正統十四年(1449年)土木之變後,其父朱祁鎮被瓦剌擄去,叔父朱祁鈺受命監國,朱見深被立為太子。到景泰三年(1452年),朱祁鈺將朱見深廢為沂王,改立朱見濟為太子。景泰八年(1457年),英宗因奪門之變而復辟,朱見深再次被立為太子。
朱見深在位時期英明寬仁,在位初年恢復了朱祁鈺的皇帝尊號,平反於謙的冤案,任用賢明的大臣商輅等治國理政。時代風氣清明,朝廷多名賢俊彥,寬免賦稅、減省刑罰,社會經濟漸漸復蘇。但是在位期間任用奸邪,不能說沒有缺陷。
成化二十三年( 1487年)9月9日病逝,終年41歲。廟號憲宗,謚號繼天凝道誠明仁敬崇文肅武宏德聖孝純皇帝。葬在明十三陵的茂陵。