提問者的補充無知到簡直像在釣魚，但其他答案絕大多數也不理想。
壹是只說提到兩大黨派的黨旗主色調卻沒說為什麽是這個顏色。
二是對兩大陣營的政策的分析過於集中在兩岸問題上，兩岸問題當然很重要，但兩大陣營的政策差異絕對不僅在這壹方面。
壹、兩個顏色的起源
“藍綠陣營”的提法不是“大陸媒體所稱”，只是壹部分大陸媒體（主要是部分專註於臺灣海峽局勢的欄目）沿用了臺灣媒體自90年代以來對臺灣政治兩大陣營的稱呼，而大陸比較官方的文告（例如國務院臺灣事務辦公室的新聞）裏壹般不這麽用。
而臺灣媒體愛用顏色來作為政治陣營的代稱，其實是跟選舉政治的“視覺化”有很大的關系。這裏不展開分析了，只說兩個顏色的起源。
“泛藍”的藍，來自中國國民黨（KMT）黨旗/黨徽。這個圖案最初的起源是興中會的青天白日旗，由陸皓東設計。孫中山是興中會會員，所以後來的國民黨就以興中會的繼承者作為自我認同。
“青天”這個概念很容易和漢族的傳統文化聯系起來，顯示出國民黨的漢族民族主義者特質。只不過黨徽的這個顏色在當代人眼中更像藍色，所以國民黨為核心的陣營就叫藍營。除了國民黨外，國民黨兩次分裂形成的新黨（以黃色為代表色）、親民黨（以橙色為代表色）也算藍營。
“泛綠”的綠，來自民主進步黨（DPP）黨旗/黨徽。民主進步黨最早的起源是反對國民黨壹黨專政的“黨外運動”，70年代由於“戒嚴戡亂”還不能組黨，所以壹些黨外人士開始使用綠色作為代表色，並且逐漸成為***識。
1986年5月19日的反對戒嚴的社會運動就叫“綠色行動”。所以當年9月28日民主進步黨正式成立的時候，也就在黨章第二條規定了黨旗是“綠底白十字鑲嵌綠色臺灣圖案”，所以以民主進步黨為核心的陣營就叫綠營。壹般來說太陽花學運中形成的時代力量也被視為綠營——即便時代力量的代表色不是綠色而是偏黃的橙色。
還有就是柯文哲的臺灣民眾黨在傳統上被稱為“白色陣營”，因為柯文哲很長時間裏都標榜自身“超越藍綠”的角色，他還出了壹本書叫《白色的力量》（我猜還有壹個原因是他的醫學背景）。即便臺灣民眾黨的代表色是青色，但它還是被叫作“白色陣營”。
二、政策差異
兩大陣營的核心差異是對臺灣本身的定位。泛綠壹般來說認為臺灣本來就是壹個獨立國家；泛藍壹般來說認為臺灣是中華民國最後尚未喪失的部分——但兩者的***識是應當保衛臺灣當前的地位。而現在的“中華民國臺灣”其實就是這兩種觀點的折中。
基於對臺灣自身認識的不同，在對大陸的態度上兩個陣營也有區別。泛綠完全不接受任何形式的兩岸統壹方案，只願意在對等的情況下和大陸交流；泛藍至少在法理上仍然認為兩岸屬於壹國，也可能在保持臺灣當前制度的前提下接受某種程度的兩岸合並方案。
正是由於這壹點，泛藍陣營對跟大陸進行商貿、文化等方面的交流持更開放的態度。但是要註意到，在實操層面上，大多數泛藍並不主張在目前的情況下推動統壹進程。
在對外關系上，兩個陣營都主張與美國保持親近，畢竟臺灣的安全依靠的是美國的《臺灣關系法》和六項保證。而泛綠總體來說對日本、東南亞更友善壹些。
在經濟政策上，雙方的差異不太大。
在環境議題上，泛藍陣營支持核能，主張限制燃煤發電；泛綠主張非核化，以天然氣或其他新能源填補用電量缺口。這個差異的源頭在於，臺灣的核能發展最初是壹黨專政時期的國民黨推動的，而且與國民黨試圖制造核武器有關，民進黨崛起的20世紀80年代全世界的“民主化運動”中都帶有反核的元素，這個立場後來就逐漸變成了傳統。
在婚姻和性別政策上，泛藍陣營支持傳統的家庭觀（不管是儒教意義下的傳統還是基督教意義下的傳統），反對同性婚姻；泛綠陣營支持同性婚姻，而且對“LGBT”群體總體上比較友善。
在選民基礎上，泛藍以外省籍、普通話為母語的群體為主，泛綠以閩南籍、閩南語為母語的群體為主。