《牡丹亭》故事講述的是南安太守杜寶的女兒杜麗娘，才貌雙全，跟著老師陳最良學習書畫。有壹天，她夢中見壹書生手拿半枝垂柳前來求愛，兩人在牡丹亭畔幽會。從此，杜麗娘壹病不起。
杜麗娘在彌留之際，要求母親把她葬在花園的梅樹下，囑咐丫環春香將自己的自畫像藏在太湖石底。隨後，杜麗娘的父親升任淮陽安撫使，委托陳最良為杜麗娘修建了梅花庵觀。
三年後，窮書生柳夢梅借宿梅花庵觀，他在太湖石下撿到了杜麗娘的自畫像。於是，杜麗娘魂遊後園，和柳夢梅開始幽會。柳夢梅掘墓開棺，杜麗娘起死回生，兩人結為夫妻，前往臨安。
杜麗娘的老師陳最良看到杜麗娘的墳墓被發掘，就告發柳夢梅盜墓之罪，柳夢梅被杜寶囚禁。高考發榜後，柳夢梅由階下囚壹變而為狀元，杜麗娘和柳夢梅二人終成眷屬。
《牡丹亭》在思想和藝術方面都達到了當時創作的最高水準，杜麗娘與柳夢梅的愛情故事體現了青年男女對自由愛情生活的追求，顯示了青年男女要求個性解放的思想傾向。劇本推出之時，演出盛況壹舉超過了另壹部古代愛情戲劇《西廂記》。