001過山車殺人案(第壹集沒看後面就說不出來了，新的變小了)
005新幹線爆炸事件(漫畫裏有，動畫裏沒有)
013離奇謀殺親人(漫畫裏有，動畫裏沒有)
054電子遊戲公司謀殺案(黑色組織)
128涉黑組織搶劫10億元(宮野明美被杜松子酒殺死)。
129來自黑暗組織的女子大學教授謀殺案(不用多說也知道，很抱歉出現)
130競技場無差別強制事件(上)
131競技場無差別脅迫事件(下)(只提壹句)
170黑暗中的死角(上)
171黑暗中的死角(下)(劇情中有重要人物和新老師)
176告別黑暗組織(灰色原創)
177告別黑暗組織(柯南)
178告別黑暗組織(解)(這三集，喪出現後第壹次接觸組織)
188垂死復活洞中的偵探組
189致命復活壹名受傷的偵探
190第三個選項是臨界生命復活。
191死亡威脅復活黑騎士
192復活回來了。
193暴復活的約定地點(不看會很麻煩)
222美人魚失蹤(事件)
223美人魚失蹤(推理)
224美人魚失蹤記錄(解)(因為簽名簿裏石寶旁邊有“玉祖三郎”這個名字，可能和劇情有關。人魚島的簽名簿有宮野誌保的名字)
226格鬥遊戲的陷阱(上)
227格鬥遊戲的陷阱(下)(朱迪出道)
230同程的粉絲(第壹部)
231粉絲般的乘客(第二部)(經典壹集，赤井秀壹出場)
242元簡直是災難(只提琴酒是左撇子)
253本廳罪犯愛情故事4(第壹部分)
254這個大廳裏的犯罪愛情故事4(下)(只有壹個重要的人出現)
258個來自芝加哥的男人(第壹部)
259來自芝加哥的男人(第二部)(美國聯邦調查局的老板朱迪·詹姆士現身)
266情人節的真相(事件)
267情人節的真相(推論)
情人節的真相(解)(只出現了壹個重要的人)
269犯罪紀念品(第壹部分)
270犯罪的紀念品(第二部分)(其中提到了警方關於毛利人檔案的失竊)
271匆忙掩蓋的疏忽(第壹部分)
272匆忙掩蓋疏忽(後)
277英語老師vs西方著名偵探(上)
278英語老師vs西方著名偵探(下)
279迷蒙的迷宮(第壹部分)
280迷宮的黑暗(第二部分)(提到了壹些重要的事情)
284中華街雨中似曾相識(第壹部)
285似曾相識的雨中中華街(下)
286工藤新壹事件(事件)
287工藤新壹紐約事件(推理)
288紐約工藤新壹事件(解決方案)
289失落的森林廣彥(第壹部)
290失落的森林的弘彥(下)(提到Ai對組織的氣味不再敏感。而沼倉壹郎是該組織的成員)
307沒有聲音的證詞(第壹部)
308無聲的見證(第二部)(組織關聯，下集介紹)
309與黑暗組織的聯系(談判)
310接觸黑暗組織(追擊)
311接觸黑暗組織(致命章節)
335杜東發展學院的秘密(上)
336杜東開發院的秘密(下篇)(神秘人出現，貌似是赤井秀壹，那集很多人找到艾和柯南睡覺，說XE)。
338 4保時捷(第壹部分)
339 4保時捷(第二部)(朱迪和貝爾摩假裝是新發現)
340廁所隱藏的秘密(上)
341廁所隱藏的秘密(第二部分)(關於哀悼父母的更多信息，請查找明美的隱藏磁帶)
343便利店的陷阱(第壹部分)
便利店344的陷阱(第二部)(最後壹段是小蘭發現朱蒂藏起來的照片，懷疑朱蒂，下集介紹)
345與黑組織對抗月圓之夜的雙重神秘。
346尋找屁股上的印記(第壹部分)
347尋找屁股上的印記(第二部)(案件最後壹集，關於證人保護計劃的拒絕)
361迪丹高中鬧鬼學校(第壹部)
362狄丹高中鬧鬼學校(下)
374顆星星和香煙的代碼(上)
375顆星星和香煙的代碼(下)
385斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧(前奏曲)
386斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧(間奏)
斯特拉迪瓦裏小提琴的不協和音(完)
394奇遇之怪屋(封印)
425黑撞擊！黑組織魔爪伸出的那壹刻(水無憐奈出現，小五郎被懷疑，如果不是秀吉，他早就死了)
427超級神秘的上學之路(上)
428超級神秘的上學之路(下)
429回不去的兩個人(第壹部)
430回不去的兩個人(第二部)
435以偵探集團為焦點的訪談(第壹部分)
446密封西窗(上)
447密封的西窗(下)
黑暗集團的陰影，年輕的證人
黑暗組織的陰影，奇妙的照明
464黑暗組織神秘陰影重賞。
黑暗組織的陰影，珍珠的流星
472.工藤新壹少年時代的冒險(第壹部分)
473.工藤新壹少年時期的冒險經歷(第二部分)
484黑人照片的下落(第壹部分)
485黑人照片的下落(第二部分)
491紅黑的碰撞開始了。
492紅色和黑色的碰撞
493紅黑碰撞吶喊
494紅與黑撞鬼土
495紅色和黑色之間的碰撞昏睡
496紅黑碰撞入侵
497紅與黑的碰撞覺醒
498紅色和黑色的碰撞令人不安。
499紅黑碰撞迷彩
500紅與黑碰撞的遺言
501紅黑之間疑似碰撞
502紅色和黑色的碰撞是白色。
503紅色和黑色的沖突
504紅黑碰撞死亡。
電影5天堂倒計時
現場版2工藤新壹復活！與黑暗集團的對抗
也有壹些案子本身沒什麽，期間壹兩句和組織有關系，或者隱藏了心酸的話。
130，131競技場內的無差別脅迫事件
222，223，224導致死亡的人魚傳說(人魚島的花名冊上有宮野誌保的名字)。
242元簡直是災難(好像杜松子酒是左撇子)。
神秘在246，247網(艾和蘭握手)
279，280迷宮的幽暗(這壹集話很多)
312，313木偶戲感染夕陽(哀悼夕陽)
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