曹操墓發現和確認的消息傳出後，在各專業人士之間以及普通百姓之間均引起了大量的質疑。發現和確認曹操墓都是官方和職業考古機構的行為，權威性毋庸置疑；提出質疑的多是歷史學、古文字學、考古學、古代文學等各行業內造詣頗深的專家，質疑的根據也非常確切，即便是普通百姓，也常常提出壹些符合邏輯、頗有見地的質疑。 縱觀各方的質疑，絕大多數人認可將西高穴大墓的年代定位於東漢末年或曹魏時期，規模比較大，另外墓主人應該和古鄴城密切相關。以上三點爭議不大。但是約有超過80%的質疑者不認可墓主是曹操。爭議主要的集中在以下幾個方面 。
專業之爭 北京師範大學歷史學魏晉南北朝史博士張國安認為，考古學家並不負有判定墓主人的職責，對於考古材料，他們近水樓臺先得月，但並不能就此取代歷史學的研究。如“魏武王”三個字涉及復雜的禮制、語境等諸多問題，如何解讀是壹個歷史學課題，判斷墓主人不是壹個考古學問題，考古學者應該盡快公布所有材料供學術界研究，而不是自己徑直下結論。其他如古文學、古文字學、金石學等各學科的專家都曾就本人研究的專業方向先後發表了自己的質疑。曹操高陵考古隊隊長潘偉斌、中國社會科學院考古研究所前所長、社科院學部委員劉慶柱等認為，非考古專業人員的質疑缺乏專業性，外行充專家，學術問題娛樂化。
地域之爭
1、河南方面的人士認為現在的西高穴大墓為曹操墓確信無疑；
2、河北邯鄲市歷史學會會長劉心長等表示西高穴大墓認定為曹操墓依據不足難以服眾，且方位不合帝王陵墓的傳統，真正的曹操墓應當在距離現在西高穴大墓不遠的河北境內（漳河對岸偏西偏北的山地中）。這種意見屬於河北方面的主流意見。
3、北京師範大學歷史學魏晉南北朝史博士張國安認為，曹操墓可能在西高穴村東南方向的亮馬崗村（古稱野馬崗）壹帶。
4、河北邯鄲民間學者張立剛（網名“山尖子”）認為曹操墓在河北邯鄲磁縣的索井村，他並提出了曹操墓應當是由曹操墓、陪葬墓等若幹大墓組成墓群。具體請見參考資料中的“曹操西陵研究”博客。這種意見比較旁門，支持的人比較少，突出之處是如果曹操墓真的在這裏，那麽其“風水”位置是比較理想的 。
5、另外安徽亳州方面認為亳州有公認的曹操家族墓，並且已經成功發掘出曹操女兒曹憲和曹操父親、祖父及其他族人的墓葬，由此判斷曹操墓也有可能在安徽亳州。 證據之爭 從事魏晉南北朝文學研究的中國人民大學國學院副院長袁濟喜表示，“這些證據我覺得都不是第壹手證據，都不是很有力的證明。”但考古專家孫新民指出，同類八件刻有“魏武王”銘文的石牌中有七塊為科學發掘出土，只有壹塊是從盜墓分子手中追繳而來。
位置之爭
1、 目前判定西高穴大墓為曹操墓，文獻記載與鄴城西門豹祠、銅雀臺以及後來發現的魯潛墓誌等的相對位置是重要依據。然而歷史上鄴城、西門豹祠等位置多次變動，西門豹祠甚至先後有十多個位置，魯潛墓誌並非從墓中取出，確切來源無法確定，因此以此為依據確定曹操墓顯得依據不足。另外假定由魯潛墓誌標明的相對位置找到曹操墓，反過來應當是根據 高陵（曹操墓）圖冊 曹操墓也能找到魯潛墓，但是至今在相應的位置並沒有找到魯潛墓。
2、 目前考古發掘已經證明，同壹陵園之內只有兩座墓葬，中軸線在兩座墓葬之間，兩墓葬壹南壹北對稱分布，相距30米，朝向壹致坐西向東。《三國誌》卷1《武帝紀》記載，建安二十三年（公元218年）六月，曹操曾就自己陵園的規劃建設，下達過如下指令：古之葬者，必居瘠薄之地。其規西門豹祠西原上，為壽陵，因高為基，不封不樹。《周禮》：“冢人掌公墓之地。凡諸侯居左、右以前，卿大夫居後。”漢制亦謂之陪陵。其公卿大臣、列將有功者，宜陪壽陵；其廣為兆域，使足相容。由此可見，就曹操親口安排的自己陵園規劃而言，他本人是獨自居於先王所在的主位，位置在最為尊崇的頂端，左、右兩側不能有其他墓葬與之並肩等列；陪葬的諸侯、大臣，則以功勛地位的高低，在自己前方的左、右兩邊依次排列，左為尊位，右為卑位。顯然，目前的考古發掘結果，和曹操本人的規定以及當時的禮儀都有很大差別。此外，曹操要求王公大臣在自己陵墓附近陪葬，也就是說曹操墓是壹個規模很大的墓群，但目前經過詳細探測，陵園內只有兩座墓。
3、 都城與陵區方位的歷史傳統沒有在都城西南方位的，兩漢帝陵、已知魏陵、西晉帝陵都是如此，漢獻帝的禪陵也在山陽城西北，按洛陽方位算是東北，沒有例外。西南在八卦中屬於坤位，建造上常常是造廁所的方位。西高穴2號墓，東西向而偏南，不是如想象中偏向東北，接受銅雀臺上典禮的祭拜。因此這個墓認定為曹操墓，此處也是繞不過去的坎 。
