成功解決案件後，新壹跟蹤兩個神秘的黑衣男子，並目擊了壹名黑衣男子進行現金交易的現場，正當他全神貫註的時候，不料另壹名黑衣男子突然從背後出現，將新壹擊倒，並灌下了組織新開發的毒藥，新壹感覺自己的骨頭都要裂開了……
002董事長千金綁架事件，在被警丅察救醒後，新壹發現自己的身體竟然退化到了幼年時期。
新壹在家門口遇到了阿笠博士，並使他相信自己就是變小了的新壹。
為了隱瞞新壹還活著的事實和不連累身邊的人，新壹聽從了博士的忠告，決定隱姓埋名。
正巧這時小蘭來訪，在被問及名字時新壹靈機壹動，自己取名為江戶川柯南蒙混了過去。為了獲得黑衣組織的情報，柯南借著小蘭父親是偵探之便，以寄養的身份住進了小蘭的家裏。
誰知道毛利小五郎是個糊塗偵探，已經好久沒有生意上門了，還埋怨新壹搶了他的風頭。
正巧這時有人來報案說董事長的女兒被黑衣男子綁架，柯南立刻跟了過去，並暗中幫助小五郎解決了這件案子，卻發現和黑衣組織沒有什麽關系。
005新幹線大爆破事件，柯南在火車上遇到了前次的兩名黑衣男子，阻止了兩人引爆新幹線列車殺人滅口的計劃，並成功得知了兩人的代號――GIN和VODKA。
013奇怪的尋親殺人事件，組織成員宮野明美（化名廣田雅美）為了助妹妹宮野誌保脫離組織，策劃了十億元搶劫事件，得手後卻不幸被GIN槍殺，臨終前她向柯南透露這是壹個籠罩著重重迷霧的龐大組織，組織的顏色是黑色。
043江戶川柯南誘拐事件，新壹的父母從博士處得知其變小，母親化裝成江戶川文代，父親化裝成暗夜公爵，偽裝成黑暗組織成員與柯南開玩笑。
054電玩公司殺人事件，在參加滿天堂遊戲公司的新作發布會時，柯南意外聽見黑衣組織成員之壹的Tequila給VODKA打電話。不過Tequila旋即被誤炸身亡。
118浪花連續殺人事件，連續殺人犯沼淵已壹郎登場，後來得知他只是組織裏的小角色，是組織培養殺手的失敗作品。
128 黑暗組織10億元搶劫事件，因為之前與漫畫對應的“013奇怪的尋親殺人事件”被改編，因此動畫在這裏添了壹集，重新講述了灰原的姐姐宮野明美被琴酒所殺的情節，為之後灰原出現作鋪墊。通過GIN與宮野明美的對話我們得知，與僅僅是組織小卒的姐姐不同，宮野誌保是組織裏少數有頭腦的人之壹。
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件，組織代號SHERRY的宮野誌保因姐姐被殺以停止APTX4869研究的方式表示抗丅議，結果被組織囚禁在瓦斯室。絕望的她服下了藏著的APTX4869想要自殺，沒想到與新壹壹樣沒被毒死而身體縮小成兒童時期模樣，得以掙脫了手銬從垃圾信道逃了出來。
170-171黑暗中的死角，新出智明的父親被其繼母殺害，小五郎在柯南的協助下破案，乍看與主線毫無關系，之後的劇情卻表明這裏是青山歷時兩年的壹個大伏筆，也是真正的新出智明在三方對決前唯壹的壹次出場。
為保護無辜的女傭，警方修改的了案件的紀錄，隱瞞了真實的作案手法，這壹點只有真正的新出知道，日後也被朱蒂用來指證貝爾摩得假扮的新出智明。
這時候新出只是帝丹高中籃球隊的臨時教練而不是校醫，真新出本來是要去青森的醫院工作而不是當校醫，校醫應該是VERMOUTH假扮成新出後為了調查當上的，從《361帝丹高中的學校怪談（前篇）》中的柯南的話可以得到佐證。
