辦公室 負責辦理文電、會務、保密、信訪、檔案、財務、資產管理、政務公開、後勤服務等日常工作；承擔信息化建設工作；承擔本局黨務、紀檢、監察、人事編制、工青婦、計劃生育等工作。
綜合處組織編制全局年度審計項目計劃；承擔審計業務分工和授權、委托審計項目的管理；擬訂綜合性文件；承擔審計統計、信息宣傳、理論研究和綜合性調查研究；指導和管理內部審計工作；聯系特約審計監督員。
審理處 檢查審計方案的制定及執行情況；審理有關審計業務事項；組織實施審計項目質量檢查與考核；辦理審計報告公開事項；督促審計發現問題的處理和整改；起草審計法規規章；承擔機關行政復議和應訴等工作。
財政審計處審計市本級預算執行及其他財政收支情況；審計市地稅系統稅收征管及財務收支情況；審計市國庫辦理本級預算資金的收納撥付情況；審計區政府預算的執行情況和決算以及其他財政收支情況。
金融審計處審計市屬銀行、保險、證券、信托、財務、擔保、期貨、基金管理公司等金融機構的資產、負債和損益；審計上級審計機關授權審計的金融機構的資產、負債和損益。
行政事業審計處審計與市級財政有撥繳款關系的市人大、政協、法院、檢察院機關和政黨組織、社會團體的財政、財務收支；審計市政府各部門、事業單位的財政、財務收支。
資金審計處審計國際組織、國際金融機構和外國政府在深圳市貸款、援助和贈款項目的財務收支；審計市政府管理的和受市政府及其部門委托由社會團體管理的社會保障資金等專項資金的籌集、管理、使用情況。
資源環境審計處審計資源能源、環境保護部門和單位的財政、財務收支；審計市本級資源能源、環境保護專項資金；審計市國土資源管理利用和土地出讓收入的收支使用情況。
企業審計處審計市屬國有企業和國有資本占控股或主導地位的企業的資產、負債和損益；審計市屬駐外企業的境外資產、負債和損益。