早期落成的路線由於規劃時未預料到將來會與眾多線路交匯，故部分車站無作任何轉乘預留。
備受批評的楊箕站和廣州火車站站，均為新舊線的轉乘站，舊線沒有預留轉乘條件。1號線與5號線交會的楊箕站只能改造原有A出口作為轉乘通道，但出入口通道壹般設計得比較狹窄，而且為了不影響既有車站的結構，新建5號線車站離1號線車站有壹段距離。轉乘路程較遠而且轉彎較多，中間還要上落樓梯，因此成為現時最不便的轉乘站之壹，早晚高峰均須實行客流管制。而2、5號線的轉乘站廣州火車站雖然比楊箕站的站廳、月臺較寬，轉乘距離較短和扶梯樓梯數目較多，但因兩線需要通過站廳通道步行轉乘，加上客流較多而擁擠，仍為人詬病。
曾寶賢曾就轉乘問題給地鐵公司寫過壹封信，指廣州火車站、楊箕站轉乘站，轉乘路線過遠，乘客辛苦，建議修建類似機場裏的輸送梯，但地鐵沒有向其作出任何回應。不過上述兩站的轉乘通道不夠平直，通道狹窄還有數個轉彎位，因此每段的長度也難以安裝水平輸送梯。
也有乘客要求楊箕站轉乘通道裝扶梯，地鐵公司則回應：“國標規定高差六米以上要建扶梯，該處只有壹兩米，所以沒有安裝。”
預計將來新建線路與早期線路交匯時，轉乘問題仍難免，但新建車站時則註意到了該問題，大多會預留轉乘條件，使之在遠期成為較為方便乘客的轉乘站。 地鐵的眾多路線中，除了1、2、8號線是使用較寬敞的6卡A型列車，其余各線因客流、速度技術、路線走向和地質限制等因素，只能采用B型列車（3號線、廣佛線）及采用直線電機技術的L型列車（4、5、6號線），其中除3、5號線為6卡編組列車外，其余4、6及廣佛線均只以4卡編組營運。地鐵列車編組短，車卡窄和運力不足問題壹直為人詬病，早在三號線開通之初，地鐵公司就宣傳“小編組，高密度”的營運方式，當時解釋為“以適應不同時間的客流。”
但因地鐵公司客流預測錯誤，加上3號線規劃之初沿線樓盤的興建速度快於軌道交通建設，使客流量增長速度遠比預期快。三號線的日客運量從剛開通時的15.5萬人次上升到2008年5月底的21萬人次（相當於壹號線2002年的水平），5月1日甚至達到了32.52萬人次。縱然地鐵公司不斷縮短行車間隔，但效果甚微甚至沒有效果。導致在早晚高峰，節假日車卡和車站內十分擁擠而實施車站客流控制，擠迫度超過100%，加上信號未完全調試完好，經常出現臨時停車甚至飛站。使網民稱之為“史上最短、最慢的地鐵”。地鐵公司原計劃3號線在遠期才實行3卡編組列車兩兩重聯，由於客流猛增，加上來自社會的壓力，使在3號線開通的5年後（即2010年4月20日），地鐵公司提把所有3卡編組列車兩兩重聯，變為6卡編組營運。 2010年4月28日，兩兩重聯列車正式於天河客運站至番禺廣場段投入服務。後來亦逐漸投入6卡編組新車，但3號線運能和客流的矛盾依然比較尖銳。
而6號線在規劃定位時，6號線定位為1號線的“輔助線”，以緩解1號線將來的壓力，並非主要考慮沿線客流，此時1號線運力尚未飽和。但由於未考慮金沙洲的發展，且低估了傳統商區人流等因素，所以建設時只采用4卡的小編組。6號線開通時，有廣州市民稱“被4卡車卡嚇怕”而不敢乘坐。 地鐵公司現時亦預測6號線的客流會超過設計運力，而4卡編組營運已難以改變，因此新列車為了多載客，每卡車卡有壹半座位可在高峰時段拆除。 除此之外，今後或將通過公交接駁和未來開通的11號線等來緩解客流壓力。 2011年5月5日，南方都市報率先報道16中高壹學生陳逸華，身穿印有五羊石像和廣州傳統英文名“Canton”字樣的T恤，在東山口、烈士陵園等壹號線多個地鐵站外舉著用正體字書寫的橫幅，派發傳單並收集市民簽名。他指稱1號線會在三年內完成全線16個車站的翻新工程，鏟去原有墻面、改為統壹灰色石板。這樣既抹殺1號線“壹站壹景”的特色，又勞民傷財。當時已開工的車站有長壽路站、楊箕站、體育西路站、廣州東站。此事引起媒體和社會廣泛熱議，網上有人稱他為“舉牌哥”。 5月6日地鐵公司第壹次回應稱，壹號線已開通14年，翻新改造皆因線路老化、裝飾材料殘舊破損。由於當初的裝修材料已被淘汰，無法再買到，所以進行全面翻新。針對破壞“壹站壹景”的風格，地鐵公司說：“原裝修未成景觀化風格，談不上抹煞”，“翻修前後風格沒有太大改變。”不過此說法馬上被媒體駁斥，他們在建材市場調查時發現，其實可以輕易尋獲類似顏色和材質的飾材。另外有人也發現，除了更換墻面材料外，多個站臺的吊頂也被更換，新吊頂增加了不少裝飾材料，也新裝了壹些燈具。 兩天後，地鐵公司派工程維修部經理約見陳逸華，稱壹號線的瓷片大部分采用粘貼方式安裝，長時間使用後粘貼層松脫，瓷片容易掉落，存在嚴重的安全隱患，幾個站點也發生過瓷片脫落的問題。而石板有固定件，可以“壹勞永逸”，且石材容易清理，不容易出現劃痕和汙損。壹號線的吊頂方式傳統，導致天花板經常掉落，近5年已出現了多次的天花板松脫故障，而且還影響站臺的照明度，加上燈具老化，使得站廳的照度滿足不了設計要求。有人質疑地鐵公司用專業數據和術語駁斥，明顯利用信息不對稱。
