嗜熱鏈球菌是鏈球菌屬的壹種，而保加利亞乳桿菌是乳桿菌屬的壹種。這兩種乳酸菌存在“***生作用”，它們相互幫忙，能夠促進產酸速度，讓酸奶能正常凝固，而且能產生比較好的風味。用這兩種菌混合培養制成發酵劑，然後加到牛奶當中，在40-42℃的溫度下培養幾個小時，就可以把液態的牛奶做成凝固的酸奶了。
但是，僅僅依靠這兩種菌做出的酸奶並不能稱為優質酸奶，因為嗜熱鏈球菌和保加利亞乳桿菌雖然是制作酸奶必不可少的，但保健作用並不是很強，而且它們本身不能在大腸中定植，而是“壹過性”的保健菌。也就是說，這些菌只在通過胃腸道當時發揮點作用，卻不能起到“調整腸道菌群”的作用。
因此，要做出風味比較好，而且保健效果也較好的酸奶，我們還要添加壹些益生菌進去。
所謂益生菌，是通過改善宿主腸道菌群平衡、對宿主發揮有益作用的活的微生物的總稱。乳制品中常常加入的益生菌主要是嗜酸乳桿菌（代號為A）和雙歧桿菌（代號為B，其中包括多個品種），還有壹些乳酪乳桿菌的菌株等。這些菌種的保健作用比較強（如改善消化吸收、調節腸道菌群等），且有可能在體內定植。
那麽，為什麽所有酸奶中都要加S和L這兩個菌種，而不是用A和B這些益生菌來發酵做酸奶呢？這是因為，單獨用這些益生菌發酵的乳制品口感不理想。而且它們的生存條件苛刻，很難保證發酵成功。比如說，雙歧桿菌（B）是厭氧菌，它們非常嬌氣，只要壹見氧氣就會死亡，而壹般的發酵方法很難完全避免氧氣。因此，為了保證酸奶的味道和口感令人滿意，通常都會將益生菌與S和L這兩個“常規”菌種混合搭配使用。目前，最常見的益生菌酸奶是在S和L之外再添加A菌和B菌中的某些菌株。
值得壹提的是，並不是只有含益生菌的酸奶才值得喝，傳統酸奶雖不含活性乳酸菌，但其營養價值也不能被忽視。這是因為，在乳酸菌發酵過程中，牛奶的營養成分並沒有減少，而且這個過程分解了乳糖，維生素含量有所增加，鈣的利用效率上升，還產生了幫助分解乳糖和蛋白質的酶類等。所以，即便沒有特殊的益生菌，喝酸奶也是有益處的。
家庭自制酸奶的菌種壹定要有保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌這兩種菌，否則酸奶就很難做成，或者風味很難令人接受。有這兩種菌就足以做成酸奶。如果想增加其他保健菌，也壹定要按照說明上建議的比例，和這兩種菌混合使用才可以，但不必太過執著於保健菌的種類多少，更不能全用保健菌種來做酸奶。
如果不買菌種也沒關系，只要找到市場上自己比較喜歡的益生菌酸奶，舀壹勺混在牛奶裏，就可以做菌種了。為保證制作成功，用成品酸奶做菌種的合理比例是1份酸奶加入10～20份的牛奶當中。但是，做成的自制酸奶最多只能再做壹次菌種，傳代的次數多了，酸奶凝固會越來越慢，風味也會變差，還可能因為汙染雜菌而影響安全性。