首先，立案
稅務機關在受理稅收案件時，應當聽取知情人、相關單位和群眾的意見，根據違法行為確定調查方式。
1.違法事實清楚，情節輕微，數額較小，不需要組織調查就可以定性的稅收案件，可以不予立案。
2、違法行為嚴重、情節惡劣、案情復雜、數額較大、涉及面廣、影響大，需要組織查處的稅收案件，應當立案。具體立案標準由各省、自治區、直轄市稅務局根據當地情況確定。
3.對需要立案調查的稅務案件，由主管稅務機關的承辦人或承辦人員提出稅務案件立案報告，經主管負責人審核批準後立案調查。
第二，調查
立案後，辦案稅務機關應當組成調查組，制定調查方案，經領導同意後實施。
1、偵查，應找知情人或被偵查對象了解案情及相關線索；根據需要，查閱與被調查對象有關的納稅資料，如賬簿、報表、票證等。，檢查其商品、貨物和資金的交易情況，收集違規證據和有關材料。
2、調查機關和調查人員應當將認定的事實與被調查對象見面，認真聽取其申辯，然後寫出調查報告。調查報告的主要內容應包括:立案依據、違規事實、問題性質、相關人員的責任、被調查對象的基本情況和態度、處理意見和依據、調查機關(組)名稱、調查人員(簽名)和報告時間。
3、案件查清後，應報領導批準並移送定性處理。
第三，處理
1.凡違反稅收法律法規的，壹律按《稅收管理暫行條例》及其他有關稅收法律法規處理。主管稅務機關應對所有立案調查的稅務案件進行嚴格審查。
(1)在作出決定或審查結論之前，應指定專門機構或人員進行審理。
(2)審判人員應當認真審查全部案件材料，發現案件事實不清、證據不足、手續不全的，應當要求偵查人員補充。
(3)審判結束後，審判人員應當簽署審判意見或者撰寫審判報告，說明偵查人員是否已經將案件事實調查清楚，證據是否確鑿，定性分析是否準確，處理意見是否適當等。，連同調查報告及其他有關材料，提交領導審批。
2、被調查對象主動坦白稅收違法行為的，可以根據其書面坦白的違法事實進行處理。如果核實後發現賬戶不實，也要按照相關規定進行處理。
3、被調查對象拒不承認並有確鑿證據的稅收案件，可以定案。符合條件的稅務案件，可按規定辦理，並可根據不同情況辦理以下手續:
(1)主管稅務機關應填寫《稅收違法行為處理通知書》，書面通知違法行為人執行，並註明相關復議事項。但是，在處理臨時經營或者異地其他經營者的違法行為時，無法履行書面手續的，可以不辦理書面告知。
(2)違法行為人在收到《稅收違法行為處理通知書》時，應辦理簽收手續。違法行為人是單位的，由單位負責人或者其他主管人員在通知書回執上簽名並註明收到時間，加蓋違法單位公章；違反者為個人的，由本人或者共同生活的成年親屬簽名、蓋章、蓋章並註明收到通知的時間。
(三)郵局送達《稅收違法行為處理通知書》的，違法行為人應當將《稅收違法行為處理通知書》回執寄送(寄送)給發證稅務機關。
(四)對未按稅務機關規定期限繳納稅款、滯納金和罰款的，稅務機關應填寫《催繳稅款通知書(滯納金和罰款)》，書面通知其限期執行。
(五)對拒不執行的，縣(市)以上(含縣、市，下同)稅務機關可采取以下措施:
1書面通知其銀行扣留倉儲。
吊銷其稅務登記證，收回有關稅收票證，限期繳納。
向工商行政管理部門提出吊銷營業執照、停止營業、限期繳納的書面請求。
對臨時經營者，經縣(市)以上稅務局長批準，可以按照規定扣留納稅人的部分貨物，限期繳納；逾期不繳納的，經縣(市)以上稅務局長批準，可以將扣留的貨物變價抵繳稅款、滯納金和罰款。
上述措施無效的，可以書面提請人民法院強制執行。
4.稅收違法情節達到檢察機關受理偷稅、抗稅案件標準的，除特殊情況外，由縣(市)以上稅務機關填寫《稅收案件移送書》，連同案件相關材料，書面移送檢察機關處理。
5.縣(市)以上稅務機關辦理沖擊稅務機關、以暴力威脅或者圍攻、毆打、侮辱稅務人員的案件，應當填寫《稅務案件移送書》，書面移送公安機關或者檢察機關。情況緊急，可以先報案，再辦理書面移交手續。
6.對不予立案的稅務案件，主管稅務人員查明事實後，提出書面意見，報領導批準後處理；不屬於同級處理機關的，應當書面報告上級稅務機關處理。處理不立案的稅務案件，也應做簡要記錄，保存相關資料。
7.臨時經營者或其他異地經營者違反稅收法律法規，需要補繳稅款、滯納金或處以罰款的，在時間緊張、無法提前履行審批手續的情況下，主辦單位或承辦單位可直接決定處理，事後應重新辦理審批或備案手續。
8.對舉報不實的案件予以駁回，必要時通知被調查對象和舉報人。
第四，復議
1.違法行為人與稅務機關對稅收違法行為的處理發生爭議時，必須先按照稅務機關的處理決定執行，然後在《稅收違法行為處理通知書》郵寄(寄送)之日起10日內，向上壹級稅務機關書面申請復議。上壹級稅務機關應當自收到投訴人申請之日起三十日內作出答復。申請人逾期不答復或者對答復不服的，投訴人可以向人民法院提起訴訟。違反者逾期不執行原決定或申請復議的，稅務機關不予受理。
2.《稅收違法行為處理通知書》送達日期的確定:由郵局送達的，送達日期為接到違法單位或違法個人通知的人或與違法個人同住的成年親屬在掛號信回執上簽收的時間；由稅務機關送達的，以違法單位或者違法個人的受送達人或者與違法個人共同生活的成年親屬簽收通知回執的時間為送達日期。
根據相關法律的規定，偷稅漏稅稅務局的程序主要按照立案、調查、處理、復議的程序進行。納稅人不遵守稅收法規，采取欺騙、偽造等手段偷逃稅款，數額較大的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金；數額巨大的，處三年以上七年以下有期徒刑，並處罰金。