簽註是指印於港澳通信證上的“證明通行證持有人”可合法前往香港或澳門的註釋。簽註會註明持有人此次前往香港或澳門的目的、行程時間等。
港澳通行證簽註規定了港澳通行證前往的地方(香港或者澳門)和次數。申請港澳通行證、填寫申請表格時有壹項選擇是讓您選擇您所要前往的目的地，您可以選擇香港或者澳門，同時簽註還有次數的選擇，壹般簽註會註明您可以前往的次數，目前辦理的通行證的來往次數都是2次的。
赴港澳的簽註種類***分4種：
L簽註（即團隊旅遊簽註，必須隨旅行團進出）。
G簽註（即個人旅遊簽註，不受跟團旅遊限制，可赴港澳自由行）。
S簽註（即商務簽註）。
T簽註（即探親簽註）。