東方永夜抄***有8個可選遊戲人物。在遊戲中，他們兩人壹組行動（在每組通關後，也可選擇該小組的壹個成員單獨使用）。每個小組的兩個人物只能交替出場：其中壹人使用普通定向攻擊；另壹人犧牲移動速度，換取自動瞄準的導向攻擊。兩種攻擊模式截然不同。單人物遊戲模式下不能切換攻擊模式 。
本作遊戲特有的系統包括終符系統：在敵人方面，終符是壹個額外的加分關卡，在這個關卡中不必擔心損命和失去炸彈；在玩家方面，終符是壹種更高級的“炸彈”符卡，只有在被子彈擊中時按出的決死炸彈才會發動，它以兩枚炸彈為代價，換取壹個持續時間更長、威力更強的炸彈效果。新系統還包括壹個顯示人類指數/妖怪指數的狀態槽，以及新的“倍率”系統，這些都會對遊戲產生影響。