176-178 與黑暗組織的再會，柯南和灰原意外發現了GIN停在路邊的車子，於是柯南在車上裝上了發信器與竊聽器想獲得組織的情報，雖然得知了黑衣組織成員之壹PISCO將在杯戶飯店暗殺吞口議員的計劃，但是竊聽器被GIN發現並毀掉，而且他也通過遺留在車裏的茶色頭發聯想到了SHERRY，並肯定她會在酒店現場出現。這壹集我們的得到了很多信息，通過PISCO的話，我們的得知灰原研究的藥不是單純的毒藥（“進展到了這個階段”），而且她是繼承了父母的研究。
從後來GIN與VERMOUTH的對話中，我們比柯南更早得知了VERMOUTH就是當時的在場的美國超人氣女星克裏斯賓雅德，是她將紫色手帕分給PISCO想替他掩蓋罪行。後來柯南懷疑當時PISCO有同夥也是基於此。VERMOUTH在事件後熄影並在日本隱居下來，不過從她的話中卻看不出是接受了組織尋找灰原的任務，而是要“弄清楚壹直擔心的事”。。。。。
VERMOUTH在組織中雖然很受BOSS寵愛，但是長期混跡於冰冷的黑色中的生活厭倦，她的內心深處其實壹直期待有美好的事物出現，有壹顆劃破黑暗的銀色子丅彈解脫這陰暗的生活。
在NY事件中VERMOUTH認識了的聰明勇敢的新壹和陽光善良的蘭，兩人都給她留下了深刻印象。純潔善良的蘭使她重新燃起了希望，相信世間有真善美的存在，她也從此稱蘭為ANGLE。
新壹那相信壹切都可以做到的自信眼神和聰慧練達的洞察力，更使她認定新壹就是那個能終結黑暗組織的銀色子丅彈。VERMOUTH十分珍視兩人這份純真的感覺，因此後來也壹直不願傷害兩人，還多次設法保護，甚至柯南不離開就不對灰原下手。
188-193危命的復活，在這壹系列中，VERMOUTH假扮的新出已經當上了帝丹高中和帝丹小學的校醫。
吃了灰原研制的解藥後柯南短暫的變回了新壹，並化妝成黑衣騎士與蘭見面，卻被化身為新出的VERMOUTH發現，而且被VERMOUTH偷偷拍下了照片，這壹點可以從後來在朱蒂老師復制的照片那裏得到佐證。
VERMOUTH這時確認了新壹沒有死，但是由於當時灰原假扮的柯南也在場，因此還沒猜到柯南=新壹。
222-224人魚失蹤記，劇情本身與主線無關，但是在這個宣傳長生不老的人魚小島上，簽名冊裏竟然有宮野誌保的名字，暗示著APTX4869並不是簡單的毒藥，它的研究無疑與長生有著千絲萬縷的聯系。
226-227格鬥遊戲的陷阱，朱蒂與柯南相識，並註意到他借助園子破案，因此她發現了柯南不簡單，在臨走時COPY了VERMOUTH在照片上對柯南的稱呼――COOL GUY。
230-231迷壹樣的乘客，剛開始時VERMOUTH與GIN的壹段戲就表明了本集和主線有關，我們不但得到了VERMOUTH精於易容的信息，而且知道了她的目的是在日本尋找什麽人，她的口頭禪是A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。
233 無法消失的證據，柯南和灰原回憶當天公車的事件，灰原很擔心，但柯南肯定的說她的身份沒有暴露，因為像灰原能感覺到組織成員壹樣，偵探也具有感覺到殺氣的本領。
253-254 本廳刑事戀愛物語Ⅳ，佐藤警官去和白鳥相親，柯南讓新出假扮成高木成功阻止，發現其演技高超，有可能開始對其產生了懷疑。
秀壹監視VERMOUTH，被小蘭看見，覺得似曾相識。
258-259來自芝加哥的男人，FBI頭頭登場。柯南等人認識了來自芝加哥的老男人“詹姆斯·布萊克”，後來他被誤認為是某名人而遭綁架，其實是將計就計，試試柯南的本事。柯南破解出熊貓車的暗號，救出了布萊克。
