1、病原體不壹樣
流腦是有腦膜炎雙球菌引起的，屬於細菌感染。而乙腦是由乙型腦炎病毒引起的，是病毒感染。
2、流行季節不壹樣
流腦主要在冬末、春初季節流行；乙腦流行在夏、秋季節。
3、傳播途徑不壹樣
流腦是咳嗽、噴嚏產生的飛沫借助空氣，通過人的呼吸道傳播；乙型腦炎是由於受到帶有乙型腦炎病毒的蚊蟲叮咬才得病的。
4、癥狀不壹樣
流腦和乙腦都會出現發熱、頭痛、嘔吐等，但乙腦病人沒有敗血癥期，不會出現出血點和瘀斑，也很少出現休克者。
5、病變部位不壹樣
流腦的病變主要發生在腦脊髓膜，特別是蛛網膜及軟腦膜，壹般腦實質的損害比較輕微。而乙腦的病變主要的腦組織，以大腦、腦幹的損害比較嚴重，在醫學上交坐腦實質的損害。
6、治療方法不壹樣
流腦是壹種細菌感染，可以在醫生的建議下使用抗生素控制感染。乙腦由於是是病毒感染，至今仍沒有特殊的控制感染的辦法，治療乙腦多是對癥治療。
7、其他區別
流腦和乙腦的重癥病人都會出現顱內壓增高的危險癥狀，但是乙腦的病程不像流腦那麽迅速。
流腦的病程較短壹般為7-10天，而乙腦病程較長，2周左右才進入恢復期甚至在發病半年後仍遺留神經、精神方面的癥狀。
8、流腦的癥狀
據介紹，流腦是壹種急性呼吸道傳染病，初期癥狀與感冒相似，主要表現為發燒、咽喉疼痛等，數小時後身體開始出現血性皮疹，壹般伴有頭痛、嘔吐，隨後出現高燒、抽搐，嚴重的還將伴有休克、腦水腫、昏迷等癥狀。流腦起病很急，兩三個小時就可以發展到嚴重期，壹旦耽誤治療，死亡率較高。
這種病的潛伏期壹般為2～3天，最長的為壹周。其特點是起病急、病情重、變化多，突然出現40℃左右，常於肩、肘、臀部等皮膚受壓部位出現出血性的、大小不壹的瘀點、瘀斑，有的出現抽搐，重者可出現休克。如果是小寶寶的話，通常發病較急，容易發生驚厥或有煩躁、尖叫、雙目呆滯、拒奶、嘔吐，囟門未閉者可見前囟飽滿。
9、流腦預防措施
1、“三曬壹開”，殺滅病菌。“流腦”的病原體——腦膜炎雙球菌有怕冷、怕熱、厭氧的特性。所以，在陽光充足、空氣新鮮流通的環境中不易生存。“三曬壹開”就是常曬太陽、曬被褥、曬衣服，居室常開窗通風，以達到殺滅該病病菌的目的。
2、預防接種，增強免疫力。6個月至2歲的寶寶是“流腦”易感人群，需要重點保護。除了在流行季節少去或不去人多的公***場所外，還可以接種流腦多糖體菌苗，提高對“流腦”的免疫能力，接種疫苗後免疫時間可維持壹年以上。
3、及時發現，早期隔離。在“流腦”好發季節，如發現孩子有不明原因的發熱、頭痛、嘔吐時，須引起警覺，及時去醫院檢查，確診為“流腦”的要隔離治療。對疑似病人或與病人密切接觸者要嚴密觀察，以防止該病擴散、傳播。
醫生提醒廣大嬰幼兒家長，壹定要註意個人衛生及身邊環境衛生，不要帶孩子到人多、空氣不流通的地方，可讓孩子少量飲用淡鹽水或用淡鹽水漱口。另外，也可給孩子註射流腦疫苗進行預防。
10、乙腦預防措施
1、乙腦疫苗接種應註意，疫苗接種應在流行季節前壹個月完成。
2、乙腦疫苗接種要註意在啟開小瓶和註射時切勿使消毒劑接觸疫苗;如在使用疫苗時發現溶解後有搖不散的塊狀物、小瓶有裂紋或溶解前疫苗變紅時均不可使用;疫苗溶解後應在1小時內用完，對用不完的要廢棄。
3、8個月齡以上的健康兒童以及來自非流行地區的其他健康人群均為接種對象。
4、本疫苗不良反應較少，乙腦疫苗接種註意有少數兒童可能出現壹過性的發熱反應，但壹般不超過2天，可自行緩解。偶有散在皮疹出現，壹般也不需要特殊處理。
5、兒童的接種方法是首次於上臂外側三角肌附著處皮下註射0.5毫升;2歲時加強註射0.5毫升;7歲時再註射0.5毫升，以後就不再免疫;其他人群的接種方法可參考兒童的免疫程序進行。
6、患發熱、急性傳染病、中耳炎、活動性結核及心、肝、腎等疾病，體質衰弱、有過敏史或癲癇者，先天性免疫缺陷者，近期或正在進行免疫抑制劑治療者和孕婦均不可註射乙型腦炎減毒活疫苗，這是乙腦疫苗接種註意事項需特別註意的。