由於棉籽餅、粕中遊離棉酚對動物有害，因此，在使用棉餅、粕時，要根據飼餵對象及餅、粕中遊離棉酚的含量加以限量。反芻家畜在有優質粗料及多汁青料的情況下，棉籽餅、粕的用量不受限制，不會造成中毒。對單胃動物要限制餵量，最好使用經過脫毒處理的棉籽餅、粕。其脫毒方法很多，如水煮法、硫酸亞鐵處理法、堿處理法、浸提法等。其中以硫酸亞鐵法最簡單，脫毒效果亦好。肉用雞飼料應少用含殼多的棉籽餅、粕，以免影響生長，雞對棉酚的耐受力高於豬，但蛋用雞飼餵棉籽餅、粕會造成雞蛋在貯存期間發生變色反應，即蛋白呈現粉紅色，蛋黃呈現綠黃或暗紅及斑點狀。種畜苗應避免使用，以免影響繁殖性能。同時，使用棉籽餅、粕配制飼糧要註意氨基酸平衡，尤其是棉籽餅、粕的賴氨酸含量低，且利用率差，應註意添加賴氨酸。
農村育肥牛專業戶用棉籽餅餵牛十分普遍，有的農戶飼料中棉籽餅的含量達到了30%，由於使用過量或方法不當，使牛中毒的病例時有發生。因此應註意以下幾點：
壹、適量飼餵棉籽餅質優價廉，蛋白質含量高等，不失為壹種好飼料，但飼料中的含量不宜過多，壹般不超過15%為好，否則易中毒。
二、脫毒處理較為簡單的壹種處理方法是將棉籽餅在清水中浸泡1小時，然後放入鍋中蒸煮，煮沸1小時後撈出，晾涼後飼餵。煮棉籽餅的水應倒掉，不要餵牛。
三、間隔使用由於棉籽餅是蓄積中毒，最好是間隔使用，如餵半月停半月，使體內蓄積的毒素排出，以防中毒。
四、治療牛中毒後要立即停餵棉籽餅，用0.3%～0.5%高錳酸鉀溶液或2%的碳酸氫鈉溶液1000～2000毫升進行洗胃。洗胃後，可灌服硫酸鈉500克或石臘油1000毫升，以加快毒素的排除。另外可根據病情進行輸液，強心、消炎、保肝等對癥治療。