其壹，馬克思主義哲學史方面。黃楠森為建立馬克思主義哲學史這門學科進行了大量開拓性工作，先後主編了《馬克思主義哲學史》三卷本、八卷本，並承擔了《中國大百科全書》哲學卷馬克思主義哲學史學科的主編工作。其中，《馬克思主義哲學史》三卷本獲壹九九壹年國家優秀教材獎，北大優秀成果壹等獎；八卷本填補了我國在馬克思主義哲學史研究方面的許多空白。
其二，馬克思主義哲學原理方面。對於建構馬克思主義哲學新體系、新形態，黃楠森以自己深厚的哲學功底，在多年潛心研究的基礎上，提出了科學系統的哲學觀，提出了有說服力的見解。澄清了人們對壹些哲學基本原理的模糊認識，堅持了馬克思主義的真理，對建構馬克思主義哲學新體系、新形態作出了有益探索。
其三，人學方面。黃楠森對中國馬克思主義人學的建構進行了長期的探索。早在二十世紀八十年代初，他就開始了這方面的研究，組織發起了全國性的“馬克思與人”學術研討會，組織編寫了《人學詞典》。壹九九壹年組建了北京大學人學研究中心。此後又成立了“中國人學研究會”。他還配合國際政治鬥爭的需要，積極從事人權問題的研究，主編了《西方人權學說》。
其四，文化方面。隨著中國改革開放的深入和經濟全球化的發展，文化問題的重要性日益突出，如何認識文化的本質，如何總結我們在文化建設上的得失，如何建設有中國特色社會主義文化，如何應對國際競爭中文化方面的挑戰，黃楠森教授對這些問題都有諸多深刻獨到的見解，他主編的《有中國特色社會主義文化建設研究》壹書獲二○○○年北京市優秀成果壹等獎。
其五，鄧小平理論來源和哲學基礎。從壹九八三年開始，黃楠森教授就積極倡導開展這方面的研究，壹九九二年後又專門探討社會主義市場經濟的哲學基礎、鄧小平理論的哲學基礎。