南京下轄玄武、秦淮、建鄴、鼓樓、棲霞、雨花臺、江寧、浦口、六合、溧水、高淳等11個區。全市行政區域面積6587.02平方公裏。
1.宣武區
是南京的核心城區，總面積75.46平方公裏。轄7個街道、59個社區，常住人口60.02萬，戶籍人口47.75萬。是南京市委、市政府和多個省市機關所在地，也是東部戰區、東部戰區空軍等部隊的總部所在地。轄區內山川秀美，紫金山、玄武湖占全區近50%，全區綠化覆蓋率達61.91%。歷史底蘊深厚，十朝帝王宮殿、園林多建於此，明陵、中山陵、總統府等歷史文化遺跡聞名中外。
2.秦淮區
2013年2月17日，國務院正式批復同意南京市調整部分行政區劃的請示，同意撤銷南京市秦淮區、白下區，設立新的南京市秦淮區，原秦淮區、白下區行政區域為新的秦淮區行政區域，秦淮區人民政府設在五老村街道太平南路69號。3月28日，秦淮新區正式揭牌。
秦淮新區位於南京主城東南部，南京四大主城區之壹，面積49.11平方公裏。東臨江寧區方上，西接秦淮河，外接建鄴區，北接中山東路、漢中路，北接玄武、鼓樓，南以雨花東路、卡子門街與雨花臺區接壤。
3.建鄴區
位於南京主城區西南，秦淮河以東，長江以西，秦淮新河以南，漢中門大街以北，面積83平方公裏。現轄6個街道(辦事處)60個社區，常住人口約47.26萬，總人口約60萬。
區內有素有“金陵四十八景”之首的莫愁湖、中國“三大名錦”之壹的中國織錦，以及南京奧體中心、江蘇大劇院、綠化博覽會、侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館等歷史文化資源。建鄴作為南京的中心城區之壹，是壹個既古老又年輕的城區。
4.鼓樓區
位於長江下遊南岸，南京市西北部，是南京市中心城區之壹，江蘇省委、省政府、省人大常委會和CPPCC所在地。擁有南京主城11公裏黃金長江岸線。東中央路、中山路、窯上村十字街為界，分別與宣武區、棲霞區相鄰。
以南漢中路、漢中門大街、集慶門大街西段(西至清河路，東至規劃中的燕山路北段)為界，分別與秦淮區、建鄴區接壤；西部和北部以長江為界，面向浦口區。行政區域54.18平方公裏。