269-270犯罪的紀念品，破獲錄像帶殺人事件的時候，從高木那裏得知公車劫持案那天，毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。
（後來據VERMOUTH說，偷竊毛利小五郎相關的所有案卷是讓人不知道她其實是在找新出壹個案子的記錄，她找新出案件的資料是為了瞞柯南等人，雖然FBI已經知曉她的真實身份，但為了不在與小蘭，柯南等歷經了案件的人的接觸中露出馬腳，她還是要掌握案件的資料，但沒想到是被改過的。再送回來是誤導FBI讓他們以為她留在日本的目的是與毛利偵探有關，從而讓FBI監視毛利事務所來暴露身份。）
271-272急忙掩飾的忽略，柯南又壹次在朱蒂面前破案。從朱蒂提醒蘭有無人跟蹤看，案卷被竊引起了FBI的警覺，朱蒂懷疑黑衣組織將對毛利不利。
274-275幽靈屋的真相，VERMOUTH假扮的新出在本集開頭出場，劇情提示他的傭人親人都不見了，他說是去了青森，還有回顧了真新出是知道觸電案件實情的，留下來是為了出庭作證。
277-278英語教師VS西部名偵探，博士得知毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，於是請來平次幫助柯南。
兩人分析偷盜案卷的人是想把某個人引出來的圈套，然後柯南又回顧了PISCO案件，懷疑克裏斯是他的同夥，並進壹步懷疑朱蒂=克裏絲。雖然兩人長相完全不同，但柯南知道克裏斯精於化裝。
279-280迷宮的陰暗，博士應柯南的要求去克裏斯的網站上查過信息，發現她就是美國已故大明星莎隆賓亞德的女兒。
在母親的葬禮上，她才第壹次面對媒體。面對記者的追問，克裏斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。
另外，日本的前超人氣女明星也出現在了莎隆的葬禮中，從畫面看正是有希子。
284-285中華街、雨中的似曾相識，286-288工藤新壹NY事件，承接前面蘭回憶起的“帶黑色針織帽的男子”，通過蘭在發燒病倒時的回憶倒述了去紐約經歷的金蘋果事件。
還交代了新壹和蘭和莎龍的初次見面，以及他們對銀發殺人魔的救命之恩。
307-308沒有留下聲音的證據，小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員tequila接觸的對象，最後通過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記。
309-311與黑暗組織接觸，案子的開頭柯南和蘭遇到了赤井秀壹，在談話中赤井提到了壹個表面堅強、暗地流淚的女孩。（估計應該是指宮野明美，他的女朋友。）
312染上夕陽的布偶，哀第壹次提及自己的身世。她提到自己的父親叫做宮野厚司，原來是化學領域非常有名的科學家，但被稱為“被科學界放逐的瘋狂科學家”，母親是個很神秘的女人。
335-336東都顯影所的秘密，有希子回到日本，接偵探團去東都顯影所看電影。在路上有希子和柯南發現他們正在被人跟蹤，柯南認為跟蹤者不是沖著他就是沖著灰原來的，並且很有可能就是黑衣組織的人。
340-341廁所隱藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父親宮野博士生前工作過的事物所，想從那裏得到壹些黑衣組織的資料以及灰原父母的行蹤。結果他們在廁所中找到了宮野明美放在那裏的灰原媽媽留給灰原的磁帶。
