2006年2月13日
昆藥集團股份有限公司（股票簡稱：昆藥集團，證券代碼： 600422 ），正式啟動股權分置改革工作。並於3月8日、9日、10日三天對股權改革分置方案進行網絡投票，3月10日 召開現場股東會議對股權改革分置方案進行審議表決，順利通過了股權改革分置方案，3月21日 ，流通股東獲送股份上市流通，同日公司股票復牌交易。
2006年2月至10月
昆藥與中國軍事醫學科學院合作開發的中國最新青蒿素類復方抗瘧藥 ARCO? 在巴布亞新幾內亞、薩摩亞、所羅門、瓦努阿圖、柬埔寨、尼日利亞、烏幹達、剛果獲批準註冊，並於 3 月 29 日 、 5 月 23 日 、 10 月 27 日 分別在巴布亞新幾內亞、尼日利亞、烏幹達上市。
2006年3月1日
公司舉行隆重的紀念會暨員工長跑活動，慶祝公司成立 55 周年。
2006年4月11日
國家商務部魏建國副部長接見昆明制藥李永強總裁，對昆明制藥多年來在青蒿素系列產品三發、國際 GMP 認證及非洲、東南亞市場開拓中作出的持續努力給予充分的肯定。
2006年5月15日
昆明制藥 40 噸蒿甲醚技改工程竣工，公司舉行了隆重的竣工儀式。
2006年7月13日
召開了中國***產黨昆明制藥集團股份有限公司第七次代表大會，會議選舉產生了第七屆黨委委員：熊建民、徐朝能、劉鵬、何麗山、字文光、侯玉梅、謝麗莎。熊建民同誌當選為黨委書記；同時選舉產生了新壹屆紀律檢查委員會委員：劉鵬、金兆元、楊彥斌、劉輝、金紅勇。劉鵬同誌當選為新壹屆紀委書記。
2006年7月21日
昆藥集團藥物研究院正式掛牌成立
2006年8月16日
昆藥召開了“40噸蒿甲醚技術工程”項目先進集體、先進個人表彰大會，表彰了工程管理部、原料藥分廠、技術質量部三個先進集體，樊鵬飛等 15 名先進個人。
2006年9月2日
省環保局、省政協人口資源環境委員會在藝術劇院召開環保公益事業頒獎晚會，昆明制藥榮獲“雲南環保公益事業貢獻單位”稱號。
2006年9月11日
昆藥召開了工會員工代表大會，會議選舉產生了第三屆工會委員：何麗山、徐樹光、張麗梅、劉輝、尹青、郎學偉、楊惠林。何麗山同誌當選為昆藥集團工會主席。
2006年9月
《昆明制藥集團報》被評為“雲南省十佳優秀企業報”。
2006年10月27日
公司 2006 年第三次臨時股東大會審議通過了公司第五屆董事會組成人員決議，公司第五屆董事會***有九名成員：汪誠先生、劉會疆先生、何勤先生、劉小斌先生、張偉先生，張鵬先生，鐘曉明先生、魏江先生、楊世林先生。其中：張鵬先生，鐘曉明先生、魏江先生、楊世林先生為獨立董事。同日，經過公司第五屆壹次董事會審議並壹致選舉：汪誠先生為公司第五屆董事會董事長；劉會疆先生為公司第五屆董事會副董事長，任期至本屆董事會任期結束。
2006年10月27日公司 2006 年第三次臨時股東大會審議通過了公司第五屆監事會組成人員的決議，公司第五屆監事會***有六名成員：帥新武先生、李雙友先生、潘以文女士、李宏俊先生、何麗山先生、徐樹光先生。其中：何麗山先生、徐樹光先生是經公司二屆十二次職工代表大會選舉產生的職工監事。同日，經過公司第五屆壹次監事會審議並壹致選舉：帥新武先生為公司第五屆監事會主席，任期至本屆監事會任期結束。
2006年10月27日
公司五屆壹次董事會通過決議：聘任李永強先生為公司總裁；聘任張葉峰先生為董事會秘書；聘任徐朝能先生、杜臣先生、程軍先生為公司總裁；聘任董少瑜先生為公司財務負責人兼財務總監；聘任孟麗女士為公司證券事務代表。以上聘任人員任期至第五屆董事會任期結束。
2006年10月30日
昆明制藥收到中國扶貧基金會頒發的榮譽證書。通過中國扶貧基金會，昆明制藥及子公司昆明中藥、昆藥商業公司聯合捐助的 25 名特困大學生完成接對工作， 25 名特困大學生獲得了昆明制藥的愛心捐助。
2006年10月31日
召開了***青團昆明制藥集團股份有限公司第六次代表大會，會議選舉產生了第六屆團委委員： 李斌、王學花、胡雲、張明智、羅靜。 李斌 同誌當選為團委書記。
2006年11月
在 2006 年雲南省著名商標評選活動中，公司使用在 5 類中西原料藥及其制劑商品上的 KPC 商標再次被雲南省工商行政管理局認定為“雲南省著名商標”，這是繼 2003 年首次被評為“雲南省著名商標”以來第二次獲此殊榮。
2006年11月4-5日
中非合作論壇北京峰會暨第三屆部長級會議在北京召開 48 個非洲國家的國家元首、政府首腦和代表團團長參加。公司參加了由國家商務部統壹組織的“中非抗瘧成果展”，公司新壹代復方抗瘧藥 ARCO? 受到大會廣泛關註。
2006年11月20日
公司下發了昆藥集團發（ 2006 ）59 號文，對公司組織機構進行調整，成立管理本部、制造中心、營銷中心、海外事業部等責任中心，配合公司組織再造的實施，推動公司管理方式和運營模式的變革。
2006年12月1日
公司下發 昆藥集團發〔 2006 〕61 號，頒發了管理本部行政管理部、人力資源部、黨群工作部、董事會辦公室、信息部、運營管理部、資產財務部、審計及法務部八個部門工作職責，並於 12 月 13 日 舉行了八個部門經理的競聘上崗活動。 為實現企業用人自主，加快公司人力資源管理體制和勞動用工制度的改革、實現人力資源結構的優化，推進組織和流程再造工作的落實起了壹個示範。
經公司 2006 年12月15日 五屆三次董事會審議通過：因工作需要同意汪誠先生辭去公司董事長職務；經全體董事表決決定：選舉何勤先生為公司第五屆董事會董事長。