所謂封閉運行是指：（1)合作醫療基金只能在財政部門、經辦機構、定點醫療機構和報銷醫藥費的參合農民之間運轉，不得流向其他地方;（2)合作醫療基金在財政部門、經辦機構、定點醫療機構之間劃轉只能使用銀行票據，而不得使用現金；二是規範了基金運作程序。個人基金按年收繳，按村壹鄉壹縣的流程匯集,存人基金專用賬戶；地方財政支持資金由地方各級財政部 門根據參合實際人數，劃撥到試點縣（市）基金專用賬戶；三是合理地使用基金。 各縣（市）根據基金總額，結合當地實際， 科學合理地確定新農合基金的支付範圍、支付標準和額度，確定常規性體檢的具體檢查項目和方式，防止基金超支或過多余。四是建立健全了財務管理與會計制度。基金的會計機構設在經辦機構內，人員應該由經辦機構按《會計法》的要求予以聘用，以保證會計人員的素質，並遵循回避制度。按照新農合基金會計核算辦法進行日常財務管理。五是加強對基金使用的監督。經辦機構定期向合管會匯報基金和收支的使用情況，采用張榜公布方式向社會與參合農民公布費用補償情況，保證參合農民的知情權和監督權。