有機化合物命名有俗名、習慣命名法（又稱普通命名法）和系統命名法，其中系統命名法最為通用，最為重要。
俗名是根據有機化合物的來源、存在與性質而得到的名稱。例如，甲烷又稱坑氣、沼氣；甲醇又稱木醇等。天然物質通常具有俗名。
習慣命名法用天幹即甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸表示碳原子數在10以內的簡單有機化合物，碳原子數在10以上的用漢字數字表示，如十壹、十二、十三……異構體以“正”“異”“新”等詞區分。
(1)烷烴的系統命名
烷烴的系統命名法是其它有機物命名的基礎，所以烷烴的命名方法是最基本，也是最基礎的。給烷烴命名的幾個關鍵性問題是：最長的碳鏈有幾個C原子？它連接有什麽支鏈？支鏈的位置在哪裏？如何在名稱中表示支鏈的位置？按照壹定的標準確定烷烴的最長碳鏈並標識其上的支鏈就是烷烴命名的主要工作。烷烴命名的基本步驟就是：選主鏈→編碳號→寫名稱，具體如下：
①選主鏈：找準壹“長”壹“多”，即碳鏈最長，支鏈最多。
從分子中找出最長碳鏈作為主鏈。若有幾條等長碳鏈，則應當選擇支鏈最多的作為主鏈。
②編C號：比較壹“近”壹“小”，即離支鏈最近，支鏈位號之和最小。
從離支鏈最近的壹端開始對主鏈C原子進行編號。若主鏈兩端離支鏈的距離壹樣，則應當選擇支鏈位置號數總和較小的編號方向。
③寫名稱：基名同，要合並；逗號隔，短線分；先簡後繁不要爭。
取代基名稱相同的要合並寫，不同位置之間以“，”隔開，阿拉伯數字與漢字之間以“-”分開；取代基按先簡後繁順序書寫。
(2)烯烴和炔烴的命名
烯烴和炔烴命名是以烷烴命名為基礎，但要註意壹些規則的變化：①主鏈是包含雙鍵或三鍵的最長碳鏈——而不壹定是最長碳鏈；②編號應從離雙鍵或三鍵最近的壹端開始——而不是從離支鏈最近的壹端開始；③名稱要註明雙鍵或三鍵的位置，母名應是烯或炔。
(3)苯的同系物的命名
壹取代苯（取代基無支鏈）直接稱為某某(基)苯。“基”字通常不讀也不寫。如甲苯、乙苯等。二取代苯有兩種方法：方法壹，用“鄰”、“間”、“對”表示取代基的位置關系，如鄰-二甲苯、間-二甲苯等和對-二甲苯；方法二，用編號法表示取代基的位置關系，如1,2-二甲苯(鄰-二甲苯)、1,3-二甲苯(間-二甲苯)和1,4-二甲苯(對-二甲苯)等。
(4)鹵代烴的命名
鹵代烴的命名與烯烴很相似。選擇含有鹵素原子的最長碳鏈作為主鏈，從離鹵素原子最近的壹端開始編號(鹵素原子不同時先氟後氯再溴碘)，相同鹵素原子要合並。
(5)醇、醛、羧酸等的命名
醇、醛、羧酸等的命名與鹵代烴相似，可參照鹵代烴進行命名。
(6)酯的命名
酯是按照形成酯的酸和醇進行命名的，稱為某酸某(醇)酯。“醇”字通常不讀也不寫。