343-344便利店的陰謀，柯南發現工藤宅子有人來過的痕跡，而且不是小蘭。
345與黑衣組織直面對決滿月之夜的二元推理
柯南收到了VERMOUTH寄來的邀請新壹去參加化妝舞會的信件，稱呼竟然是江戶川柯南！柯南知道自己的身份已經暴露並且決定開始行動，他壹方面邀請服部假扮新壹去參加化妝舞會，另壹方面用麻醉針麻醉灰原後假扮成她的樣子準備獨闖組織。來接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原來FBI也有自己的計劃，他們準備先VERMOUTH壹步接走灰原，引誘VERMOUTH跟蹤至碼頭，然後實施抓捕。（柯南這時應該不確定朱蒂和新出誰是VERMOUTH，而且他倆還有可能是壹夥的，所以他帶上了竊聽器）朱蒂在車上表明了FBI的身份後，柯南告訴了她新出壹案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此來揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。朱蒂揭穿了VERMOUTH同時是克裏斯賓雅德和莎龍賓雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH時，不料卻被埋伏的Calvados擊傷。
正當朱蒂形勢危及時，另壹邊化妝的服部解決了舞會上的案子扯下了偽裝，柯南也撕下面具用麻醉針控制住了VERMOUTH，柯南的籌劃終於笑到了最後。。。
346-347尋找屁股上的印記，上集案件的掃尾，朱蒂用救援被綁架的柯南和小哀將這次驚險的對決瞞了過去，哀經過步美等人的間接鼓勵，終於鼓起勇氣面對自己的命運，決定與黑暗組織抗爭，而且拒絕了FBI的證人保護計劃。
361帝丹高中的學校怪談，貝爾摩的身份暴露後，為了不引起大家的註意，真正的新出老師回到學校重新工作。柯南回憶VERMOUTH什麽時候潛入學校的，疑惑她為什麽在小學沒有早發現灰原的身份。
385-387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音，通過對前兩次熟悉的手機按鍵音的分析，柯南確認了組織頭目的郵件地址中前四位與鳥取縣的區號相同，是0858，在詢問了擁有絕對樂感的羽賀響輔後，柯南得知了有這個曲調的歌曲正是《七個孩子》！
394奇異屋宇的大冒險，開始階段柯南分析黑衣組織是通過兒歌記憶BOSS的郵件地址的，這樣就可以避免儲存在手機裏了，並且推測出了被灰原成為潘多拉的魔盒的黑衣組織BOSS的真實郵件地址，卻因無法深入被灰原哀勸止。
425 Black impact！被組織的魔掌觸碰的瞬間，通過忘記取回的竊聽器，柯南卻發現了驚天的大秘密！原來電視臺主持人水無憐奈也是黑衣組織的成員，柯南竊聽到了她和GIN等人的暗殺計劃，並成功阻止。
429-430無法回到從前的兩個人，小蘭的倒黴同學本堂英佑出場，眼睛長的和水無很像，好像註意到了柯南通過毛利破案，這讓柯南感覺很不安，對本堂的身份產生了懷疑。
464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬，本堂瑛佑故意引誘毛利註意到壹個小孩家發生的奇怪事丅件，這個小孩正是目擊水無憐奈受傷的小孩，他說他的母親生前曾經和奇怪的外國女人對話，打聽水無憐奈的去向。
