2013年8月21日，上海市第二中級人民法院對許曉鳴受賄案做出壹審判決，法院以受賄罪判處許曉鳴有期徒刑十壹年，剝奪政治權利三年，並處沒收財產人民幣三十萬元；違法所得的財物予以沒收。
2012年9月底，許曉鳴因涉嫌貪汙受賄接受調查。2013年1月，上海市檢察院透露立案查處許曉鳴受賄的案情。2月底，上海市二中院開庭審理許曉鳴涉嫌受賄案。起訴書顯示，許曉鳴在擔任上海交大副校長、上海理工大學校長期間，利用主管校產等職務便利，收受蘭某、錢某、朱某等人113萬元人民幣。案發後，許曉鳴退賠了所有贓款。
法院經審理查明，許曉鳴在擔任上海交通大學副校長，在主管校產工作的同時兼任上海交大昂立股份有限公司、上海交大產業投資管理(集團)有限公司、上海交大南洋股份有限公司等董事長、總經理；此後，他調任上海理工大學校長全面負責行政工作。2003年至2011年，許曉鳴擔任上述職務期間，非法收受蘭某、錢某、朱某總計價值人民幣113萬余元的錢款，並利用職務之便，為三人謀取利益。
法院認為許曉鳴的行為已構成受賄罪，依法應處十年以上有期徒刑或者無期徒刑，可並處沒收財產。鑒於許曉鳴到案後，除如實供述辦案機關已掌握的收受蘭某賄賂的事實外，還主動供述了辦案機關未掌握的收受錢某、朱某賄賂的事實，並退賠全部贓款，依法可從輕處罰。法院故作出上述判決。