在第壹次泰伯利亞戰爭的期間，GDI壹直在前線積極對抗NOD兄弟會。NOD努力抹黑GDI，例如要對波蘭比亞韋斯托克地區的大屠殺暴行負責。NOD方面通過壹系列由Greg Burdette主持的錯誤新聞節目進行宣傳，迫使公眾輿論譴責GDI。GDI從他們的領土向後撤退，NOD支持者迅速接管這些地區。在對GDI的資助批評幾乎達到高潮的時候，聯合國被迫中斷它對GDI的資助。 NOD相信GDI的勢力被嚴重減弱，而開始到處攻擊GDI的基地。
聯合國其實是假裝中斷對GDI的資助,。計劃十分成功，NOD驚訝地發現他們攻擊的基地早己防禦重重。 GDI其後取得多次勝利。經過二年多的戰鬥，GDI最後找出NOD的總部，在薩拉熱窩外圍的NOD神殿。在GDI和NOD的精英部隊之間，開始了三天艱苦的戰鬥。NOD的防線在被攻破之時，GDI啟動了他們最先進的武器 - 部署在外太空的離子炮 (Ion Cannon)。離子炮摧毀了NOD神殿，凱恩被宣告死亡，GDI成功地結束了第壹次泰伯利亞戰爭。隨後GDI在非洲進行了壹系列試圖徹底消滅兄弟會的戰役，雙方互有勝敗，但NOD最終摧毀了GDI在非洲的離子炮控制中心，GDI全面消滅NOD的計劃失敗，NOD在非洲保留住了自己生存的土壤。GDI轉而在NOD扶植了胸無大誌的哈桑將軍充任傀儡，借此牽制NOD的行動。 當在薩拉熱窩的NOD神殿被離子炮摧毀時，GDI正專註於研究泰伯利亞礦和從NOD奪取的泰伯利亞技術。但是GDI犯了壹個嚴重的錯誤 ─ 它並未找到凱恩的屍體。數十年來，關於NOD地下活動的謠言依舊存在，促使GDI開始對這些消息進行調查。然而在2030年9月2日這天，全球的GDI基地被大批NOD部隊圍攻，掀開第二次泰伯利亞戰爭的序幕。
GDI官員在第壹次泰伯利亞之戰後，忘記了NOD是有壹群有組織的和全球化的好戰分子；雖然此時的NOD己經分裂成壹個個的小分派。然而，其後發生的事是在GDI高層意料之外：原本計劃被處死的安東斯拉維克逃離了死刑，轉而帶領軍隊俘虜了哈桑將軍。更可怕的是，凱恩居然還活著！
GDI的總部 ─ 費城太空站(GDSS Philadelphia)GDI的通信系統被NOD入侵，而且向GDI的總部 ─ 費城太空站(GDSS Philadelphia)播放壹段證明凱恩存活的影片，宣布他的歸來。GDI的詹姆斯?所羅門將軍(General James Solomon)和麥克?麥克尼爾(Commander Micheal Mack McNeil)指揮官被這事驚動，開始指揮各地的GDI部隊對抗NOD的入侵。
GDI壹度發現了壹個“外星飛船”，這個龐大的飛船能抵抗任何人類武器的攻擊。但是當GDI前往飛船查看時竟然發現飛船已經被洗劫壹空。他們意外的邂逅了壹個女變異人，變異人告訴麥克尼爾，凱恩從飛船上偷走了壹些東西。
其實GDI發現的那個飛船是NOD在第壹次泰伯利亞戰爭後期仿制的。原始的外星飛船已經被兄弟會秘密摧毀。
NOD的計劃是使用高度純化的泰伯利亞導彈轟擊整個地球，使整個地球的生物都變成泰伯利亞基礎的生物。最後的戰鬥在開羅爆發，GDI再次攻擊NOD的心臟地帶，包括凱恩的金字塔和被重建的NOD神殿，癱瘓了泰伯利亞導彈。麥克尼爾和凱恩進行了壹場決鬥，在最後凱恩被壹根鋼梁刺穿。 GDI最後占領了壹臺神秘的塔西佗設備(Tactius Device)，它可能擁有摧毀泰伯利亞的技術，並解決泰伯利亞所衍生的問題。 全世界的泰伯利亞變異再度擴張，離子風暴破壞了地面部隊與費城太空站的聯系，GDI緊急發動了火線風暴地表部隊，來暫時代替費城太空站指揮部隊。GDI嘗試啟動塔西佗，但這個裝置目前無法被解讀，唯壹的希望是壹名被遺忘者(又稱突變人特拉托斯(Tratos)，目前他在壹個受保護的基地進行泰伯利亞疫苗研究。兄弟會的超級電腦--CABAL在斯拉維克(兄弟會聲望最高的領導人，也是凱恩的接班人，隸屬於黑手部隊指揮官)的重組下攻擊了GDI前哨站，引發突變人與普通市民的暴動。為了平亂，GDI派了壹部份的人去鎮暴，特拉托斯的研究機構部隊就減少了壹些。然後CABAL偷偷地刺殺特拉托斯，令NOD的權力核心(Inner Circle)其他人員非常不高興，認為是斯拉維克殺了特拉托斯，如此貿然行事將壞了大局。
GDI也面臨麻煩，沒有了特拉托斯，解讀不出數據，塔西佗內所有對GDI有利的數據全部都無法得知。所幸布卓爾博士和地表指揮保羅柯特茲將軍找到了另壹個方案，占領NOD的超級AI電腦--CABAL，如此行動讓CABAL料到了，但他卻沒有通知NOD高層，反而告訴他們真相：我殺了特拉托斯。正當NOD決定要關閉CABAL的主機時，GDI占領了CABAL的主機。而且CABAL還告訴GDI塔西佗缺了壹角，命令GDI去把那壹個塔西佗碎片找回來。
