工程學院余元輝面上項目線性菲涅爾反射式太陽能聚焦光熱系統測試方法研究信息工程學院曾桂英面上項目應用高通量測序研究大黃魚腸道細菌群落結構及發育過程中的動態變化水產學院馬英面上項目歐洲鰻鱺病原菌外膜蛋白的基因工程三聯疫苗的制備與免疫效果觀察水產學院郭松林青年創新多源遙感研究福建省氣溶膠光學特性和PM2.5理學院肖鐘湧青年創新廈門市PM2.5中重金屬的形態分析及源解析的Pb同位素示蹤研究生物工程學院陳錦芳青年創新Ran蛋白在大黃魚免疫途徑中的功能研究水產學院韓芳青年創新時空分數階方程最優控制問題的高階數值方法理學院葉星旸青年創新心肺耐力水平對中年肥胖人群的抗炎效應及其機制研究體育學院林家仕 館藏資源 截至2013年9月，集美大學圖書館***有館藏紙質文獻228.64萬冊，中外文現刊2700多種，引進了包括超星數字圖書館、維普全文數據庫、中國知網、萬方數據、Springer、Ei village等39個中外文全文或文摘數據庫；自建了《水產科技數據庫》、《陳嘉庚研究數據庫》、《集美大學博碩士學位論文數據庫》等7個特色專題數據庫 。 學術刊物 集美大學主辦有《集美大學學報（哲學社會科學版）》、《集美大學學報（自然科學版）》、《集美大學學報（教育科學版）》和《體育科學研究》等四種學術期刊，向國內外公開發行。
《集美大學學報（自然科學版）》2006、2008、2010連續三年被評為“中國高校特色科技期刊”，2009年，《集美大學學報（自然科學版）》獲得“第四屆華東地區優秀期刊”稱號，2006年《集美大學學報（哲學社會科學版）》、《集美大學學報（自然科學版）》和《體育科學研究》評為“福建省高校特色學報”；有多篇文章被人大復印報刊資料等國內重要文摘全文轉載和轉引；被《中國學術期刊（光盤版）》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《萬方數據網絡系統（ChinaInfo）數字化期刊網》等多家數據庫和檢索刊物收錄。
《集美大學學報（自然科學版）》還被“聯合國水科學和漁業情報數據庫（ASFIS）”、美國《劍橋科學文摘》、中國學術期刊文摘數據庫（CSTA）、中國水產文獻數據庫、中國生物學文獻數據庫、中國海洋文獻數據庫、《中國水產文摘》、《水產文摘》、《海洋文摘》、《中國生物學文摘》、《造船文摘》、《中國數學文摘》等作為源期刊 。
《集美大學學報（教育科學版）》被中國期刊網、中國學術期刊（光盤版）、中國學術期刊綜合評價數據庫、萬方數據網絡系統（ChinaInfo）數字化期刊群全文入網期刊、中國科技論文在線、Airiti Library 華藝線上圖書館等多家數據庫和檢索刊物收錄或者作為來源期刊 。
《體育科學研究》中文科技期刊在線、中文科技期刊數據庫、中國科技論文在線、中國核心期刊（遴選）數據庫、中國學術期刊綜合評價數據庫、中國期刊網、中國學術期刊（光盤版）、萬方數據網絡系統（ChinaInfo）數字化期刊群全文入網期刊、Airiti Library 華藝線上圖書館等多家數據庫和檢索刊物收錄或者作為來源期刊 。