生物學上，通常是把生物體後天產生的孔稱為穿孔。除了由正常的組織分化而產生的孔外，還有由於畸形、損傷、手術等多種原因所形成的孔。穿孔大多會形成炎癥、畸形、竇道、瘺管等病理改變。而內臟穿孔(胃穿孔、腸穿孔等)有時候會危及生命。在植物學上，可以看到隨著導管細胞的成熟，上下壁隔消失而形成的孔。最普通的是，壹個大型的圓形孔或橢圓形孔，僅僅在邊緣留下壹些原來壁的痕跡，這種孔稱為單穿孔。幾個乎行的以薄壁隔開的細長孔稱為梯紋穿孔。
多數圓形孔是以不規則的形式存在，而各個孔本來由具緣紋孔相貫通的稱為孔紋穿孔(麻黃屬)。此外，還有不規則的穿孔以及梯紋和孔紋穿孔並存的情況。