1 技術發展方面的不足
電子簽名技術研發面的不足是制約我國電子簽名技術在電子商務交易信息安全領域應用的首要原因。具體來看，近年來我國信息網絡技術雖然取得了舉世矚目的發展成果，但在壹些關鍵的核心技術上依然受制於人。壹方面，我國尖端硬件生產能力不強，電子簽名技術發展所需的高性能服務器、交換機仍依賴進口；另壹方面，我國軟件開發水平較低，處理大批量電子簽名數據信息的能力有待提高。
2 制度保障方面的不足
電子簽名技術本身不足以提升電子商務交易中的信息安全，相關技術及產品在電子商務交易信息安全方面的推廣和應用需要相關制度的引導與保障。從國家層面看，現階段我國各級政府對電子交易信息安全工作發展缺乏頂層設計，政府部門相關工作全責分配不清，部分行業管理職能缺位。從行業方面看，相關行業商協會組織對電子簽名技術的應用引導不足，對相關企業電子交易信息安全的行業管理不到位。從企業層面看，部分中小型企業盲目擴張的同時忽視了交易信息安全工作建設，電子簽名技術應用水平較低，與快速擴張的業務需求脫節。
3 專業人才方面的不足
相關專業技術人才嚴重不足是我國電子簽名技術在保障電子商務交易信息安全方面工作開展過程中面臨的另壹個關鍵困難。從人才的培養方式來看，現階段我國高級專業技術人才依然主要通過傳統的大學教育進行培養，學生普遍缺乏相關實踐經驗，對我國電子商務交易信息安全工作發展的情況特點不了解，相關知識較多的停留在理論層面。從人才的使用及流動方面看，現階段我國在電子商務領域從事電子簽名技術開發與應用的人才數量十分短缺，高端技術人才嚴重不足；同時，由於相關企業在工作分配、績效激勵等方面制度設計的欠缺，我國電子商務領域安全技術工程師人員流動性較大，也在客觀上影響了電子簽名技術在電子商務交易中的應用和創新效果。
電子簽章作為電子簽名的壹種形式，近年來正在快速發展，雖然伴隨著種種問題，但是隨著市場應用的不斷增加，電子簽章的廣泛使用將是未來電子商務等領域的必由之路。