根據可培養細菌的數量分類在腸道菌群中，可以培養到的細菌有400余種，依據其數量多少可以分為主要(優勢)菌群(predominant microflora)和次要菌群(sub—dominant microflora)。
①主要(優勢)菌群：指腸道菌群中數量大或種群密集度大的細菌，壹般在10～10cfu/g以上，包括類桿菌屬、優桿菌屬、雙歧桿菌屬、瘤胃球菌屬和梭菌屬等專性厭氧菌，通常屬於原籍菌群。優勢菌群是對宿主發揮生理功能的菌群，在很大程度上影響著整個菌群的功能，決定著菌群對宿主的生理病理意義。
②次要菌群：數量在10～10cfu/g以下，主要為需氧菌或兼性厭氧菌，如大腸桿菌和鏈球菌等，流動性大，有潛在致病性，大部分屬於外籍菌群或過路菌群。
檢測方法：
1、采樣及稀釋
（1）按無菌操作法將檢樣25g（或25mL）放於含有225mL無菌水的三角瓶中（瓶內預置適當數量的玻璃珠）或滅菌乳缽內，經充分振搖或研磨做成1：10的均勻稀釋液。固體檢樣最好用無菌均質器，以8000～10000r/min的速度離心1min，做成1：10的稀釋液。
（2）用1mL滅菌吸管吸取1：10稀釋液1Ml，註入含有9mL無菌水的試管內，振搖混勻，做成1：100的稀釋液，換用1支lmL滅菌吸管，按上述操作依次作l0倍系列稀釋液。
（3）根據食品的衛生要求或對檢驗樣品汙染情況的估計，選擇三個稀釋度，每個稀釋度接種3管。也可直接用樣品接種。
2、乳糖初發酵試驗
即通常所說的假定試驗。其目的在於檢查樣品中有無發酵乳糖產生氣體的細菌。將待檢樣品接種於乳糖膽鹽發酵管內，接種量在1mL以上者，用雙倍乳糖膽鹽發酵管。
lmL及1mL以下者，用單倍乳糖膽鹽發酵管。每壹個稀釋度接種3管，置36±1℃溫箱內，培養24±2h，如所有乳糖膽鹽發酵管都不產氣，則可報告為大腸菌群陰性，如有產氣者，則按下列程序進行。
3、分離培養
將產氣的發酵管分別劃線接種於伊紅美藍瓊脂平板，置36±1℃溫箱內培養18～24h，然後觀察菌落形態並作革蘭氏染色、鏡檢並作復發酵試驗。
4、乳糖復發酵試驗
即通常所說的證實試驗，其目的在於證明經乳糖初發酵試驗呈陽性反應的試管內分離到的革蘭陰性無芽胞桿菌，確能發酵乳糖產生氣體。
在上述選擇性EMB培養基上，挑取可疑的大腸菌群菌落1～2個進行革蘭染色，同時接種乳糖發酵管，置36±l℃溫箱內培養24±2小時，觀察產氣情況。
凡乳搪發酵管產氣，革蘭染色為陰性反應的無芽胞桿菌，即報告為大腸菌群陽性；凡乳糖發酵管不產氣或革蘭染色為陽性，則報告為大腸菌群陰性。
擴展資料：
有益菌菌群的生理功能：
如果腸內有益菌菌群占優，腸內黏膜呈現粉紅色，表示腸內環境相當良好。
1、吸收水分，糞便較軟，較易排泄
在胃部分解消化的食物，經由小腸吸收營養後，成為粘稠狀物體送至大腸。然後再經過18小時將水分及礦物質吸收，就變成容易排泄的糞便。腸道內環境良好時，糞便的軟硬適中，排便會較為順利。
2、緩和的蠕動，能順利將糞便排出
藉由腸的蠕動，將糞便緩慢的推送至肛門。如果蠕動過快或太慢，都將影響糞便的構成，導致便秘或者腹瀉。而如果腸內幹凈，則蠕動的速度就相當的有規律，糞便可順利排出。
3、有助維他命的合成
比菲德氏菌等好菌能維護肌膚的健康，並具有合成有助熱量產生的維他命B1、B2及B6等，以及與止血、骨骼形成有關的維他命K等之功用。健康的腸道，好菌會不斷繁殖，維他命的合成也可順利進行。
4、迅速排出有害物質
健康的腸道並非完全沒有壞菌的存在，有害物質多少會產生。當然還包括，吃進體內的食品化學添加物或是無法成為營養成分的物質。只要腸內環境良好，這些物質在開始危害身體前就被排出體外。
5、避免病原菌的侵害
比菲德氏菌等好菌可以刺激並提高身體的免疫機能，而且易引起食物中毒等病原菌因具怕酸特質，所以像是含有好菌的乳酸飲料或健康食品等，都可抑制病原菌在腸內繁殖。
腸道有益菌菌群除了以上功能之外，對人體還有營養作用，如糖尿病、高血壓、高血脂等。B族維生素和非必需氨基酸對人類的毛發具有重要的作用，當缺少這些營養元素，會導致頭發脫落或毛發發黃、發叉，容易折斷等現象。
百度百科-腸道菌群