截至2019年6月，阿壩藏族羌族自治州下轄12個縣、1個縣級市，分別是：馬爾康市、金川縣、小金縣、阿壩縣、若爾蓋縣、紅原縣、壤塘縣、汶川縣、理縣、茂縣、松潘縣、九寨溝縣、黑水縣。
1、馬爾康市
馬爾康市（原馬爾康縣），是四川省阿壩藏族羌族自治州管轄的縣級市，亦是該州首府。位於青藏高原南緣，在四川盆地西北部，北靠阿壩、紅原大草原，南與臥龍大熊貓自然保護區、小金四姑娘山緊鄰，距離省會成都365公裏。面積6633平方公裏。
截至2019年6月，馬爾康鎮轄4鎮10鄉，分別是馬爾康鎮、卓克基鎮、松崗鎮、沙爾宗鎮、梭磨鄉、白灣鄉、黨壩鄉、木爾宗鄉、腳木足鄉、龍爾甲鄉、大藏鄉、康山鄉、草登鄉、日部鄉。馬爾康市人民政府駐馬爾康鎮達薩街299號。
2、九寨溝縣
東臨甘肅省文縣，北與甘肅省舟曲縣、叠部縣交界，西接若爾蓋縣，南同平武縣、松潘縣接壤，介於北緯32°53′－33°43′，東經103°27′－104°26′之間，總面積5288平方千米。截至2019年6月，九寨溝下轄3個鎮、14個鄉，另設有1個牧場、1個管理局。九寨溝縣人民政府駐永樂鎮濱河路。
3、金川縣
地理位置位於州境西南部，介於東經101°13'～102°19'，北緯30°04'～31°58'之間。幅員面積5432平方公裏，東鄰小金縣，西南與甘孜州的道孚縣、丹巴縣接壤，西北與壤塘縣毗鄰，東北與馬爾康縣相連。
截至2019年6月，金川縣轄3個鎮、20個鄉：金川鎮、觀音橋鎮、安寧鎮、沙耳鄉、慶寧鄉、咯爾鄉、勒烏鄉、萬林鄉、河東鄉、河西鄉、卡撒鄉、曾達鄉、獨松鄉、馬爾邦鄉、馬奈鄉、集沐鄉、撒瓦腳鄉、卡拉腳鄉、二嘎裏鄉、俄熱鄉、太陽河鄉、阿科裏鄉。
4、若爾蓋縣
位於青藏高原東部邊緣地帶，地處阿壩藏族羌族自治州北部，位於四川省北部，系四川通往西北省區的北大門，四鄰分別與甘肅省瑪曲縣、碌曲縣、卓尼縣、叠部縣和阿壩州內阿壩縣、紅原縣、松潘縣、九寨溝縣接壤。土地總面積10436.58平方公裏。
截至2019年6月，若爾蓋縣轄個鎮，15個鄉：達紮寺鎮、班佑鄉、阿西鄉、轄曼鄉、紅星鄉、麥溪鄉、嫩哇鄉、凍列鄉、崇爾鄉、熱爾鄉、占哇鄉、降紮鄉、巴西鄉、求吉鄉、阿西茸鄉、包座鄉、唐克鄉，1個國有牧場，1個省屬牧場。
5、紅原縣
地處青藏高原東部，位於四川省西北部、阿壩藏族羌族自治州中部。北與若爾蓋縣相接，東西與松潘、黑水、阿壩縣相鄰，南與馬爾康縣、理縣相連。縣境南北長154公裏，東西寬55公裏，總面積8439.94平方公裏。縣城南距成都450公裏，北距蘭州640公裏。
截至2019年6月，紅原縣下轄4鎮7鄉，分別為：邛溪鎮、刷經寺鎮、安曲鎮、瓦切鎮、色地鄉、麥窪鄉、阿木鄉、龍日鄉、壤口鄉、江茸鄉、查爾瑪鄉。***有33個行政村。
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