根據學者考證，伊尹在商的身份除了在政權為相之外，更為重要的身份他還是壹個巫師。商是壹個非常崇信鬼神的朝代，國家大事小情皆要通過占蔔，“國之大事，在祀與戎”，因此巫師具有崇高的地位。伊尹是商代第壹大巫師，上古巫、史、醫合壹，巫師本身多兼有醫的功能，如蜚聲遠近的巫彭、巫鹹等皆以擅長醫術聞名，《說文》釋“尹”作“治也”。古文字學家康殷就指出：尹，“象手執針之狀，示以針刺療人疾病”；官名尹“同樣是醫療治調之意的引申·轉化”。“伊尹”同時具有來自伊水的醫和相的意思，歸根結底，還是來自伊水的巫師。
西漢國家藏書目錄《漢書·藝文誌》，在“道家”類中著錄有伊尹所著《伊尹》五十壹篇。班固註曰：湯相。此書又與《太公》、《管子》、《鹖冠子》、《淮南王》等同被班固列為兵家，似又可以當做兵書。小說類著有《伊尹說》二十七篇。班固註曰：“其語淺薄，似依托也。”玉函山房輯佚書有《伊尹書》壹卷，馬王堆漢墓出土的帛書也有伊尹篇。
商代給後代留下的最大壹筆遺產就是殷墟甲骨文，甲骨文的產生就是由巫師主持祭祀鬼神，占蔔吉兇，其中還有關於後代祭祀伊尹的內容，在甲骨文中有“伊尹”、“伊”、“伊奭”、“黃尹”諸稱皆指伊尹。甲骨文記載的疾病約有二十多種，如疾首、疾目、疾耳、疾口、疾身、疾足、疾止、疾育、疾子、疾言、蠱、齲等，還有疾年、雨疾、降疾等，雖然不能說與伊尹有直接關系，但伊尹肯定參與過類似占蔔活動。
《漢書·藝文誌》中有《湯液經法》，醫家都認為此書為伊尹所撰。晉代皇甫謐就認為：“伊尹以亞聖之才，撰用《神農本草》以為湯液。……仲景論廣伊尹湯液為數十卷，用之多驗。”南朝梁陶弘景在列數古代醫哲先賢時也不忘伊尹的功績：“昔神農氏之王天下也，畫易卦以通鬼神之情；造耕種，以省煞害之弊；宣藥療疾，以拯夭傷之命。此三道者，歷群聖而滋彰。文王、孔子，彖象繇辭，幽贊人天；後稷、伊尹，播厥百谷，惠被生民。岐皇彭扁，振揚輔導，恩流含氣。並歲逾三千，民到於今賴之。”明李梴也歷代上古醫家聖賢中也記載：“伊尹殷時聖人。制《湯液本草》，後世多祖其法。”
元代王好古撰有《湯液本草》壹書，他堅信湯液就是伊尹所創立的：“神農嘗百草，立九候，以正陰陽之變化，以救性命之昏劄，以為萬世法，既簡且要。殷之伊尹宗之，倍於神農，得立法之要，則不害為湯液。”
歷代醫家皆對伊尹創制湯液的故事深信不移。元代起的三皇廟中，伊尹已列配享，與上古傳說的醫家進入醫家朝拜的殿堂。清代陸以湉記載了京師先醫廟的沿革情況，在先醫廟諸位名醫中，伊尹赫然在位：“京師先醫廟，始於明嘉靖間。（按：元貞元間建三皇廟，內祀三皇並歷代名醫十余人，至是始定為先醫廟。）本朝因之，中奉伏羲，左神農，右黃帝，均南面，句芝、風後，東位西向，祝融、力牧，西位東向，東廡僦貸季、天師、岐伯、伯高、少師、太乙、雷公、伊尹、倉公淳於意、華佗、皇浦謐、巢元方、藥王韋慈藏、錢乙、劉宗素、李杲，皆西向，西廡鬼臾區、俞跗、少俞、桐君、馬師皇、神應王扁鵲、張仲景、王叔和、抱樸子葛洪、真人孫思邈、啟元子王冰、朱肱、張元素、朱彥修，皆東向，以北為上，歲以春冬仲月上甲，遣官致祭。”
還有人將黃帝、神農和伊尹並稱為“三聖人”的說法：“隱醫醫之為道，由來尚矣。原百病之起愈，本乎黃帝；辨百藥之味性，本乎神農；湯液則本乎伊尹。此三聖人者，拯黎元之疾苦，贊天地之生育，其有功於萬世大矣。萬世之下，深於此道者，是亦聖人之徒也。賈誼曰：古之至人，不居朝廷，必隱於醫蔔。孰謂方技之士豈無豪傑者哉？”
