公元66-70年爆發了猶太人反抗羅馬人的起義。起義之初，Menahem Ben Jair率領“狂熱者”奪取了馬薩達。70年，耶路撒冷包括第二聖殿被羅馬人摧毀，Menachem也已在耶路撒冷被殺。他的外甥Eleazar僥幸逃出耶路撒冷，在馬薩達建立了自己的統治。此後，被羅馬追捕的猶太人陸續來到這裏，馬薩達成為起義的最後據點。72年，羅馬總督Flavious Silva率領羅馬第十軍團包圍了馬薩達，並開始在西側修築高臺。在圍困2-3個月後（對於具體圍城時間，有著多種不同的說法），公元73年，羅馬軍隊完成築城，並用攻城槌攻破馬薩達的城墻，但他們看到的僅是約960具屍體、燒毀的建築和保存完好的糧倉。約瑟夫沒有記載羅馬圍城期間，猶太人曾發動過任何進攻，這壹點頗令人費解。在馬薩達即將被攻破之時，Eleazar對全體猶太人發表演講，強調絕不能屈從羅馬人的奴役，而寧可作為自由的人民死去。他最終說服了大家選擇自殺。據約瑟夫說，最後僅有兩個大人和五個小孩躲在壹處蓄水池裏得以幸免，他也因此得知了羅馬破城前發生的故事。現代的考古發現對自殺的故事提出了懷疑，有人認為這是約瑟夫在刻意編造猶太人的英雄事跡。因為雖然他後來投靠羅馬人，但作為曾參加起義的猶太人，他內心深處仍懷有作為猶太人的自豪。