申請人首次申請全流程網上商事登記時，應當通過互聯網在商事登記機關門戶網站進行用戶註冊，填寫真實準確的申請人基本身份信息，然後使用數字證書進行身份確認。全流程在線註冊系統會自動與數字證書頒發機構聯網，驗證其個人身份的真實性，完成用戶身份確認。
第二步:申請者在線申請。
申請人完成用戶註冊登錄後，選擇要辦理的業務類型，填寫相應的申請表、公司章程、股東決議、任免文件等電子材料。之後，申請人和相關簽名人使用數字證書對電子申請材料進行電子簽名。申請人及相關簽字人可遠程或異地完成上述操作。
第三步是接受、審查和決定
商事登記機關收到申請人提交的申請後，材料齊全的，應當予以受理，並在規定的期限內作出是否準予登記的決定。
第四步，獲取電子營業執照或電子登記公告。
商事登記機關完成核準登記後，將通過網上或短信方式通知申請人。申請人可在全網登記系統下載電子營業執照或電子登記公告復印件，也可免費向商事登記機關申請紙質營業執照或紙質登記公告。
第五步:存儲電子文件。
所有工作完成後，商事登記機關將按照檔案管理制度的規定保存商事登記電子檔案，電子檔案與紙質檔案具有同等法律效力。