1968年2月25日，隸屬美國中央情報局SAD/SOG小組的特工阿歷克斯·梅森被綁在壹間審訊室的椅子上，審訊他的兩個人壹直在試圖從他嘴裏套出壹些關於壹座數字電臺具體位置的情報。遊戲中的大部分關卡都是由梅森的回憶構成。
1961年4月17日，梅森偕同隊友CIA特工伍茲、鮑曼組成了代號40的小組並壹起參加了美國在豬灣事件中采取的軍事行動，他們的任務是暗殺古巴領導人菲德爾·卡斯特羅。梅森順利殺入卡斯特羅官邸內部並且親手射殺了目標，之後三人雖然順利登上逃亡的飛機，但是飛機因為機場的跑道被敵軍車輛阻擋而無法起飛，梅森毅然跳下飛機利用跑道邊的防空炮擊毀障礙，飛機順利起飛逃走，但梅森卻被古巴軍隊抓獲。
醒來後梅森的發現自己在海邊，旁邊有壹艘寫著“水中仙女”號的大貨輪，原來他被古巴軍隊交給了真正的卡斯特羅。卡斯特羅將梅森當做“禮物”交給了他的盟友—蘇聯軍隊指揮官尼基達·德拉格維奇將軍處置，並請德拉格維奇折磨梅森。
梅森在蘇聯的沃爾庫塔勞改營裏，其間結識了維克多·雷澤諾夫，壹名蘇聯紅軍老兵，並和他成為難友。雷澤諾夫告訴梅森：負責拷問梅森的是德拉格維奇和他的副手列夫·克拉夫錢科上校以及弗雷德裏希·施坦納——壹名投降蘇聯的前納粹德國科學家。他們三人都與雷澤諾夫有著深切聯系：1945年10月29日冬天，雷澤諾夫、德拉戈維奇、克拉夫錢科以及德米崔·彼得連科所在的蘇軍突擊隊奉命去北極圈尋找施坦納。
三人被捕後被關在老撾某處審訊，德拉格維奇派遣了壹隊蘇聯特種部隊協助越***遊擊隊看管被關在水牢中的三人，壹名蘇聯特種部隊軍官出於無聊讓三人玩俄羅斯輪盤取樂，鮑曼因不滿並出言不遜而被打死，隨後梅森與伍茲互相配合，借機殺了幾個看守逃了出來，並搶來了蘇軍停在營地門口的直升機。兩人開著搶來的直升機摧毀敵人的壹個營地以及其輸油管。
隨後二人又殺到另壹處基地，營救了壹隊被俘的美軍並與雷澤諾夫再次相遇。並得知克拉夫琴科就在基地裏，最後梅森被克拉夫錢科偷襲時，伍茲用匕首刺中克拉夫錢科，並抱著試圖引爆隨身炸藥的後者沖出玻璃窗同歸於盡。
與此同時，梅森的同僚哈得遜和威弗爾在香港九龍城寨找到了克拉克博士並開始拷問他。克拉克供出了施坦納以及隱藏在亞門圖山脈中的壹座秘密實驗基地，這時蘇聯特種部隊卻在克拉克說出更重要情報時突襲。雖然克拉克釋放了事先布置好的毒氣使蘇軍遭受重創，並帶領兩名特工逃到其私人軍火庫拿上武器反擊，途中克拉克說出了壹串數字，但是在他剛要說出這串數字的含義的時候卻被蘇聯狙擊手擊斃。哈得遜和威弗爾則在援軍到來後成功撤退。
這時時斯坦納破解了哈得遜等人的無線電頻率，聯系並告訴哈得遜，德拉格維奇正在清理所有與“諾娃六號”有關的設施和人員，自己也將遭殃，同時又讓他們來自己的所在的基地——位於鹹海的沃茲羅日傑尼耶島來設法阻止播放數字密碼的電臺：這組密碼將會讓德拉格維奇指派潛伏在美國城市裏的大量蘇聯特工接到在城市裏釋放“諾娃六號”毒氣的指示密碼，只有斯坦納自己知道如何停止廣播。之後威弗爾拍下了布置點，大家便殺出基地。
而梅森自從越獄之後壹直以來看到與雷澤諾夫“壹同”戰鬥的影像其實都是因為痛苦至極的洗腦過程所產生的人格分裂所構成的幻覺。而實際上，雷澤諾夫壹心想要報仇，所以他對梅森洗腦程序動了手腳，在越獄之前把給梅森灌輸的暗殺肯尼迪的指令改成了殺死德拉格維奇、克拉夫錢科和施坦納。在審訊中經常能聽到有人在讀的奇怪數字就是德拉格維奇廣播的數字。但危機已經迫在眉睫，由於斯坦納已死，沒有人知道德拉格維奇廣播站的具體位置。
