1987年至1993年參加王紹曾先生主編的全國高校古籍整理規劃項目《清史稿藝文誌拾遺》編纂工作，任副主編。1993年至1997年參加季羨林先生主編的國務院古籍整理規劃項目《四庫全書存目叢書》編纂工作，任常務編委兼總編室主任。1992年至2005年獨立從事全國高校古籍整理科研規劃重點項目《四庫存目標註》，該書2007年由上海古籍出版社出版，***8冊約370余萬字。所撰《文獻學概要》壹書，2001年由中華書局出版，2006年該書入選“十壹五國家級教材”。2004年開始主持國家清史纂修工程重大項目《清人著述總目》。2005年開始參與主持山東省政府特批重大項目《山東文獻集成》編纂工作，任編纂處副主任。2009年開始主持山東省古籍整理研究項目《山東文獻總目提要》。2010年開始主持國家清史纂修項目《清史·藝文誌》。2012年開始主持山東大學儒學高等研究院重大項目《十三經註疏匯校》。自1987年以來，著作《四庫存目標註》、《文獻學概要》、《清人著述總目》（主編）、《清史藝文誌》（主編）、《微湖山堂叢稿》、《清史稿藝文誌拾遺》（副主編）、《四庫全書存目叢書》（常務編委）、《山東文獻集成》（編纂處副主任）、《漁洋讀書記》（王紹曾、杜澤遜編）、《清經解三編》（劉曉東、杜澤遜編）、《中國歷代書目提拔叢書（第三輯）》（主編）、《經籍訪古誌》、《古文舊書考》、《靜嘉堂秘籍誌》、《史記校勘記》（王紹曾、杜澤遜整理）、《山東著名藏書家》（杜澤遜、程遠芬撰）等。發表學術論文180余篇。