增值稅防偽稅控系統由四個子系統構成：稅務發行子系統、企業發行子系統、防偽開票子系統和認證報稅子系統（認證和報稅為二套軟件，但必須裝在同壹臺計算機中）。稅務發行子系統的主要功能是對下級稅務發行子系統、下級企業發行子系統及下級認證報稅子系統進行發行；企業發行子系統的功能是對企業開票子系統進行初始發行和向企業發售專用發票；認證報稅子系統的主要功能是接收企業的抄稅數據並對發票的真偽進行辨別，以上三個子系統是分別用於各級稅務機關。防偽開票子系統則是專門用於企業開具專用發票，防偽稅控開票子系統必須通過其主管防偽稅控稅務機關對其所持有的“稅控IC卡和金稅卡”進行發行後才能使用。