哈得遜讓梅森聽了最後壹遍數字廣播的錄音，讓梅森在經歷了想象與現實的痛苦抉擇之後想起了他以前在古巴見過的壹條蘇聯船：“水中仙女”號，並確定那就是數字電臺的所在。拂曉時分，壹行人隨大隊乘直升機在古巴附近水域找到了那艘船，並對其發動了攻擊，德拉格維奇布置了重重防禦，但還是被美軍突入。
哈得遜和梅森在突入成功以後，搜查船底時在其下方的水底發現了壹座隱藏著的水下電臺，它其實也是壹座為成功釋放毒氣後入侵美國本土的蘇聯潛艇編隊所設的補給站。在確認“水中仙女”號就是數字電臺後，哈得遜呼叫美國海軍在15分鐘之內對該船實施打擊，但是梅森堅持要繼續搜尋並親手殺死德拉格維奇。隨後二人潛入水中，發現了壹座德拉格維奇修建的水下基地，最後兩人在水下基地的最底層找到並最終殺死了德拉格維奇，然後安全返回海面。
成功遊出水面後，威弗爾宣布了勝利，可梅森還是不敢確定。最後在肯尼迪的影片中居然出現了梅森的身影，其實最詭異的還是溺死德拉格維奇時，梅森質問德拉格維奇在腦中試圖植入指令(洗腦)的事情。梅森指責德拉格維奇“試圖”給他洗腦讓他暗殺自己的總統，最後德拉格維奇死前用反問句非常輕蔑地說“Tried？！”
加上最後壹段過場中的女人仍然在廣播著數字和梅森出現在肯尼迪遇刺的照片裏，事實上肯尼迪遇刺案發生於1963年11月22日星期五下午12:30，正是梅森回到美國本土之後。因為劇情有壹個五年的空缺，五年間發生了什麽沒人知道，由此可知於五年前刺殺肯尼迪的可能正是梅森，而梅森此時大腦相當混亂，可能沒意識到已經殺了肯尼迪，故事結束。
擴展資料：
角色介紹——
1、亞歷克斯·梅森
在阿拉斯加出生長大，由於梅森家鄉阿拉斯加州與蘇聯靠得很近，導致梅森比大多數美國人更早的感受到冷戰的威脅。這是擁有強烈反***理想並最終加入USMC的原因。該候選人年輕時經常與其父親去阿拉斯加荒地上打獵（麋鹿和灰熊）。
所以這名候選人可以在寒冷環境中熟練使用戰鬥技巧而且是壹名優秀的狙擊手。該候選人在25歲時被招募到SAD/SOG，結束了在海軍陸戰隊模範式的服役期。成為機構壹員後梅森立下不少戰功，並與許多機構同事打成壹片，尤其是與Frank Woods。
2、維克多·雷澤諾夫
作為經歷過血淚洗禮的二戰老兵，雷澤諾夫認為能像壹個英雄壹般返回祖國。然而，命運被壹個戰後任務“奧林匹斯行動”永遠地改變了。
老戰友彼得連科在行動中被德拉格維奇用毒氣害死，發誓壹定要殺了德拉格維奇，為老戰友復仇。在發現梅森被洗腦後，趁機在梅森腦中灌輸了“德拉格維奇，科拉夫琴科，斯坦納必須死”的概念，梅森也壹壹做到了。
3、賈森·哈德森
拋開的年齡不說，雷澤諾夫是壹個完成任務的機器，能夠讓阻礙前進的任何事物感受到什麽叫痛苦。間歇性地爆發出強烈暴力傾向很明顯地體現了這壹點。
修有心理學和政治學雙學位的賈森·哈德森從Georgetown大學畢業後，經學業導師和前OSS外勤特工Marshall Bryant的推薦被招入機構。哈德森在執行任務時總能發揮出那天才般的智商，是壹名出色的軍師和任務協調官。因此，也受到CIA的重用。考慮到領導和危機管理能力，哈德森將會持續收到重用。
盡管哈德森的許多任務使其遠離戰場壹線，但Hudson依然是壹名合格的戰士，尤其是執行需要技巧計謀的任務時更能體現這點。