狗蚤和貓蚤在外形上有明顯的區別。壹般來說，貓蚤比狗蚤稍微小壹些，而且造型更加扁平，僅有2-3毫米長，其顏色為暗褐色或黑色。而狗蚤則稍大壹些，平均為3.3毫米長，顏色較淺，通常為紅棕色或黃褐色。此外，狗蚤與貓蚤的口器長度也有所不同，狗蚤的口器較長，貓蚤的口器則更加粗短。
2、宿主偏好不同
另外壹個重要的區別在於狗蚤和貓蚤的宿主偏好也不同。雖然這兩種蚤子都以吸取動物或人的血液為生，但是它們各自偏好的宿主類型卻不同。貓蚤通常更傾向於寄生在貓身上，而狗蚤則在狗身上更為常見，所以如果家裏有狗和貓，狗蚤通常不會感染到貓，而貓蚤也不會感染到狗。但是在沒有貓宿主的情況下，貓蚤也會寄生在狗狗身上，反之亦然。
3、生殖習性差異
狗蚤和貓蚤的生殖習性上也存在著差異。貓蚤通常在春天和夏天繁殖，每只雌蟲寄生在宿主身上可產下100-400顆卵，卵的孵化需要約1-10天的時間，到幼蟲期需要再經過1-3周。而狗蚤則壹般繁殖時間較長，全年均可繁殖，但以夏季最密集。每只雌蟲寄生在宿主身上可產下30-50顆卵，卵的孵化需要1-12天不等，到幼蟲期需要再經過1-4周。
4、傳播疾病不同
雖然狗蚤和貓蚤都可能會傳播疾病給宿主或人類，但是它們所傳播的疾病種類有所不同。貓蚤比較常見的傳播疾病包括布魯氏菌病和傷寒等，而狗蚤可能會傳播的疾病有絳蟲和鼠疫等。另外，狗蚤對殺蟲劑和藥物的抗性比貓蚤要強壹些，所以在治療上的選藥與方法也有所不同。