《北京青年報》的起飛始於《青年周末》和《新聞周刊》，而電腦、房地產和汽車等產業專刊是《北京青年報》的助力器，推動報紙進入飛速發展的快車道。可以說，該報走到今天，各種周刊、專刊功不可沒。但是隨著時間的推移，特別是報業競爭的加劇，報紙專刊化、副刊化的問題也越來越明顯，主要是重刊輕新聞，不像真正的新聞紙。
北京青年報開始全面改版，試圖打破危機。改版後，版面的結構性調整成果顯著，分疊處理方便了讀者的定向閱讀。從過去的不分疊到現在A、B、C、D、E、F六大疊，《北京青年報》以整齊規範的版組出現，即新聞版組、天天副刊、時代專刊系列即報中報。在新聞的處理上，進行歸類組合，“本市、國內、國際、財經、娛樂、體育”各方面的新聞，都各由壹個版組來統領。版組的劃分，很好地梳理了內容的分布，使得報紙結構更加清晰、合理。同時對專刊加以濃縮，過去由七大副刊承擔的深度報道與分析性報道功能全部由新聞版面來承擔。由於新聞版面數量的限制，過去那種壹版壹篇的長篇幅報道消失，改版前的“環球周刊”、“法制周刊”等整合成“國際焦點”、“法律圓桌”等單個版面的內容，固定專刊的報道形式消失，使每周固定內容的深度分析性報道大量減少。
版式上的變化是突出頭版的導讀功能，把各版組的重要新聞以“消息”或“摘要”的形式放置在頭版位置，這種“新聞櫥窗”式的做法在國內外報紙已經頗為流行。《南方都市報》頭版的唯壹功能就是導讀，《經濟觀察報》的頭版是導讀加引讀，重要稿件的題目和前壹兩段放在頭版，大塊內容放到後面。《北京青年報》的頭版是要聞加導讀的折衷模式，既有帶有圖片的重要新聞，也有小豆腐塊的導讀。在圖片的使用上，《北京青年報》加大了力度。除了保持大圖片、頭條新聞圖片主打外，在改版之後，國內新聞與國際新聞版組在每天都專門給出壹個圖片的版面，把圖片的使用量擴大到了以前的兩倍。
2012年，北京青年報增加六個周刊。