呼吸道隔離由於支原體感染可造成小流行，且患兒病後排支原體的時間較長，可達1～2個月之外。嬰兒時期僅表現為上呼吸道感染癥狀，在重復感染後才發生肺炎。同時在感染支原體期間容易再感染其它病毒，導致病情加重遷延不愈。因此，對患兒或有密切接觸史的小兒，應盡可能做到呼吸道隔離，以防止再感染和交叉感染。
護理保持室內空氣新鮮，供給易消化、營養豐富的食物及足夠的液體。保持口腔衛生及呼吸道通暢，經常給患兒翻身、拍背、變換體位，促進分泌物排出、必要時可適當吸痰，清除粘稠分泌物。
氧療對病情嚴重有缺氧表現者，或氣道梗阻現象嚴重者，應及時給氧。其目的在於提高動脈血氧分壓，改善因低氧血癥造成的組織缺氧。給氧方法與壹般肺炎相同。 祛痰目的在於使痰液變稀薄，易於排出，否則易增加細菌感染機會。但有效的祛痰劑甚少，除加強翻身、拍背、霧化、吸痰外，可選用必嗽平、痰易凈等祛痰劑。由於咳嗽是支原體肺炎最突出的臨床表現，頻繁而劇烈的咳嗽將影響患兒的睡眠和休息，可適當給予鎮靜劑如水合氯醛或苯巴比妥，酌情給予小劑量待因鎮咳，但次數不宜過多。
平喘對喘憋嚴重者，可選用支氣管擴張劑，如氨茶堿口服，4～6mg/(kg﹒次)，每6h1次﹔亦可用舒喘靈吸入等。 根據支原體微生物學特征，凡能阻礙微生物細胞壁合成的抗生素如青黴素等，對支原體無效。因此，治療支原體感染，應選用能抑制蛋白質合成的抗生素，包括大環內脂尖、四環素類、氯黴素類等。此外，尚有林可黴素、氯林可黴素、萬古黴素、氟氧頭孢鈉及磺胺類如SMZxo等可供選用。
大環內脂類抗生素以上各種中常選用大環內脂類抗生素如紅黴素、螺旋黴素、麥迪黴素、白黴素等。其中又以紅黴素為首選，該藥使用廣泛，療效肯定。對消除支原體肺炎的癥狀和體征明顯，但消除支原體效果不理想，不能消除肺炎支原體的寄居。常用課桌壹為50mg/(kg﹒d)，輕者分次口服治療即可，重癥可考慮靜脈給藥，療程壹般主張不少於2～3周，停藥過早易於復發。常用口服劑有無味紅黴素及紅黴素腸溶片，口服紅黴素自腸道吸收，空腹服用紅黴素250mg，高峰血濃度於給藥後2～3h達到0.3～0.7μg/ml﹔劑量加倍，高峰血濃度為0.3～1.9μg/ml。
靜脈註射紅黴素乳糖酸鹽300mg，4min的血濃度平均為40.9μg/ml，2h後為2.6μg/ml，6h後為0.32μg/ml。如每12h連續靜脈滴註紅黴素乳糖酸鹽1g，則8h後的血藥濃度可維持4～6μg/ml。而痰中平均嘗試為2.6(0.9～8.4)μg/ml。紅黴素主要經膽汁排泄，部分可從腸道內重新吸收。相當量的紅黴素在肝內代謝滅活。口服給藥量的2.5%和註射給藥的15%以活性物質自尿中排出。血液透析和腹膜透析皆不能將紅黴素自體內清除。在使用紅黴素制劑時應註意其毒副作用。各種口服制劑皆可引起惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道癥狀﹔靜脈滴註時可發生血栓性靜脈炎﹔偶有過敏反應發生，表現為藥物熱、麻疹等。值得註意的是紅性黃疸，往往在給藥14～21d產生上腹疼痛、惡心嘔吐，相繼出現發熱、黃疸、白細胞及嗜酸性粒細胞增多，血清膽紅質和轉氨增高，停藥後2～3d可恢復正常，但再給藥又可重新出現上述癥狀。另外，大劑量紅黴素的應用偶可引起耳鳴和暫時性聽覺障礙，壹般發生於靜脈給藥或有腎功能減退和（或）肝臟損害者。嬰幼兒口服無味黴素後可出現增生性幽門狹窄，口服紅黴素後也有出現假膜性腸炎者。應用紅黴素期間尿中兒茶酚胺、17-羥類固醇和血清轉氨有增高現象，血清葉酸和尿雌二醇有降低情況。若與茶堿類藥物同用時，有增加茶堿和血液中濃度的作用。所以，在合用茶堿類藥物時，應減量使用或避免合用。
鑒於紅黴素對胃腸道刺激大，並可引起血膽紅素及轉氨升高，以及有耐藥株產生的報道。人們開始選用大環內酯類的新產口，如羅紅黴素（roxithromycin）及甲紅黴素（clarithromycin）、阿奇黴素（azithromycin）、氟氧頭孢鈉等，口服易耐受、穿透組織能力強，能滲入細胞內，半衰期長，MIC為0.002～0.03mg/L。在日本采用白黴素（leucomycin）治療本病效果較好，該藥無明顯毒副作用，比較安全，口服量為20～40mg/(kg﹒d)，分4次服用﹔靜滴量為10～20mg/(kg﹒d)。
四環素類抗生素支原體感染雖有肯定療效，但其毒副作用較多，尤其是四環素對骨骼和牙生長的影響，即使是短期用藥，四環素的色素也能與新形成的骨和牙中的鈣相結合，使乳牙黃染。故不宜在7歲以前兒童時期應用。
氯黴素和碘胺類因為治療支原體感染的療程較長，而氯黴素類、磺胺類抗菌藥物毒副作用較多，不宜長時間用藥，故臨床上較少用於治療支原體感染。
氟酮類有用氟酮類（fluroqumolone）藥物治療支原體感染的報道。氟酮類屬於合成抗菌藥，通過抑制DNA旋轉，阻斷DNA復制發揮抗菌作用。環丙氟酸（ciproflaxacin）、氧氟沙星（ofloxacin）等藥物在肺及支氣管分泌物中濃度高，能穿透細胞壁，半衰期長達6.7～7.4h。抗菌譜廣，對支原體有很好的治療作用。前者10～15mg/(kg﹒d)，分2～3次口服，也可分次靜滴﹔後者10～15mg/(kg﹒d)，分2～3次口服，療程2～3周