清代徐大椿則認為湯液並不是伊尹發明的，而是至商代伊尹時開始盛行而已：“《內經》中所載半夏秫米等數方是已，迨商而有伊尹湯液之說，大抵湯劑之法。至商而盛。非自伊尹始也。”
1985年，當代名醫姜春華在《中醫雜誌》撰文指出《傷寒論》與《湯液經》的淵源關系。依據除皇甫謐《針灸甲乙經·序》之外，還有壹部敦煌石室唐寫卷子本的傳抄本——梁·陶弘景《用藥法要》。該書說：“諸名醫輩張璣……等，鹹師式此《湯液經》法。”並細數了其中的大小青龍湯、大小白虎湯、大小朱烏湯、大小玄武湯、大小陽旦湯、陰旦湯等。其實關於《傷寒論》來源問題歷代醫家並不避諱，王好古曾說：“殷伊尹用《本草》為湯液，漢仲景廣《湯液》為大法，此醫家之正學，雖後世之明哲有作，皆不越此。”清代陳修園也指出：“明藥性者，始自神農，而伊尹配合而為湯液。仲景《傷寒》、《金匱》之方，即其遺書也。”
伊尹的《湯液經》在宋代時民間還有殘存，如《普濟本事方》在大柴胡湯方的最後壹味藥大黃後即以小字說明：“伊尹《湯液論》大柴胡同姜棗***八味，今監本無，脫之也。”[再如朱肱《類證活人書》在桂枝加葛根湯方後註中也說明：“伊尹《湯液論》桂枝湯中加葛根，今監本用麻黃誤矣。”《陰證略例?伊尹湯液論例》也進壹步指出：“朱奉議雲仲景瀉心湯比古湯液則少黃芩，後人脫落之。許學士亦雲伊尹《湯液論》大柴胡湯八味，今監本無大黃，只是七味，亦為脫落之也。以是知仲景方皆《湯液》也。”
伊尹雖然不是最主要的醫藥行業神，但大多數民眾相信，湯液是由他發明的，湯液的發明提高了醫藥的療效，成為中醫藥學最主要的特色之壹。 五味調和說與火候論
伊尹由廚入宰的經歷，從史料記述中可知，伊尹先是當過奴隸的，幼年的時候寄養於庖人之家，得以學習烹飪之術，長大以後成為精通烹飪的大師。並由烹飪而通治國之道，說湯以至味，成為商湯心目中的智者賢者，被任用為相，影響較大。以伊尹來比喻技藝高超的廚師的詞語也不少。“伊尹煎熬”（枚乘《七發》），“伊公調和”（梁昭明太子《七契》），“伊尹負鼎”（《史記》），“伊尹善割烹”（《漢書》）等。《鹖冠子·世兵篇》還有“伊尹酒保”的記載，表明伊尹曾在餐館幹過。伊尹建樹卓著，烹飪理論與實踐較全面。記載伊尹烹飪實踐的倒不多，只有說他去見商湯時烹調了壹份鵠羹（天鵝羹）很受青睞。但從《呂氏春秋·本味篇》伊尹說湯以至味那些話來看，他的烹飪理論水平絕對是壹流的。雖然他是借烹飪之事而言治國之道，但若無對烹飪理論的研究和烹飪實踐的體會，是不可能說得那麽在行、那麽精辟的。中國著名烹飪理論學者熊四智先生在《當立伊尹為廚壇始祖》壹文中說：伊尹說，烹調美味，首先要認識原料的自然性質：“夫三群之蟲，水居者腥，肉玃者臊，草食者膻。臭惡猶美，皆有所以。” 伊尹說，美味的烹調：“凡味之本，水最為始。” 伊尹說，烹飪的用火要適度，不得違背用火的道理：“五味三材，九沸九變，火為之紀，時疾時徐。滅腥去臊除膻，必以其勝，無失其理。” 伊尹說，調味之事是很微妙的，要特別用心去掌握體會：“調和之事，必以甘酸苦辛鹹。先後多少，其齊甚微，皆有自起。” 伊尹說，烹飪的全過程集中於鼎中的變化，而鼎中的變化更是精妙而細微，語言難以表達，心中有數也更應悉心去領悟：“鼎中之變，精妙微纖，口弗能言，誌弗能喻。