465 黑衣組織的影子 珍珠流星，在那個小孩就要說出摔下摩托車的就是主持人水無憐奈時，柯南及時用假面超人將話題岔了開去。柯南通過外國女人對孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推測出這個女人就是VERMOUTH。
466分不開的雪人，開頭處柯南推測到組織已經知道水無受傷住院的事實了，並分析黑暗組織不會對孩子進行報復，而且對本堂的真實身份很疑惑。
479 與服部平次***度的3天，柯南推測水無可能是殺了本堂瑛佑的親疏然後整容成她的模樣的，因此讓服部調查水無年輕時在大阪的事情。
484-485黑色照片的去向，服部調查水無未果，但意外發現本堂及其父親在大阪生活的情況，因為瑛佑小時候曾經和父親壹起去大阪的燒烤屋吃燒烤，其父和店長很談得來。然而店長已經去世，所以柯南、阿笠博士和灰原決定造訪住在東京的店長的孫子家，想從他那裏得到些本堂及其父親的情報。不料在這個模型愛好者西郡家裏遭遇了盜竊案件，成功解決後柯南他們終於看到了瑛佑無意間照的照片，照片上看到了瑛佑的父親，並了解到瑛佑的父親常和黑西裝的外國人打交道，並在Company（=CIA）工作，曾打入過黑衣組織。
491-494紅與黑的碰撞 開端 血緣 絕叫 冥土，蘭和園子去醫院看望初中同學，遇到了正在醫院拿著水無照片打聽的本堂瑛佑，他辯解說他是在尋找自己長的和水無十分相似的姐姐。
為了弄清本堂的姐姐到底是不是水無，蘭找到了水無的超級Fans，看了水無早期的錄像，得知水無的血型是AB型，可是瑛佑用姐姐曾給自己輸血的例子說明自己和姐姐的血型都是O型，這讓柯南了解到，水無和瑛佑的姐姐不是壹個人。
瑛佑為了證明自己的血型，和毛利等人壹起來到了其母親曾經服務過的宅子。看到了母子健康手冊的柯南等人確定，瑛佑的血型確實是O型，那麽這個水無為什麽和瑛佑的姐姐長的這麽像呢？
495紅與黑的碰撞 昏睡，蘭說瑛佑突然失蹤了，並且失蹤之前曾說過他在醫院打聽姐姐消息的時候，碰到了疑似父親同事的人，辨別方式是通過和他父親發郵件時相似的手機按鍵音。
柯南經過推理認定不是CIA的人而是組織的人已經潛入了水無所在的醫院，於是前往醫院與FBI商量對策。通過詢問醫生，柯南確認了黑衣組織的人還沒有在醫院發現水無的蹤跡，並鎖定了三個嫌疑人。
496紅與黑的碰撞 侵入，通過柯南的試探，FBI找出了黑衣組織派來的成員楠田陸道，還意外得知了本堂瑛佑曾經做過白血病手術。
498 紅與黑的碰撞 攪亂，為了救出水無，GIN策劃了醫院附近相繼發生的集體食物中毒，奇怪氣味引發的人員騷動，火災等3大事件，壹時間大量患者湧向杯戶中央醫院。
與此同時，在醫院的問訊處忽然接到了給James的署名楠田的包裹，這朵名叫樓鬥草的花，花語竟然是“旗開得勝”！可是驚詫不止這個開戰宣言而已，赤井還發現了花盆中被放置了炸彈！
499 紅與黑的碰撞 偽裝，FBI的搜查官們在收繳炸彈的時候發現電視上居然出現了穿著住院服的水無憐奈！搜查官們急忙奔向憐奈的病房，卻看到的是安靜的躺在床上的憐奈。
原來電視上的影像是利用以前的資料進行剪輯處理合成的，而且組織根據炸彈的中放入的發信器，已經鎖定了憐奈的病房。
500 紅與黑的碰撞 遺言，面對GIN和眾手下的迫近，卡邁爾打算憑借車技甩掉跟蹤，卻突然遭到裝炸彈的盒子的襲擊，3號車也隨之撞上護欄停了下來，原來裝睡的水無在關鍵時刻出了手。
正當CHIANTI打算解決掉昏暈的卡邁爾的時候，3號車突然發生了爆炸。
