“聖靈運動”始建於1987年初，在20多年的反政府叛亂中，該武裝在烏幹達北部造成數萬人死亡，以及200萬人無家可歸。
2005年，國際刑事法院以危害人類罪、戰爭罪等33項指控，向“聖靈抵抗軍”五位主要首領Joseph Kony、Vincent Otti、Raska Lukwiya、Okot Odhiambo和Dominic Ongwen發出逮捕令。 2006年國際刑警組織也向其發出了通緝令。
2006年8月，“聖靈抵抗軍”與烏幹達政府簽署《中止敵對狀態協議》，但當時代理總指揮奧迪（Vincent Otti）拒絕參加和平談判，說他害怕會被逮捕，由他信任的談判代表與烏幹達政府簽署《中止敵對狀態協議》，但該組織後來並沒有落實協議。
近年來在烏幹達軍方加大圍剿力度後，“聖靈抵抗軍”逃往蘇丹南部、剛果（金）東北部和中非***和國境內繼續活動。
2008年12月，剛果（金）、烏幹達和蘇丹南部軍隊在剛果（金）東北部東方省開展過針對“聖靈抵抗軍”的聯合清剿行動。
為報復多國政府軍的聯合打擊，“聖靈抵抗軍”近年來加大了襲擊平民的力度，同時還進行綁架以增加兵源。聯合國提供的數據顯示，2008年9月至2009年6月，“聖靈抵抗軍”在剛果（金）多次襲擊平民，造成至少1200人死亡，23萬人流離失所，綁架超過1400人，其中包括600名兒童和400名婦女。2009年底，“聖靈抵抗軍”在剛果（金）的壹次屠殺造成至少300多人遇難，250人被劫持。
壹項調查顯示，自2009年2月以來，“聖靈抵抗軍”在剛果（金）和中非***和國綁架了至少697名成年人和兒童。在受訪的520名平民中就有90位是被“聖靈抵抗軍”綁架過的受害者。有1/3的被綁架者是兒童，他們被迫加入該武裝或者為其成員提供性服務。此外，該武裝還殺害了許多試圖逃跑的人。為避免被該武裝強迫征召，剛果（金）東北部有5萬多名村民逃離家園。
2010年5月，在剛果（金）東部發動的壹次襲擊中，該武裝襲擊大量村民，綁架23人，其中有16名兒童。
2009年11月，聯合國安理會發表聲明譴責該武裝，歡迎相關國家聯合打擊該組織，並鼓勵這些國家與聯合國駐當地維和部隊合作，以保護婦女和兒童在內的平民。2010年7月，蘇丹代表在非盟首腦會議上表示，地區國家應該采取協調壹致的行動，徹底消除該反政府武裝的危害。
2011年10月14日，美國總統奧巴馬宣布向烏幹達等中非國家派遣100名美軍充當顧問，提供情報、建議和幫助，以協助打擊“聖靈抵抗軍”。