同時CABAL正式向NOD宣告叛變，他除了斯拉維克刺殺失敗之外，其余的NOD將軍都被殺光了。而且利用生化人攻擊GDI的數個設施。當GDI找回泰西塔斯時，生化人部隊正朝著CABAL主機來。布卓爾匆忙的取走塔西佗成功逃離，經過證實後那個主機只是個假的終端系統，CABAL真正的主機還不明去向。
CABAL開始搞破壞，抓了市民，把壯年市民改裝成生化人，其余老弱婦孺壹律格殺。NOD料到戰術AI的重要性，去GDI的雷達站偷了EVA安裝程序出來。GDI和NOD決定要壹同對付這可怕的敵人。 他們各自使用自己的電子搜索系統，NOD負責摧毀CABAL的泰伯利亞加工廠，GDI負責破壞CABAL的生化人生產工廠，並且壹起攻擊最後發現的真正CABAL秘密終端機。
除了部隊比想像的要多，CABAL的核心防護武器非常的多，好不容易瓦解了將近所有的防禦武器，CABAL使用他研發的秘密武器：核心衛士(Core Defender)。這個人型機器人甚至不怕離子炮的攻擊。所幸最後在合力攻擊的情況下，核心衛士終於倒地，大量的裝甲車開向核心終端機，並且把它徹底摧毀。對GDI來說壹件巧合就此發生了：塔西佗和碎片竟然自己重組，而不斷地釋放出數據，壹部分的數據自己跑出解讀。至於對NOD呢?斯拉維克倒把它視為NOD勝利的象征。(對於NOD黑手來說是如此，對其他NOD派系而言，這次自相殘殺搞垮了他們，令他們分崩離析。)此時玩家將在某處未標明地帶，NOD的地下碉堡中，看見壹些凱恩的克隆人，而且又傳來了凱恩和CABAL對話的聲音：凱恩將再度復活。 此時兄弟會已經面臨四分五裂的危機，但凱恩利用繼承神經網絡系統LEGION成功奪回GDI秘密保存並研究的NOD科技，並把分裂了的NOD兄弟會重新組織起來，占據了地球上大部份的黃區。LEGION的影子軍團成功摧毀了GDI的財政部大樓（並令GDI誤認為這是分離主義份子的陰謀），迫使GDI財政部長雷蒙?鮑伊留在地球處理事件，而沒有到費城太空站（凱恩認為他是壹個無能的人，可以令GDI走向失敗，所以計劃讓他留在地球，好讓他能夠在費城太空站被毀後成為執行長）。
2047年3月，位於太空的GDI費城太空站（G.D.S.S. Philadelphia），GDI高層正在開會，討論將軍事運作的費用轉移至撲滅泰伯利亞礦時NOD兄弟會入侵了全球防禦組織的導彈防禦系統，並以核彈擊毀太空站，並開始了第三次泰伯利亞戰爭。
此時，NOD兄弟會領導人凱恩出現並宣稱開戰，全球防禦組織為保衛余下的20%藍區展開與兄弟會的抗戰，並逐步掌握了戰事的主動權。在壹次攻擊NOD在薩拉熱窩的總部（NOD神殿）的戰事中，執行長雷蒙?鮑伊在明知NOD神殿地下有著大量液態泰伯利亞的情況下授權啟動離子炮，向NOD總部發動攻擊。結果引爆了這些泰伯利亞，引起強烈的爆炸，在東歐地區造成大量傷亡，不過這時早有預謀是的，凱恩就是要讓GDI使用離子炮（Ion Connon）轟擊重建的神廟，就是為了要得到適宜引爆液態泰伯利亞彈的溫度、能量和條件，而當時凱恩並不在神廟中，這完全給GDI設下了壹個很大的陷阱。也正因為如此，爆炸產生的輻射喚醒了躲在遠至太陽系的海王星軌道附近的壹小行星的外星生物 ─ 思金人（Scrin），它們開始攻擊地球，並試圖在地球上各個紅區建造***19座的閥限之塔（壹種超巨形的傳送裝置，建造完成後便無法被摧毀的高塔）。思金人對統治地球並不感興趣，它們在意的只是地球上的泰伯利亞。思金人以泰伯利亞為食物，（所以在遊戲中它們的步兵在泰伯利亞礦上不但不會減血反而會加血）但它們很快發現自己來得太早了，地球上的泰伯利亞礦還遠遠沒有擴散到完全適合他們生活的地步，這次泰伯利亞礦的大爆發，是有人預謀的......
在壹次的陰謀中，NOD兄弟會第三號人物卡塔·基蓮將軍被指背叛NOD並被殺害。其後在壹次軍事行動中，LEGION成功在中國大陸把塔西佗設備奪回，但LEGION被凱恩信任協同維護LEGION的女修長輸入病毒後停止運作。
最後，兄弟會再次戰敗，思金人也被GDI打敗，但因為NOD的介入，思金人最後成功地在地球上建造壹座閥限之塔。塔西佗再被GDI奪去，但凱恩早有後手，他重新起動LEGION並喚醒他藏在地下的生化人大軍。最後成功在落基山脈奪回塔西佗設備，最終利用塔西佗離開地球。