根據上述職責，省住房和城鄉建設廳設14個內設機構：
辦公室
綜合協調廳機關和直屬單位工作，督促重大事項落實；負責文電、重要會務、機要和檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、保密、信訪、政務公開、新聞宣傳、督查工作；管理廳機關財務、物資、房產和安全保衛等行政事務；指導全省住房和城鄉建設檔案工作。
政策法規處
編制全省住房和城鄉建設行業推進依法行政規劃和年度計劃並組織實施；擬訂住房和城鄉建設行業立法規劃和計劃；組織研究重大的綜合性政策問題；組織起草住房和城鄉建設行業地方性法規、省政府規章；承擔本廳行政復議、行政應訴工作，指導住房和城鄉建設行業行政復議、行政訴訟工作；承擔有關規範性文件的合法性審核及報備工作，指導住房和城鄉建設行業規範性文件合法性審查及備案工作；負責申辦行政執法人員資格確認及證件管理相關工作；指導住房和城鄉建設行業行政許可、行政執法、執法監督活動和法制宣傳；指導城建監察及住房和城鄉建設稽查工作。
計劃財務處
負責編制部門預決算；綜合管理住房和城鄉建設行業各項資金；管理機關行政事業經費和專項資金；指導和監督直屬單位的財務工作；管理住房和城鄉建設行業的統計信息工作；負責廳機關和直屬單位的國有資產管理和內部審計等工作。
建築節能與科學技術處
擬訂全省建築節能、建設科技發展規劃、政策並指導實施；組織實施部、省級建築節能示範項目，組織重大科技項目研究開發；組織實施行業國際科技交流和技術合作項目的實施；負責科技成果的管理和推廣應用；負責全省工程建設標準化管理工作，組織制定、發布工程建設地方標準，指導監督國家、行業和地方工程建設標準的實施。
住房保障處（省住房制度改革辦公室）
擬訂全省住房保障政策並指導實施；組織編制全省住房保障發展規劃和年度計劃並監督實施；指導全省住房制度改革，承辦省住房制度改革委員會的日常工作；承辦中央和本省廉租住房資金安排的有關事項。
住房公積金監管處
擬訂全省住房公積金發展規劃和政策並指導實施；制定住房公積金繳存、使用、管理和監督制度；監督全省住房公積金的管理、使用和安全；負責住房公積金業務處理信息系統的運行管理和組織協調。
房地產市場監管處
擬訂全省住房建設和房地產業的發展規劃、房地產市場監管和產業的政策並指導實施；指導和管理房地產市場，規範房地產市場各方主體行為；會同有關部門管理和發布房地產開發、交易信息；指導城鎮土地使用權有償轉讓和開發利用工作；指導和管理房地產開發、國有土地上房屋征收拆遷、房地產交易、房屋權屬管理、房地產估價、房地產經紀管理、物業管理、白蟻防治、房屋租賃、危房管理、房屋面積管理。
建築業處
擬訂全省建築業改革發展規劃和政策並指導實施；指導和規範全省建築市場；規範建築施工、建築安裝、室內外裝飾裝修、建築制品、工程造價咨詢和工程建設項目招標代理等主體行為；指導和監督全省房屋建築和市政基礎設施工程施工招標投標活動；指導和管理全省建設工程造價；組織協調本省建築企業參與港澳臺、國際工程承包和建築勞務合作。
工程建設管理處
擬訂全省建築工程質量和安全生產、工程建設監理、建築工程施工許可以及竣工驗收備案的政策、規章制度並監督執行。負責全省建築工程質量安全監督、監理、檢測管理；組織或參與工程質量、安全事故的調查處理。
勘察設計處
擬訂全省工程勘察設計咨詢行業規劃和政策並指導實施；規範勘察設計咨詢市場各方主體行為；指導全省勘察設計行業發展技術創新與質量管理；監督房屋建築和市政基礎設施工程施工圖設計審查工作；指導和監督全省房屋建築和市政基礎設施工程的抗震設防、抗震加固、超限高層建築工程抗震設防和城市地下空間開發利用工作；參與房屋建築和市政基礎設施工程省重點項目初步設計審查工作；配合指導全省城市無障礙建設和改造。
城鄉規劃處
擬訂全省城鄉規劃政策並指導實施；指導城市、縣政府所在地鎮規劃的編制與實施；承擔海峽西岸城市群發展的規劃協調；指導和推動城市聯盟工作；負責省人民政府交辦的省域城鎮體系、重點區域城鎮體系規劃的編制和城市總體規劃、省級以上開發區總體規劃等城鄉規劃的審查報批並監督實施；負責歷史文化名城和歷史文化街區的保護監督有關工作；負責核發國家審批、核準的重大建設項目選址意見書；指導城市勘察、市政工程測量、城市雕塑工作；指導城市地下空間開發的規劃管理；指導和管理全省城鄉規劃市場；組織推動城鄉規劃的技術進步和交流；參與土地利用總體規劃的審查。
城市建設處
擬訂全省城鄉市政公用事業、城鎮減排的發展規劃和政策並指導實施；指導全省城市道路、橋梁、路燈、供水、節水、排水、生活汙水處理和管網配套、生活垃圾處理、燃氣、市容環衛、市政公用設施等行業建設管理工作；指導城市管線工程建設；指導全省城市地鐵、軌道交通的規劃和建設。擬訂全省風景名勝區、城市園林綠化政策並指導實施；承擔省級、國家級風景名勝區詳細規劃及建設項目選址的審查報批以及申報國家、世界自然遺產和自然與文化雙遺產的有關工作；組織國家級風景名勝區總體規劃和詳細規劃的編制；指導和管理全省城市規劃區內的園林綠化工作。
村鎮建設處
擬訂全省村莊和小城鎮建設政策並指導實施；指導鎮、鄉、村莊規劃的編制與實施；指導農村住房建設、農村住房安全和危房改造；指導小城鎮和村莊人居生態環境的改善工作；組織村鎮建設試點工作；指導國家重點鎮、省級中心鎮的建設；指導歷史文化名鎮名村保護和監督管理的有關工作；配合推動城鄉統籌工作。
人事處
負責廳機關及直屬單位機構編制、人事管理等工作；負責全省住房和城鄉建設行業專業技術資格評審的相關工作；負責組織實施全省住房和城鄉建設行業職業標準和執業資格標準。
機關黨委
負責廳機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部工作處
負責廳機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。