若射禦之微，陰陽之化，四時之數。” 伊尹說，經過精心烹飪而成的美味之品，應該達到這樣的高水平：“久而不弊，熟而不爛，甘而不噥，酸而不酷，鹹而不減，辛而不烈，淡而不薄，肥而不膩。” 與此同時，伊尹又為商湯講了當時可以制作美味的各種名特產品。在中國幾千年烹飪技術發展長河中，曾經出現了許多的技藝高超的名人，如帝堯時代傳說中的彭鏗、周朝的太公呂望，春秋時代的易牙等。這些人都各有專長，而且在烹飪技術的發展中都起了很大的推動作用。伊尹在烹調技術及其烹飪理論等方面獨樹壹幟。廚藝，只是伊尹眾多本領中的壹種。伊尹是中國烹飪之聖。如今在中國香港、中國臺灣、新加坡等地中國烹飪的同行也都奉伊尹為中國的“廚聖”、“烹調之聖”。 伊尹在軍事方面的活動，主要是參與了滅夏戰爭的策劃、準備與實施。關於湯滅夏之戰，史料欠缺，現今所知的有關記載亦多是語焉不詳，尤其是對戰役戰鬥的記載極少，難以全面詳實地敘述，但關於滅夏戰略的謀劃、準備和實施，古文獻中略有涉及。通過對這些文獻資料的歸納，我們可以看出伊尹在滅夏之戰中所起到了重要作用及其對軍事認識的深刻和駕馭軍事的傑出才能。他對中國軍事發展所作出的巨大貢獻主要表現在以下幾方面：
第壹，將人心向背的政治因素用於指導戰爭。
人類社會自從有了階級和國家之後，政治與軍事便形成了壹種密切的關系，政治的興衰與戰爭的勝敗密不可分，而人心的向背正是政治形勢的反映，但在不同的歷史時期人心向背的內容和表現形式又各有不同。在夏商之交，中國處於奴隸社會發展時期，當時社會生產力不高，占主導地位的社會生產部門——農業的生產水平還很低，還具有對自然不可抗拒的依賴性。有神論的唯心世界觀在人們的頭腦中占據統治地位，唯天是尊，唯天是教，人們認為上天是人世的最高主宰，壹切自然現象和人類行為都受上天支配，這反映到政治上就是神權政治。最高統治者以上天之子自居，其權力和行為被視為上天意誌的體現，因此，每有重大舉措必祈請上天，祭祀神祖，以求福佑。每次戰爭更是如此，戰前除向上天和神祖祈禱外，還要占蔔請示，以決定行動和指導作戰。但就在這樣的歷史條件下，伊尹通過對過去戰爭的總結，隱隱約約地發現政治與戰爭的關系，意識到人心向背對戰爭的影響，於是開始沖破天命思想的束縛，把註意力用於研究人心向背這壹因素在戰爭中的作用，初步形成了“視民知治不”（《史記·殷本紀》）的思想，即把民眾是否擁護最高統治者，看作是衡量國家統治興亡的壹個重要尺度，進而將這壹思想用於指導滅夏戰爭。
為了弄清民眾對夏桀的態度，伊尹前往夏任官，借機探察民情。當他看到桀“不恤其眾，眾誌不堪，上下相疾，民心積怨”的情況後，即大膽判斷“夏命其卒”，認為夏已出現了滅亡的征兆，因而與湯***同下定滅夏的決心。在戰爭準備期間，伊尹仍以此為指導，壹方面極力宣傳夏之暴政，進壹步促使人們對夏的厭恨；另壹方面針對“桀不務德而武傷百姓”的現實，強調廣布仁德，寬以治民，並采取壹系列具體措施（參見前文湯滅夏之戰），對內擴大民眾的擁護，對外爭取其他方國的支持，頌聲四起。不少方國歸附，從而收到了抑彼揚己之功，使人心背夏而向商，九夷不起即為明證，為滅夏戰爭的具體實施提供了有力的保證。
