綠藻門 壹般都呈草綠色，有單細胞、群體和多細胞種類，外形呈絲狀、片狀及管狀等，還有多核胞的種類，形成如蕨類植物分枝的藻體。細胞壁主要為纖維素。色素體的形狀、數目視種類而異。所含色素成分與高等植物相同。很多屬、種的色素體上有蛋白核。繁殖方式為細胞分裂和產生各種類型的遊動和不動孢子，有性生殖有同配、異配及卵配生殖等方式。遊動細胞壹般有 2或 4條頂生、等長的鞭毛。綠藻門中單細胞、群體和遊動的種類為常見的浮遊藻。石蒓目、蕨藻目、管枝藻目及粗枝藻目均為大型底棲海藻。
裸藻門 亦稱眼蟲藻門,多為單細胞，無細胞壁,有些種類有壹層具彈性的表質膜，細胞可以伸縮改變形狀，也有的種類有壹個固定形狀的囊殼。所含色素與綠藻門相似，有的種類無色或具紅色素。遊動細胞具1～3條頂生的鞭毛。無性繁殖為縱分裂，有性生殖少見。多數生長於含有機質豐富的小型靜水水體中，尤其是暖季陽光充足時常大量繁生形成膜狀水華，使水呈濃綠、紅或其他顏色。
輪藻門 所含色素和同化產物與綠藻相似。藻體大型、直立,中軸(莖)部分明顯分化為節與節間,每個節上輪生小枝和側枝。細胞單核。有性生殖器官發達，具藏精器和藏卵器，均生於小枝上。地下假根可行營養繁殖。叢生於水底、淡水或半鹹水中，尤以稻田、沼澤、池塘、湖泊中更為常見，喜含鈣質豐富的硬水和透明度較高的水體。
金藻門 多為單細胞或群體，遊動種類多不具細胞壁；有壁的種類主要由果膠質組成，壁上有矽質或鈣質的小片。色素體金褐色,除含葉綠素、胡蘿蔔素外,葉黃素主要為墨角藻黃素，還有矽藻黃素及矽甲黃素等。貯藏物為金藻昆布糖和油。繁殖時借分裂產生遊孢子或內壁孢子；有性生殖主要為同配生殖。
黃藻門 為單細胞、群體、多核管狀體或多細胞的絲狀體。許多種類的營養細胞壁由大小相等或不相等的兩片套合組成。色素體黃綠色，主要成分是葉綠素、胡蘿蔔素和葉黃素。貯藏物為金藻昆布糖和油。營養細胞和生殖細胞具 2條不等長的鞭毛。繁殖時產生遊孢子或不動孢子；少數行有性生殖，常為同配生殖。
矽藻門 壹般為單細胞，細胞壁含果膠質和二氧化矽,矽藻細胞形似小盒,由上殼和下殼兩瓣套合而成，殼面上有花紋，還常有角狀、刺狀或刺毛狀的突出物。色素體除含葉綠素和胡蘿蔔素外，還有矽藻素、墨角藻黃素等，貯藏物主要為油。通常以細胞分裂方法繁殖；有性生殖為不動配子的接合生殖或卵配生殖，合子發育經過復大孢子階段。
甲藻門 多數為具雙鞭毛的單細胞個體，細胞壁含纖維素，常由許多固定數目的小甲板按壹定形式排列組成，也有不具小甲板的。色素體除含葉綠素、胡蘿蔔素外，還含有幾種葉黃素，如矽甲黃素、甲藻黃素及新甲藻黃素等，細胞呈棕黃色，也有粉紅色或藍色的。貯藏物為澱粉和油。腐生或寄生。有些種類細胞內有特殊的甲藻液泡和刺絲胞等構造。繁殖方法為細胞分裂或產生遊孢子；有性生殖為同配或異配，但少見。
藍藻門 舊稱藍綠藻門。無色素體、細胞核等細胞器，與細菌同屬原核生物。藻體為單細胞、絲狀或非絲狀的群體，色素除葉綠素、胡蘿蔔素外還有幾種特殊的葉黃素及大量的藻膽素。貯藏物以藍藻澱粉為主。無色中央區僅含有相當於細胞核的物質，無核膜及核仁，稱為“中央體”。生殖壹般借細胞分裂，有些種類形成孢子。多喜生於含氮量高的堿性水體中，有的種類能在溫度較高的溫泉中生長。
褐藻門 均為多細胞體，有些種類體型很大，構造也較復雜，最簡單的是絲體狀。色素體呈褐色，除含葉綠素及胡蘿蔔素外，還含大量墨角藻黃素。貯藏物為褐藻澱粉及甘露醇。以產生遊孢子或不動孢子繁殖，有性生殖為同配、異配或卵配。遊動細胞梨形，側生兩根不等長的鞭毛，多數種類有世代交替。許多大型褐藻為冷水性海藻，資源頗豐富。海帶在中國北部及東南沿海已大量人工養殖。
紅藻門 絕大多數為多細胞體，體長從幾厘米到數十厘米。壹般為紫紅色，也有褐色或綠色的。除含葉綠素和胡蘿蔔素外，還含有藻膽素(藻紅素及藻藍素)。貯藏物為紅藻澱粉。繁殖方法為產生孢子和卵配生殖，都不具鞭毛。有性生殖過程復雜,雌性生殖器稱為果胞,其前端有壹延長部分稱為受精絲，精子附著受精絲上受精。大多數紅藻都有世代交替。