“臣聽說，天下的災禍不是來源於外部，而全是起因於內部。正因如此，虞舜先除去四兇，然後才任用十六位賢能之士鋪佐自己治理天下。這說明，惡人不除，善人就不可能取得權力。如今張角在趙、魏之地起兵，黃巾軍在六州作亂，這場大亂的根源是在宮廷之內，蔓延到四海。
“臣受陛下的委任，奏命率軍討伐叛亂。從潁川開始，壹直是戰無不勝。黃巾軍勢力雖大，並不足以使陛下擔憂。我所恐懼的是，如果治理洪水不從源頭治起，下遊勢必泛濫得更加嚴重。陛下仁愛寬容，對許多不對的事情不忍處理，因此宦官們控制了朝政大權，忠臣不能得到重用。即使真將張角砍頭處死，平息了黃巾叛亂，我的憂慮會更深。
“為什麽呢？因為，邪惡小人與正人君子不能在朝廷***存，如同寒冰與熾炭不能放入壹個容器壹樣。那些邪惡之輩明白，正直之士的成功，預示著他們行將滅亡，因此必然要花言巧語，***同弄虛作假。傳播假消息的人多了，即使是曾參那樣的孝子也難免遭受懷疑；市中明明沒有老虎，但只要有三個人說有，人們就會相信。
“假如陛下不能詳細辨察真偽，那麽忠臣就會再次像秦國名將白起那樣含冤而死了！陛下應該深思虞舜對四兇的處理，盡速誅殺那些善進讒言的佞臣，這樣，善人就會願意為朝廷盡力，叛亂自會平息。”
趙忠看到這份奏章，感到厭惡。傅燮征討黃巾軍立下很多戰功，應得到封爵的賞賜，趙忠便向靈帝講傅燮的壞話。靈帝記得傅燮奏章所言，沒有對傅燮加罪，但到底也沒有封他。
黃巾將領張曼成駐軍宛城城下壹百多天。六月，陽太守秦頡進攻黃巾軍，斬殺張曼成。
交趾地區盛產珍珠等寶物，先後擔任刺史的官員多無清謙行為，算計財物搜刮夠了，便要求調任，因此下層官吏及百姓因憤恨而起來反抗，俘虜刺史及合浦太守來達，其首領自稱為“柱天將軍”。
三公選用京縣縣令、東郡人賈琮任交趾刺史。賈琮到任後，調查叛亂的原因，人們都說：“官府征收的賦稅太重，百姓無不被搜刮壹空。京城洛陽過於遙遠，無處訴冤。民不聊生，只好聚在壹起做盜賊。”賈琮便發布文告，讓百姓自安居生產，招撫流亡在外的饑民返鄉，免除徭役，將為害大的盜賊首領斬殺，選派清廉幹練的官吏擔任屬下各縣的代理縣長。壹年之間，叛亂全被平定，百姓得以安居。大街小巷的人們歌頌賈琮：“賈父來得晚，使我先造反；如今見清平，吏不敢派飯！”
皇甫嵩、朱俊乘勝進攻在汝南郡和陳國的黃巾軍，在陽翟追擊黃巾將領波才，在西華攻打黃巾軍另壹將領彭脫，都取得了勝利。黃巾軍的剩余部眾或者投降，或者逃散，三郡的叛亂被全部平定。皇甫嵩上書報告作戰情況，將功勞歸於朱俊。於是朝廷進封朱俊為西鄉侯，提升為鎮賊中郎將。靈帝下詔，命令皇甫嵩討伐東郡的黃巾軍，朱俊征討南陽的黃巾軍。
北中郎將盧植率軍連續戰敗張角，斬殺和俘虜黃巾軍壹萬余人，張角等退保廣宗縣城。盧值率軍將廣宗城包圍，修築長墻，挖掘壕溝，制造攻城用的雲梯，馬上就要攻下廣宗城。恰在此時，靈帝派小黃門左豐到盧植軍中視察。有人勸盧植賄賂左豐，盧植不肯。左豐回到洛陽，對靈帝說：“據守廣宗的賊寇很容易攻破，然而盧植只是讓軍隊躲在營壘裏休息，等待上天誅殺張角。”靈帝大怒，派人用囚車將盧植押解回洛陽，判處比死罪輕壹等的處分。派東中郎將、隴西人董卓代替盧植任職。
巴郡人張脩以妖術為人治病，情形與張角大略相同，但是讓來看病的人出五鬥米，號稱“五鬥米師”。秋，七月，張脩聚眾造反，寇掠郡縣，時人謂之“米賊”。
八月，皇甫嵩與黃巾戰於蒼亭，俘虜黃巾將領蔔巳。
董卓攻張角無功，抵罪。八月三日，皇帝下詔，命皇甫嵩征討張角。
九月，安平王劉續被控大逆不道，被誅殺，封國撤除。
當初，劉續被黃巾軍所俘，安平國人將他贖回。朝廷進行討論，打算恢復他的封國。議郎李燮提出：“劉續身為壹個藩王，不僅沒有盡到職責，損害了朝廷的聲譽，不該讓他恢復封國。”朝廷沒有聽從李燮的意見。李燮被指控為誹謗宗室，送到左校去服苦役。不到壹年，安平王劉續因罪被處死，李燮才被釋放，重新任議郎。京城洛陽人將此事與其父李固不肯立質帝、桓帝事聯系在壹起（當年李燮的父親李固反對立質帝和桓帝），稱頌說：“父不肯立帝，子不肯立王。”