早在成吉思汗時期，蒙古就設有魯花赤這壹官職。征金戰爭中，成吉思汗曾任命西域人劄八兒火者為黃河以北鐵門以南都達魯花赤。蒙古西征，占領歐亞大片土地，在重要地區和城鎮，都設置達魯花赤。花刺子模都城撒麻耳幹，曾由契丹人耶律阿海任達魯花赤。1257年，蒙哥汗派剌真駙馬之子乞赴斡羅思任達魯花赤，籍戶口，收賦稅，簽發兵丁，權力極大。
入元以後，路、府、州、縣和錄事司等各級地方政府，都設置達魯花赤，雖然品秩與路總管、府州縣令尹相同，但實權大於這些官員。設在南方少數民族地區的長官司，也設達魯花赤。兼管軍民的安撫司，大都設有此職。各投下分邑的達魯花赤則由各該諸王駙馬委派自己的陪臣充任。
蒙古軍和蒙古探馬赤軍壹般不設達魯花赤。其他各族軍隊除特殊情況外，都在元帥府、萬戶府、千戶所設達魯花赤以監軍務，品秩與元帥、萬戶、千戶相同。
元朝皇室、各斡耳朵和諸王駙馬擁有編戶齊民之外的私屬人戶——打捕鷹房諸色人匠等怯憐口，各設總管府或提舉司管理。這些府、司照例都設有達魯花赤。與重要財政收入有關的官衙，如規運所、運糧提舉司、茶園提舉司、栽種提舉司以及各種寶鈔庫，皆設此職。設達魯花赤的還有禦藥院、行禦藥局、回回藥物院、監造金玉寶貝官、禦衣局、尚衣局、掌管大寺院財務的各總管府、營繕司、提舉等司。
元代達魯花赤品秩最高曾達正二品（大都、上都達魯花赤，後降為正三品）。品秩最低的是路府治所的錄事司達魯花赤，正八品。在重要地方和軍隊還設有副達魯花赤。
至元二年（1265），元廷正式規定，各路達魯花赤由蒙古人充任，總管由漢人、同知由回回人充當。之後，漢人作達魯花赤的，便解除官職。在缺少蒙古人時，允許由“有根腳”（門第高貴）的色目人充任。此職的設置有明顯的民族歧視和壓迫的性質。