1、凈化水質：芽孢桿菌含有豐富的酶，可分解氮系以及硫系汙染物，以及水體中的殘餌、糞便、有機物等物質，從而達到凈化水體的目的。2、抑制有害藻類：枯草芽孢桿菌能抑制水體中的有害藻類，比如藍藻。3、殺滅有害菌：枯草芽孢桿菌所產生的高效抑菌物質能殺滅或抑制蝦水體中的有害菌，比如弧菌。
壹、水產養殖芽孢桿菌的作用與功效
1、凈化水質
當過量的氮、磷元素排入水體後，易引起池塘富營養化，在池塘中形成對水產動物有毒的氨氮、亞硝酸鹽，影響水產動物的生長，而芽孢桿菌可利用自身的酶，強烈分解氮系、硫系汙染物，還能分解水體中的殘餌、糞便、有機物等物質，從而達到凈化水體的作用。
2、抑制有害藻類
枯草芽孢桿菌能抑制水體中的藍藻等有害藻類，避免底部缺氧，導致蝦爬邊。
3、殺滅有害菌
枯草芽孢桿菌能產生多粘菌素、伊枯草素、幾丁質酶等高效的抑菌物質，這些抗菌物質易溶於水，不易產生抗藥性，能夠有效的殺滅或抑制蝦水體中的弧菌等有害菌，預防蝦類疾病。
4、修復受損的組織上皮
當蝦感染上細菌性疾病後，病菌會使腸道粘膜受損，引發腸道炎癥、萎縮等病癥，使蝦食欲下降或者停止進食，生長速度變慢，而枯草芽孢桿菌能促進對腸道的修復，減輕腸道炎癥，促使蝦進行攝食。
二、水產養殖芽孢桿菌正確的使用方法
1、使用方法
（1）在使用枯草芽孢桿菌前，可先用40-50倍的水（溫度在20-30℃）進行稀釋活化，壹般需要2-4個小時，然後全池潑灑。
（2）首次的使用量壹般為200-300g/畝，水質差時壹般可使用400g/畝。
2、使用註意事項
（1）使用前需將增氧機打開至30分鐘以上，建議在晴天下午時使用。
（2）如果沒有增氧設備，需要嚴格控制使用量，不能多用。
（3）枯草芽孢桿菌不能和抗生素、殺蟲劑、化學藥品同時使用，最好間隔3天後再用。