數字證書分為“移動數字證書”和“文件數字證書”。“移動數字證書”是壹個外形類似U盤的東西，安全性高，便於攜帶，但需要支付大概100元的費用。“文件數字證書”就是IE瀏覽器證書，成本低，只需要支付壹次性手續費或不多的年費，大約10元左右，但客戶只能在安裝此證書的電腦上使用，因而適合有固定電腦的用戶。
目前網上銀行大多分為大眾版和專業版。專業版必須由用戶本人到銀行網點申請辦理數字證書，而大眾版允許客戶憑身份證、賬號和密碼在網上自助開通。大眾版與專業版的區別，也就是有無申請數字證書的區別，主要表現在：
大眾版只具備查詢、小額支付等基本功能，受單筆支付金額和單日支付總額的限制。而擁有數字證書的專業版用戶則可享受無限額轉賬支付等服務。
另外，使用了數字證書，即使卡號和密碼被盜用，沒有數字證書也無法進行網銀操作，從而能保護網上交易的安全。並且使用中國金融認證中心頒發的數字證書進行網上交易時，如果發生賬戶被盜造成損失，個人用戶最高可以獲賠2萬元。
在目前所有的網銀中，只有工行提供“移動數字證書”，而招行、浦發、建行、農行提供“文件數字證書”，興業、民生、中信、深發展、上海銀行提供的都是由中國金融認證中心頒發的數字證書。光大、中行、廣發、交行、華夏均不提供數字證書。
密碼驗證
“用戶名+密碼”是網上銀行最基本的保障方式，在網上銀行的使用過程中，會涉及到登陸密碼和支付密碼。
登陸密碼是登陸網銀時使用的密碼。在涉及轉賬付款時，系統會要求輸入支付密碼，支付密碼能夠保證賬戶資金的安全，銀行建議登陸密碼與支付密碼最好不要相同。
為了防止通過猜測密碼而登陸他人網上銀行的行為，銀行提供了保護措施。
工行：當登陸密碼、支付密碼當天連續3次未通過，銀行將臨時凍結當日網銀的交易資格，次日自動解除凍結；累計連續10次未通過，銀行將凍結網上交易資格，用戶需到櫃臺辦理密碼重置手續。
興業：累計輸錯6次網上賬號被鎖定，需到櫃臺辦理解碼手續。
浦發：3次密碼錯誤15分鐘不能登陸，錯誤越多，不能登陸時間越長。
中行：連續3次錯誤，系統將鎖定用戶24小時。