此時廣州地鐵公司原副總工程師曾寶賢通過媒體公開表明：壹號線總體翻新“完全沒有必要”。他指完好的墻面，應該是“保養”才對；維修保養是經常性的，哪個墻面有問題，就修補哪個墻，不能拆除。有市民質疑：壹號線的裝修質量是否存在問題？當年的裝修公司是否有義務對壹號線的裝修進行保修？而壹號線此次的站臺墻壁翻新是采用外掛花崗巖的形式，也被質疑：花崗巖含有微量放射性物質，近幾年已被家居裝修所淘汰，地鐵裝修使用是否環保？有媒體也查出廣州地鐵2010年9月的中標公示，其中明確顯示，此次地鐵整體裝修的中標報價為廣州市房屋開發建設有限公司的6726萬元人民幣。對此，有建築業高級工程師提出質疑：中標報價下浮率達到了近三成，相差兩千多萬元，這樣的招標過程是否合理？6700多萬元的最終中標價，又還有多少的水分存在？縮減了兩千多萬元的費用後，此次的翻新裝修質量能否有保障，又能使用多少年？稍後，公眾又開始質疑地鐵公司的翻修決策過程，其中立項、評審、預算全部是地鐵公司內部消化，公眾無從知曉，更無從監督。
5月10日地鐵新聞發言人再次約見媒體，依然聲明裝修是必須進行的，但堅持原方案的態度有了緩和，表示改造工程將不再對全部材料和設施都翻修，僅對存在安全隱患的部分進行改造。對仍未開始改造的車站，未來動工時會咨詢公眾。有省政協委員指，地鐵公司此舉是緩兵之計。另外陳逸華曾多次通過電話、在意見箱裏投卡片等方式，將壹些問題和建議反饋到地鐵公司，但每次得到的答案幾乎相同：會跟進，但短時間內不會改變。 對於站名的命名，有許多不同的意見。 例如有人質疑芳村站的命名，其實芳村站、花地灣站、坑口站、滘口站和西朗站均屬於芳村，使用“芳村”命名站點有以偏概全之嫌，盡管實際上芳村站是取名自緊鄰車站旁的芳村村落，而並非指歷史上的芳村區，面對不同意見，更多人認為只要方便即可。如其他地鐵系統，廣州地鐵的壹些站點名稱曾經在規劃時有過改動。例如中山八站，曾命名為中山八路站；潭村站曾命名為賽馬場站；漢溪長隆站也多次更名，曾命名為漢溪站和長隆站。2011年12月30日，廣州市民政局發布公告批準將6號線興建中的越秀南站更名“團壹大廣場站” ，此舉在網絡上引起了廣泛爭議。
翻譯方面，廣州地鐵各車站的英文名稱從開通至2006年11月都是直接使用漢語拼音，例如廣州火車站譯為“Guang Zhou Huo Che Zhan”，中大站譯為“Zhong Da”。對此當時擁有地鐵英文命名權的廣州市地名委員會有關部門說：“1977年聯合國第三屆地名標準化會議確定了中國地名采用漢語拼音拼寫，因此地鐵站名的拼寫方法都是按照規定使用漢語拼音拼寫的，符合國際標準慣例。”不過此譯法備受詬病，而當時上海、香港等城市都是拼音與英語混合使用，港鐵機場快線的機場站，也是翻譯為“Airport”，並非“Kei Cheung”（機場的粵語拼音）。直至2006年11月6日，地鐵公司又作出決定，壹至五號線所有車站中文名稱按照市地名辦的規定執行，而英文譯名則按照廣州市人民政府外事辦公室的規定執行，地鐵車站的完全漢語拼音英譯名被全部取消。此時市地名委員會出來指稱，有關規定只是規定了地名的拼寫，但沒有規定地名的讀法。地鐵站報站時使用漢語拼音，主要是為了與站名漢語拼音拼寫相統壹。 而且，即使按照地鐵的執行標準，中山八站本因中山八路而命名，英文也應該使用“Zhongshan Balu Station”，而非“Zhongshanba”。現時體育西路站、中山八站、白雲大道北站等依然使用全漢語拼音，沒有按照亞運前廣州市交管部門下發的《全市道路交通標誌及路牌設計指引》中使用“Road”、“Avenue”的規定。
用字方面，廣州地鐵1號線與廣佛地鐵的轉乘站西朗站，位於荔灣區芳村西塱，鑒於當時電腦字庫中沒有“塱”字，因此采用了同音字“朗”（兩字粵普讀法壹樣）。雖然字庫已增補此字，但為了方便民眾，“西朗”壹直沿用至今。即使廣州市民政局已經允許其改為西塱，但是地鐵公司表示修改成本巨大，可能耗費上千萬元，會在下次線網調整時再作更改， 以節約成本，至於6號線的“柯木塱”則將使用“塱”字。 2004年，地鐵公司8名職員在車站大堂客服中心在充值羊城通的過程中，通過中途強行斷電的方式，累計往百多張羊城通卡內反復非法充值25萬余元，然後到各大超市瘋狂消費，有人甚至勾吉他人銷贓，將非法充值的羊城通打折出售。 2006年11月1日起，人工充值服務轉移到地鐵站內的“天天洗衣店”及7-Eleven，客服中心只提供售卡服務。