深度體現在主題。都說日本電影的永恒主題是愛與暴力——或許不錯，但是探討得太多，未免就太平凡了。宮崎駿的特色就在於他的故事裏的愛與暴力其實是為更加深刻的思想設置。暴力是他壹直反對的。從《風之谷》裏就可以看出，力量越大，造成的痛苦就越大，無論是對自己還是對敵人。宮崎駿的思想往往太深刻以至於可能會超出兒童們的理解能力，他的觀眾大多是十幾歲乃至更大年齡的。他的思想壹***有兩個主要矛盾：人類與自然，生存與死亡。
早壹點的作品，電影《天空之城》裏，前壹個矛盾就已經存在了。在故事中，很久以前天空之城Laputa的居民因為在空中漂浮，無法接觸遼闊的大地，這就註定了他們滅亡的命運，有點類似於我們俗話裏的“不接地氣”就會產生災禍。試圖毀掉Laputa的軍方因為無法戰勝對於金錢的欲望，最終使自己遭到了毀滅。最終本來應該隨著女孩希達和男孩小傑念動的咒語毀滅的Laputa因為在島上壹棵大樹根深蒂固抓緊了整個島嶼的土壤而沒有灰飛煙滅，而是飛向了遙遠的高空。這三點都說明挑戰自然的規律就會造成嚴重的後果，我們的命運都是被自然所掌控的，自然可以懲罰我們，也可以寬恕我們。這就是宮崎駿早期的環保思想。類似的還有電影《風之谷》：女孩娜烏西卡領悟到風與水建造森林改造沙漠的秘密，阻止人類對自然的殺戮，最終拯救了人類。
但這些作品都只是宮崎駿早期的環保主義思想，或者說是簡單的，在商業電影大潮影響下的更能為普遍大眾所接受的思想。宮崎駿最終形成的人與自然的思想中開始懷疑環保的意義。且不必說人的貪婪是無止境的，不可能輕易滿足——人的最基本的欲望，就是生存欲望。人為了生存，不可能不向自然索取物資。人的隊伍如此龐大，所求必然更為龐大，打破自然平衡，激怒自然也是必然的。災難平定後，人再次重建家園，再度龐大，再度激怒自然，如此循環，和平***處或許只是壹個夢想。多年以後完結的漫畫《風之谷》徹底否定了娜烏西卡的努力，也徹底粉碎了和平***處的夢想。