在乳腺反應器研制中尚存在下述待解決的難題：（1）轉基因動物的成功率低。（2）目的蛋白的表達水平遠低於乳汁中總蛋白含量。（3）目的基因的分離、改造、載體構建、體細胞克隆等技術環節還不夠成熟。（4）“位置效應”與“劑量效應”目前無法克服。（5）乳汁蛋白基因表達調控機理、目的基因在宿主染色體上整合的詳細機制、基因表達調控元件在不同家畜表現差異的原因、乳腺細胞對蛋白質的加工修飾機理等還未弄清。（6）產品的安全性的問題，外源基因侵入對動物和基因藥物對人體正常功能有何影響，否會造成基因汙染，尚難定論。
雖有這些問題存在，但許多國家政府和大型制藥企業仍競相投入巨資資助乳腺生物反應器產品的開發和生產，使乳腺反應器研制和產業化呈現日益加速的趨勢。利用乳腺反應器生產營養活性蛋白，如需求量極大的護膚品中的活性蛋白，或者改造奶質而使其具備營養和藥用雙重功能，或者直接生產口服生物制品，都具有極大的市場潛力。我們相信乳腺生物反應器產業不僅會成為有高額利潤回報的新型行業，而且將會帶動整個國民經濟的發展，形成全新的產業結構模式。因此，我們應當抓住機遇，增加投資力度，大力興辦乳腺反應器產業，以在未來的生物高技術競爭中奪得主動權。