良好的業務流程設計是保證企業靈活運行的關鍵。清晰的定義業務流程之間的接口，可以降低業務之間的耦合度，使得對局部業務流程的改變不會對全局的流程產生災難性的後果。
對整個企業的業務流程進行建模是壹個相當復雜而有挑戰性的工作，但是並不代表沒有方法可循。壹般來說，建模需要處理好以下幾個方面： 業務流程之間的層次關系反應業務建模由總體到部分、由宏觀到微觀的邏輯關系。這樣壹個層次關系也符合人類的思維習慣，有利於企業業務模型的建立。壹般來說，我們可以先建立主要業務流程的總體運行過程，然後對其中的每項活動進行細化，建立相對獨立的子業務流程以及為其服務的輔助業務流程。
業務流程之間的層次關系壹定程度上也反映了企業部門之間的層次關系。為使得所建立的業務流程能夠更順暢的運行，業務流程的改進與企業組織結構的優化是壹個相互制約、相互促進的過程。 企業不同的業務流程之間以及構成總體的業務流程的各個子流程之間往往存在著形式多樣的合作關系。壹個業務流程可以為其它的壹個或多個並行的業務流程服務，也可能以其它的業務流程的執行為前提。可能某個業務流程是必須經過的，也可能在特定條件下是不必經過的。在組織結構上，同級的多個部門往往會構成業務流程上的合作關系。