水無和GIN等人順利的回到了組織，FBI與柯南精心策劃的計劃難道就此滿盤皆輸？
原來柯南和赤井早已發現水無已醒，並知道了水無的確是瑛佑的姐姐——CIA本堂瑛海的事實，瑛佑因為患過白血病，用過姐姐的造血幹細胞和經過骨髓移植的手術，使他的血型改變，而自己不知。
柯南和赤井利用瑛佑的出現迫使水無醒來與FBI對話，當年兩人的父親伊森本堂慘死的故事也再次被提起。赤井，柯南與水無定下約定，水無以Kir的身份重回組織，成為鋼楔。
504紅與黑的碰撞 殉職，赤井和水無在來葉山路碰面了，水無先用手槍射穿了赤井的肺部。
通過攝像機查看情況的GIN，向水無下達了用手槍直接爆頭的命令。
於是水無笑著說“沒想到進展的如此順利”，並用手槍向赤井的額頭開了壹槍。
這時，由於警車的突然出現，水無將赤井的遺體橫放在了車上，並用定時炸彈引爆了汽車。
508 卡拉OK廳的死角（後篇），第三階段的大幕即將落下，本堂瑛佑也決定告別帝丹高中的短暫生活，到美國留學，他的夢想是像父親和姐姐壹樣成為CIA，戰勝黑暗組織。
509 紅白黃色與偵探團，新的危機！波本，沖矢昴和黑白君，FBI的朱蒂搜查官給柯南打來電話，告訴他水無憐奈的最新情報—組織新的厲害成員代號BOURBON正式登場，而且恐怕目標就是灰原，叫柯南小心提防。
510-511 推理對決！新壹VS沖矢昴，小蘭和園子去新壹家進行壹月壹次的打掃，卻不知道沖矢已經住進了新壹的家，他不幸被兩人誤認作小偷，挨了小蘭的壹腳空手道，不過他似乎身手也不錯，其實並沒有被踢中。
564-565 偵探團VS強盜團，為了慶祝卡邁爾的生日，FBI三人組——詹姆斯，茱蒂，卡邁爾去酒店遴選好酒。
期間大家又說起了之前的案件，提到GIN發現水無憐奈鞋底的竊聽器（見425集）和之前在保時捷車上發現SHERRY裝設的竊聽器（見176-178集）是同壹種。
579 黑色13的暗示
伏特加告訴琴酒，他在關於銀行搶劫事件的新聞裏看見壹個和赤井很像的人，琴酒壹聲不吭，伏特加說那個人應該不是赤井吧，畢竟他們是親眼見到赤井被暴頭了的。
琴酒突然冷冷的說要伏特加叫基爾（水無）過來，然後分析最近發生的幾次事件，雪莉出現、赤井阻擊、基爾被藏身、貌似赤井的人出現，這幾個事件都發生在米花町附件，這是偶然嗎？！
580 逼近黑色時刻
面對琴酒的槍口，水無很是冷靜，語氣也鎮定不已，似乎根本就不擔心赤井會沒死，琴酒反駁她，他並沒有親眼見到，而是通過監視器，水無仍冷靜的反駁，於是GIN也不得將信將疑，繼續在百貨店前觀望。這時負責在門口監視的科恩發現很多警丅察進了大樓，便把這壹情況向琴酒報告了，從琴酒迷惑的眼神裏可以猜到炸彈的事和組織無關。大叔和柯南仍在推理，朱蒂從旁邊正和被困的人打可視電話的人的手機裏，見到了那個壹直想見的身影，出去找線索的柯南又轉了回來，他旁邊不遠處站著的正是“赤井” ，可惜壹心想著案子的他根本沒有註意到。混在人群裏的沖矢也很快解開了案子，他拿起手機搗鼓了幾下，卻突然停住了，原來是註意到了不遠處的“赤井”， “赤井”似乎也感覺到有人在註意他，便也轉頭看了過去，只是那邊早沒了沖矢的人影，“赤井”四處搜尋也沒找到可疑的人，而躲在暗處看著這壹切的沖矢卻得意的冷笑了壹聲。
581 紅色飄搖的目標
看著窗外的黑色保時捷，沖矢神情淡定，壹擡頭發現對面竟然還有個阻擊手，這讓他有些小小吃驚，但隨之而來的卻是壹聲冷笑。
累死了。。。就這點了，求加分、