4、 曹操後代如曹丕等的有關文檔，多次顯示曹操墓在“阿”、“岡”的字眼，也就是與“山”密切相關。然而西高穴大墓卻在平原上，附近並沒有什麽山。
墓主之爭
1、曹操高陵考古隊隊長潘偉斌、中國社會科學院考古研究所前所長、社科院學部委員劉慶柱等認為，西高穴大墓墓主就是曹操。
2、著名考古學家、國家文物局專家組成員徐蘋芳（已故）：西高穴大墓絕不可能是曹操墓，因為西高穴2號墓的形制與曹休墓是壹個級別的，也就是侯這壹級的，而不是王或帝王級的。西高穴大墓當然也是有考古價值的，但定性應當是東漢末年的大墓。而曹操墓之所以被質疑，並不存在外行內行之說，而是證據不可靠。
3、魏晉南北朝文學專家、中國人民大學國學院副院長袁濟喜：有關方面公布的“曹操墓在安陽”證據並非第壹手材料，都不是很有力的證明。在還沒有直接證據的情況下公布相關消息，有悖學術研究的嚴肅精神。不能否認西高穴墓墓主認定的其他可能 。
4、四川大學歷史文化學院教授、著名三國文化研究專家方北辰，從禮制研究入手認為西高穴大墓不是曹操墓，並從陪葬物品、墓的形制、方位、規格以及墓主骨骼年齡等方面分析，西高穴大墓二號墓墓主是曹宇（曹操與環夫人之子，與曹沖為同父同母的兄弟），壹號墓墓主是曹奐（曹宇的兒子並未入葬是空墓） 。
5、北京師範大學歷史學魏晉南北朝史博士張國安認為，從位置、陪葬物品、墓的形制結合歷史記載判斷，西高穴大墓的墓主是曹奐。
6、中國盜墓史研究學者，江蘇省考古學會會員倪方六：能認定墓主的東西，都具有惟壹指向性，即所謂“鐵證”。現在西高穴墓葬中出土的東西，沒有壹個是“惟壹”的，都可以作出 高陵（曹操墓）圖冊 完全相反的解釋。比如“魏武王常所用挌虎大戟”，這是認定墓主是曹操的關鍵東西，但恰恰是這件東西透露出，墓主壹定不是“魏武王”本人。 常理而論，“魏武王”是不會把自己的東西寫上名字再隨葬的。曹操更不會，他惟恐別人找到他的墓 。 7、另外，西安市委黨校歷史教授、三國史研究專家胡覺照認為安陽“曹操墓”實則五胡十六國時期軍閥姚襄墓穴。
8、從事歷史研究三十余年、著有專著《曹操墓研究》的邯鄲市歷史學會會長劉心長說：“曹操墓不是孤墓而是群墓，如果這座墓不能確證為曹操墓，而是陪葬墓的話，極有可能是曹操最親信的大將夏侯惇的墓。 ”
9、四川壹位古文化研究領域的知名學者錢玉趾認為西高穴大墓的墓主可能是曹魏時期名臣常林的墓葬。
10、中國著名考古學家，並曾任中國社會科學院考古研究所常務副所長、學術委員會副主任、中國考古學會秘書長徐光冀先生認為，此墓很可能是曹操墓的陪葬墓。
11、歷史學者、作家劉秉光認為墓主是五胡十六國時期後趙第三任皇帝石虎。
稱呼之辯
歷史上除了曹操外，十六國時期冉閔，姚襄等也都有“魏武王”的稱號。而考古單位對八件刻有“魏武王”銘文的石碑卻只是指向曹操，其做法也受到壹些民眾的質疑；有學者懷疑，曹操葬禮由曹丕主持，時曹丕繼為魏王，應不會直稱父親為“魏武王”，而只稱作“武王”；就算要使用全名，也應該用“漢魏武王”而不是“魏武王”；學者以此判斷發現之陵墓不為曹操墓。
遺骨之惑 河南發掘點並沒有享壽七十歲的曹操妻子卞皇後遺骨，證明此墓並非曹操墓。卞皇後太和四年去世，與曹操合葬高陵，卞皇後二十歲嫁曹操，是曹丕生母，曹丕享壽四十歲，卞皇後此時就已經超過六十歲，之後到太和四年去世，享壽七十歲。另外文獻記載曹操墓中有遷葬來的曹沖遺骨，但是實際考古發現也與此不符。 另外，還有的學者提出，同時期的帝王墓，王後都是在墓主的東南方向另起壹墓，如果這個曹操墓的東南方向附近沒有發現卞皇後墓，則可以肯定不是曹操墓。
璽印之疑 根據《晉書·禮誌》，曹丕於曹操墓的墓道築了壹個石室，放了金璽。河南發掘點不但沒有金璽，連藏璽的石室都沒有，證明此墓並非曹操墓。 曹操遺令“金珥珠玉銅鐵之物，壹不得送”，曹丕連金璽都不敢放進墓室，河南發掘點卻出土了金銀珠玉，證明此墓並非曹操墓。 此外根據已公布的此墓考古報告，墓內發現壹銅質印章，上邊的篆體文字經古文字學者考證為“奐”字，印章的質地以及上邊的文字都與曹操的身份不符。
造假之嫌 學者閆沛東向媒體明確指出曹操墓考古隊隊長參與造假，因為考古隊獲得安陽方面230萬元挖掘資金後挖出空墓難以向對方交差。對此，曹操墓地考古隊隊長、河南省考古研究所副研究員潘偉斌在接受采訪時表示，壹切等閆沛東公布證據後再作答復。但閆沛東在2011年12月被河北警方確認為逃犯，真實姓名為胡澤軍。