人心向背影響戰爭的觀點，在今天看來是眾所周知的公理，但在三千多年前的奴隸社會，卻是前無古人的創造。伊尹第壹次認識到這壹點並用於指導戰爭，不能不說是對中國軍事發展的重大貢獻。
第二，“上智為間”的謀略。
間諜情報戰，在現代戰爭中已不新鮮，但在中國古代早期戰爭或者說在伊尹之前則是未曾有過的。當然在人類早期戰爭中也註意到了偵察敵情的重要，但在神權統治時代，這種偵察只是純軍事的戰場偵察，而沒有深入到敵人內部從事情報搜集和瓦解敵人關系的工作。只有當伊尹認識到民心向背對戰爭的作用之後，才以到夏任官的名義打入夏王朝內部開展情報工作。如果說伊尹第壹次赴夏是為了偵察夏王朝的政情民情，以便制定滅夏計劃的話，那麽第二次赴夏則不僅僅是為了了解情況，而且還利用所掌握的情報，聯絡夏臣和當時已失寵於桀的妹嬉，擴大敵人內部的矛盾，以削弱其實力，為後來滅夏戰爭的勝利打下了基礎。據《竹書紀年》載：桀“命扁伐山民，山民送女於桀，二人，曰琬、曰琰。後愛二人，……而棄其元妃於洛，曰妹（未）嬉氏，以與伊尹交，遂以亡夏。”《呂氏春秋》亦有類似記載，充分肯定了伊尹用間的作用。後來孫武總結說：“能以上智為間者，必成大功，此兵之要，三軍之所恃而動也”（《孫子·用間》）。“用間”的重要性隨著戰爭的發展越來越受重視，而伊尹作為中國軍事史上“用間”第壹人，其功勞不言可知。
第三，根據敵我力量變化選擇有利戰機。
任何事物都不是壹成不變的，而是不斷運動發展的，能否運用發展的觀點，根據形勢的變化決定行止進退，是謀事成事的關鍵。對於戰爭而言，能否正確認識判斷形勢並選擇有利戰機顯得尤為重要。
商湯經“十壹征”後，不僅剪滅了親夏的方國，而且擴大了統治區域，實力大增，滅夏的戰爭準備工作業已完成。當時夏王朝內部矛盾更加尖銳，呈現出分崩離析之勢，在此形勢下，向夏發起最後總攻的時機似乎已經成熟。但伊尹為確保戰爭的勝利，考慮到夏雖然已近末日，然而它為中原之主已歷時 400 余年，其聲威余緒，不可忽視；再者商為夏之方國，商伐夏有以下犯上之嫌，沒有十分的把握不可輕動，因此認為壹定要等大多數方國都不支持夏桀時方可進攻。於是為試探各方國諸侯的人心向背，伊尹建議湯停止向夏進貢，以觀反應，桀怒而“起九夷之師”，準備大舉伐商。伊尹見九夷等方國仍心向夏桀並聽從桀的調遣，因此認為決戰時機沒有完全成熟，遂與湯復朝貢謝罪，假意忠誠以伺時機。第二年伊尹建議再次絕貢，桀又召諸侯在有仍（山東濟寧南）會盟，準備伐商，此次不僅九夷之師不奉夏命（《說苑·權謀》），而且有緡氏（山東金鄉南）首先叛反（《左傳·昭公四年》）。伊尹看到形勢發生了巨大變化，夏桀已完全陷入孤立，認為時機已經成熟，抓住這壹有利時機，立即向夏發起總攻，結果大獲全勝，壹舉滅夏。
在天命思想占統治地位的時代，伊尹不是通過占蔔、觀象來決定是否發動和何時發動戰爭，而是根據對客觀形勢的分析，充分認識人在戰爭中的主導地位，由人〈即他自己〉來把握和選擇戰機，實屬難能可貴。
伊尹在軍事上的成就除以上幾個方面以外，在前文所述的諸如孤立敵人、壯大自己、迂回包抄和切斷敵人後路等都有其獨到之處，但其最突出的貢獻則在於不受時代的束縛，大膽沖擊天命觀禁錮，較清醒地認識到人在戰爭中的主體作用；其戰略和選擇有利戰機均得於人心向背影響戰爭勝敗的觀點，這對於中國軍事的發展尤其是戰略學說的建立，作出了重要的貢獻，不愧為中國軍事史上第壹個軍事謀略家。